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當天，奉天殿內舉行大朝會，當庭正式宣布旨意，改組內閣與軍機。
旨意中明確表示，皇帝之下分為內閣和軍機。
內閣辦公地點在紫禁城奉天殿東邊的文華殿，軍機辦公地點在奉天殿西邊的武英殿。
住在文華殿的永王和定王二人，搬出紫禁城，朱慈烺將抄家所得的魏國公府和保國公府，分彆賜給定王和永王，作為王府。
內閣大臣管理全國政務，治理國家促進發展，掌管除軍隊和宗室外的一切國政事物。
內閣下屬吏部、戶部、禮部、工部、刑部、教化部、財政部（稅務部）、海事部、鴻臚寺（外交部）、翰林院。
軍機大臣管理軍事，負責軍事作戰，開疆拓土。
軍機控製全國的軍隊，掌軍令，可以對軍隊發號施令，對武官選拔、考核、升降、賞罰。
軍機下屬兵部、情報部、後勤部、軍器部、讚畫部、軍工研究院、皇明軍校。
其中兵部是軍屯部和五軍都督府的集合體，新的五軍都督府包括了軍屯職責，總部以前叫大都督府，朱慈烺將其直接改為兵部。
軍機與內閣的職權平等，凡軍機要務，內閣無權過問。
二者一文一武，互不通氣，分彆向皇帝奏事，皇帝利用兩者之間的異同，直接控製軍權和政權。
遇到戰事，皇帝召開禦前會議，商量要不要打，打的話將要達到什麼戰略目的，然後軍機去執行，下達作戰命令。
內閣隻負責調動各省的後勤支援，當然了，各地都督府也會在當地設立後勤戰備倉儲，隨時應對戰爭，避免文官們後勤不繼拖後腿，影響戰況。
內閣大臣和軍機大臣，皆由皇帝親自任免，主要以政績與軍功為依據。
除了皇帝可以製約內閣與軍機，朱慈烺又將都察院和軍法部獨立於內閣與軍機外。
都察院監察文官，軍法部監察武將，按章程辦事，形成製衡，聽命於皇帝。
朱慈烺本想將財政權也單獨拿出來的，後來想想還是放棄了，財權要是拿出來，就是北宋的二府三司製了，容易造成冗官的現象，行政效率差。
為了保持行政效率，朱慈烺采用問責製，明確官員崗位職責，任務不重合，是誰的責任由誰來承擔。
追究具體問題的具體過錯，不問功勞苦勞，不搞將功抵過，形成真正的賞罰分明。
最後，在殿上，朱慈烺宣布了內閣大臣和軍機大臣的名單。
吏部尚書，楊廷麟，內閣首輔，太師，侯爵，文華殿大學士。
戶部尚書：張國維，內閣次輔，伯爵，文華殿大學士。
禮部尚書：朱繼柞，內閣大臣，文華殿大學士。
工部尚書：方孔照，內閣大臣，伯爵，文華殿大學士。
方孔照本是內閣次輔，因兒子方以智擔任浙江巡撫，他避免方家權勢過重，樹大招風，因此甘願讓出位置，掌管個沒什麼影響力的工部
刑部尚書：馮英，內閣大臣，文華殿大學士，兼任應天府府尹，掌天下刑獄。
教化部尚書：李岩，內閣大臣，文華殿大學士，年輕遭人妒忌，未封爵，留用教化部。
財政部尚書：程國祥，內閣大臣，伯爵，文華殿大學士。
海事部尚書：沈廷揚，內閣大臣，文華殿大學士。