朱慈將聚賢樓招募的士人經過篩選移到翰林院，充當內閣顧問；將皇明軍校遷到了南京，仍隸屬軍機部。
都察院左都禦史由李邦華擔任，主管官員的法紀監督，配合吏部的京察和考成法，其他所有職能全部收回。
南京守備和鎮守太監一職沒有變動，繼續由魏國公和韓讚周擔任，由於南京兵部變成了軍機部，他們二人早已被架空了，除了能指揮得動南京京營這萬把人，江南各地的駐軍已跟他們沒關係了。
朱慈任命邱致中為鳳陽鎮守太監，鎮守太監所有權利全部收回，隻負責掌管江北的軍工廠和鐵廠。
因史可法嶽父去世，回家守製，漕運總督一職由撫寧侯朱國弼接任，朱慈暫時沒有動他，任命朱大典為南直隸巡撫，順道監督漕運。
原來的軍屯部由趙景麟主管，負責操練各地屯田兵，軍屯部的人不能入軍機部，這是朱慈定下的規矩，避免練兵權和調兵權重合。
後勤部由太監盧九德主管，盧九德作為勇衛營的老人，多次隨軍作戰，又深知兵法韜略，掌管後勤問題不大。
所有涉及到軍隊的部門，沒有一個文官擔任一把手，全由武將掌管，朱慈也不打算將來在軍機部安插文人，準備來個文武分治。
對外作戰，皇帝和內閣決定打不打，指定了作戰任務後，至於怎麼打，是軍機部一眾將軍和參謀需要商量的事，文臣不得乾預。
以文治國，以武安邦，術業有專攻，文武兩班隻需對皇帝負責即可，避免重蹈戚繼光的悲劇，一代名將被文官的黨爭拖下水。
朱慈寧願在自己百年後，大明的武將集團坐大，走對外擴張道路，也不願文官一味的守成，不思進取。
當然了，這些都是後話，他一天沒死，下麵的人就翻不了什麼大浪，未來大明具體如何平衡文武還需要時間來驗證，慢慢的改進。
最後，朱慈對軍隊進行再次擴編，目前南直隸和湖廣兩省共有屯田兵近二十萬，這些屯田兵從兩三年前就分田操練，如今已經有了規模，火器配備率達到五成。
朱慈經過深思熟慮後，將十萬天武軍和二十萬屯田兵劃分為七大軍，分彆為天武軍、龍武軍、神武軍、靖武軍、定武軍、安武軍、天雄軍。
天武軍：朱慈的嫡係部隊，都是身經百戰的精銳，裝備著最精良的武器，如今是大明乃至整個東亞最為精銳的部隊，沒有之一，由孫應元統領，駐守南直隸。
龍武軍：完全由騎兵組成的機動力量，右天武軍三萬騎兵獨立成軍，與八旗軍多次血戰，用鮮血向所有人證明他們的強悍，由曹變蛟統領。
神武軍：由天武軍重炮旅獨立成軍，是大明頂尖科技的結晶，擁有紅夷大炮上千門，國之重器。
靖武軍：人馬五萬，由黃得功在湖廣操練的人馬組成，調駐浙江，鎮壓反抗新政的地主、士紳。
定武軍：人馬五萬，由周遇吉統帥，接黃得功的班，駐守湖廣。
安武軍：人馬五萬，由楊禦蕃統帥的兩萬安武軍擴編，調駐江西。
天雄軍：人馬五萬，由盧象升的天雄軍餘部擴編，現任統帥盧象坤，調駐兩廣。
七大軍在募兵、操練、軍令等方麵，皆按照天武軍的軍製模式進行整編。
十月中旬，七大軍完成整編，朱慈正式向江南各省下達政令：廢除人頭稅，廢除官員、地主免稅的特權，全麵清查各省隱田，實行攤丁入畝、官紳一體納糧新政。
人頭稅也叫丁銀，就是一家有多少人就收多少稅，而不是看你家中有多少地才收多少稅，這樣導致了少地、無地、無收入的百姓困苦不堪，士紳地主們卻很滋潤。
攤丁入畝把丁稅平均攤入田賦中，征收統一的地丁銀，不再以人為對象征收丁稅，地方各省州縣，查清各處地畝多少，按畝均攤稅賦。
攤丁入畝之前必須要廢除官員和地主免稅的特權，否則還是無法從大戶那收上來銀子。
同時朱慈放鬆對戶籍的控製，農民和手工業者從而可以自由遷徙，出賣勞動力；
說白了，朱慈就是搶了雍正的生意，這些政策雖然不是最好的，也有不少弊端，但用在此時卻是最恰當不過的，曆史也證明了這一點。
政令下達後，朱慈嚴令各部人馬，隻要有公然抗拒新政，反對攤丁入畝的，一律殺殺殺！殺完了再抄家！