隨著劇情的深入，學校組織了一場生物實驗課，教授向大家介紹道：“人類用了兩百年的時間才研究出十六隻超級蜘蛛。”
這句話引起了觀眾的好奇心，他們開始猜測接下來將會發生什麼事情。
瑪麗簡由克爾斯滕鄧斯特飾演將整個孵化箱翻了個底朝天，卻僅僅發現了十五隻。
這讓所有人都意想不到，那隻成功“越獄”的蜘蛛竟然就在他們的頭頂之上。
“越獄”的超級蜘蛛在彼得帕克手掌狠狠地咬了一口，而此時大屏幕上正在播放著基因鏈條重組技術，仿佛在預示著某種重大的變革即將到來。
彼得帕克回到家中時，他感到頭暈目眩，仿佛整個世界都在旋轉。
第二天清晨，當他醒來時，整個世界都已經發生翻天覆地的變化，他的近視奇跡般地痊愈了，身體變得更加強壯，奔跑速度更快，感官也變得異常敏銳！
麵對這些突如其來的身體變化，彼得帕克感到有些驚慌失措，不知該如何應對。
緊接著，經典的鏡頭再次重現，彼得帕克順著牆壁爬上樓頂，在高樓之間輕盈地跳躍，發射出蛛絲在空中自由地蕩來蕩去！
深切地感受到身體的巨大變化後，彼得帕克為自己設計簡陋版的蜘蛛戰衣，並決定參加地下八角籠拳賽賺錢。
憑借超級蜘蛛改變的身體，彼得帕克輕鬆贏下拳賽。
與黑心老板拉扯，放跑搶劫犯都為劇情埋下伏筆，本叔叔被槍殺，彼得帕克心態發生巨大的轉變。
本叔叔臨死前，說過的那句“能力越大，責任越大”的話，如同烙印一般深深地刻在了彼得帕克的心中。
從那以後，他決心用自己的力量來保護這座城市，於是彼得帕克開始優化蜘蛛俠戰衣，時刻準備著協助警方打擊犯罪。
直到奧氏公司年會這天，原本平靜的生活徹底被打破。
好友哈裡的父親諾曼奧斯本化身成綠魔，殘忍地殺害了那些試圖讓他出局的公司高層人員。
蜘蛛俠與綠魔初次交手，兩人難分勝負。
幸運的是，彼得帕克最終成功救下了瑪麗簡！
電影的結局總是充滿戲劇性，正義最終戰勝了邪惡，綠魔被自己的飛行器無情地殺死。
但最好的朋友哈裡，卻永遠失去了他的父親。
哈裡發誓要為父親報仇，甚至親手殺死蜘蛛俠。
看著哈裡痛苦的模樣，彼得帕克不禁陷入了沉思，開始懷疑自己的選擇是否正確。
蜘蛛俠的身份讓他不得不麵對現實，他隻能拒絕女神的示愛，因為他擔心自己的身份，會給身邊的人帶來危險和傷害。