然而，在袁崇煥督師薊遼期間，因某些原因，耿仲明背叛了明朝，投靠了孔有德。
在崇禎五年，他更是成為孔有德的內應，攻陷了登州，自封為總兵官。
之後，他與孔有德一同投奔後金，再次選擇了投降。後金改國號為大清後，耿仲明被封為懷順王，屬於漢軍正黃旗。
隨著清朝的建立，耿仲明隨清兵入關，參與了鎮壓農民起義軍的行動。幾年後，他改封為靖南王，與吳三桂、尚可喜並稱為清初三藩。
然而，在進軍廣東途中，因私藏逃人一事敗露，耿仲明竟因內心恐懼而選擇在江西吉安自縊。
他的兒子耿繼茂，世襲了他的靖南王位。在廣州大屠殺中，犯下了不可饒恕的罪行。
耿仲明的決策與行為，尤其是在關鍵的曆史節點上，選擇站在清朝一方，直接威脅了明朝的穩定。
他的選擇加速了明朝的滅亡和清朝的統一，曆史上將其行為視為漢奸行徑。）
尚可喜和耿仲明。他們的罪行早已被曆史和人民所銘記，此刻的淩遲處死，不過是他們罪惡生涯的終結罷了。
這兩個漢奸被淩遲處死，都被割了3357刀。
此時朱由校在電腦上，看了一部分行刑過程，他用低沉的聲音罵道：“狗賊，你二人應該如此死！”聲音之中蘊含了對汗奸強烈的恨意。“這樣的酷刑，才能讓他們的罪惡，得到應有的懲罰！”
耿繼茂，是曆史上廣州大屠殺的元凶之一。這次對耿仲明家族夷三族時，將耿繼茂斬首，身首異處。
此舉既符合大明律法，也符合朱少龍穿越改寫曆史後的劇情。
然而，朱由校卻嫌不夠解恨，特命劊子手多砍幾刀，才將耿繼茂的頭顱砍下，耿繼茂的慘叫聲響徹刑場。
如此行刑，方能讓朱由校痛快地出一口惡氣！為民雪恨！
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