【恭喜！你已手握珍貴的原子恐龍大袞化石，此刻，係統正全力為你孕育出對應的寶可夢。】
在遊戲的虛擬世界中，複活這樣的化石需要五百貨幣作為代價。係統已自動從柳天賜的賬戶中扣除五百代幣，由於這枚化石保存得異常完好，因此它幾乎在瞬間就被成功複活，並轉化為了對應的寶可夢。
然而，令人遺憾的是，原本隱藏在化石中的穆托卵卻已不見蹤影，被悄無聲息地轉移了。但柳天賜的目光並未因此而有所動搖，因為他所追求的並非普通的穆托。
在穆托的族群中，雌性的穆托擁有驚人的進化潛能。她們可以曆經蛻變，成為統治群落的穆托女王，甚至進一步進化為至高無上的至尊穆托。柳天賜的目標，正是那威嚴的穆托女王或是那傳說中的至尊穆托。——————————————————————————————————————
海軍上尉福特·布羅迪，身為拆彈爆破專家，定居於舊金山，與身為護士的妻子艾麗共同撫養著他們的兒子。
某日，福特接到來自日本的緊急電話，得知父親喬因擅自闖入廢棄核電站管製區而被捕，需要家人前往保釋。喬，這位執著的工程師，15年來一直在探尋輻射外泄的真相，因此與渴望擺脫喪母陰影的福特漸行漸遠。艾麗鼓勵福特前往日本，既是為了解救父親，也是為了修複這段疏遠的父子關係。
在成功保釋喬之後，福特初時仍難以接受父親偏激的行為。然而，在喬的耐心說服下，父子倆決定再次深入廢棄核電站管製區，尋找與輻射外泄相關的證據。
然而，他們驚訝地發現，這片區域早已沒有核輻射的蹤跡。喬和福特隨後被軍方人員逮捕，並被押送至核電站廢墟背後一個隱秘的基地。
這個基地在過去數年間一直在研究一個穆托的蛹。領隊芹澤博士在得知喬曾是核電站工程師後，與喬展開了深入的交談。他們驚訝地發現，兩人對核電站事故原因的懷疑竟然不謀而合：他們認為，這起事故是由一種以吸收核輻射為生的怪獸——穆托——造成的。
經過研究，他們發現這隻穆托在廢核電廠內具有周期性與外界溝通的跡象，但具體目的尚不得而知。
就在他們準備進一步調查時，穆托突然孵化，並朝著太平洋的另一端飛去。察覺到怪獸出沒的美國軍方，迅速在太平洋周邊加強了防禦部署。然而，芹澤博士深知，以人類現有的武器技術，根本無法與穆托這種級彆的怪獸抗衡。
更為棘手的是，在穆托與外界溝通期間，他們還偵測到了“哥斯拉”蘇醒的回應。芹澤博士大膽推斷，人類或許需要借助“哥斯拉”的力量來消滅“穆托”。這一推測讓本已緊張的局勢變得更加撲朔迷離，一場前所未有的災難即將席卷而來。
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在柳天賜回到美國後不久，一隻雄穆托從帝王組織的前哨站振翅逃離，喬在混亂中不幸喪生。福特獨自一人返回夏威夷，卻不料再次遭遇了穆托和蘇醒的哥斯拉之間的激戰。
與此同時，雌穆托也蘇醒過來，並迅速飛往舊金山與雄穆托交配，產下了數百枚卵。帝王組織的研究員艾瑪和馬克試圖通過奧卡係統與泰坦巨獸交流，但哥斯拉的突然出現讓他們一家四口不得不匆忙逃離。在尋找失蹤的兒子安德魯?羅素的過程中，他們目睹了哥斯拉從他們身邊經過的震撼場景。
哥斯拉與兩隻穆托展開了激烈的戰鬥。福特機智地炸毀了穆托的卵，這使得兩隻穆托暫時放棄了與哥斯拉的對決。然而，雌穆托憤怒地轉向福特，意圖將他置於死地。在這危急關頭，哥斯拉使用原子吐息阻止了雌穆托，為福特等人爭取了轉移彈頭的時間。
接著，哥斯拉巧妙地利用尾巴擊敗了雄穆托。在千鈞一發之際，他再次救下了福特，並用原子吐息直射入雌穆托的喉嚨，將其徹底消滅。第二天，哥斯拉默默地回到了大海的懷抱。