《三體2：黑暗森林》足有近500頁的篇幅，比第一部內容還要厚重很多，但章節更為簡單，僅分為四部分：序章、上部《麵壁者》、中部《咒語》、下部《黑暗森林》。
延續了第一部的多線敘事手法，第二部采用了更連貫的敘述方式，以一段或幾段文字為單位，轉換不同人物的視角進行故事的推進。
在第一部中，汪淼和葉文潔是核心人物，而第二部則聚焦於章北海和羅輯的視角。儘管如此，大史作為貫穿兩部的重要配角，其出現的頻率依舊很高。
對比《三體》，第二部黑暗森林背景更為龐大，
本作主要圍繞藍星為抵禦三體文明的入侵而啟動的“麵壁計劃”展開。
當麵壁計劃遭遇挫敗，故事便跨越兩個世紀，帶所有讀者進入一個截然不同的未來世界。
在這個未來，藍星表麵荒涼破敗，經曆了大混亂和氣候劇變，沙漠幾乎覆蓋了整個星球。藍星文明的中心已轉移到地心深處，那裡充滿了高科技的奇觀，人類居住在巨大的樹木上，交通工具則是空中飛車。
在這個新人類社會中，普遍彌漫著樂觀向上的氣氛。人們堅信太空艦隊無比強大，足以抵禦三體文明的攻擊，克服任何危機。
然而，那些來自兩個世紀前的冬眠者卻難以適應這個新時代的科技和理念。
本書的主角羅輯，是一名麵壁者，也是唯一一位沒有被破壁者攻破的麵壁者。
羅輯之所以沒有破壁者，原因不明，但他始終麵臨著三體文明的追殺，這表明三體文明認為羅輯洞悉了他們無法容忍的秘密，或是一種威脅。
那麼，羅輯所掌握的力量究竟是什麼呢？
這要追溯到葉文潔的建議，她曾鼓勵羅輯研究宇宙社會學，並提出了兩條宇宙公理：第一，生存是文明的第一需要；第二，文明不斷增長和擴張，但宇宙中的物質總量保持不變。
起初，羅輯對這兩條公理的理解並不深刻，直到他想象中的理想女性——莊顏。
羅輯原本是一個樂觀的失敗主義者，認為人類無法戰勝三體，於是決定利用剩餘的四個世紀儘情享受生活。
但他的願望無法實現，聯合國帶走了莊顏和他們的孩子，而莊顏的出現實際上是一個精心策劃的計謀，目的是讓羅輯主動承擔起麵壁者的責任。
儘管羅輯對人類的命運漠不關心，但他對愛情卻抱有堅定的信仰。
在冬眠之前，羅輯向宇宙發送了一則咒語，通過太陽作為媒介。
然而，兩個世紀後當他醒來時，咒語並未如預期般生效，他自已也覺得當時的決定荒謬可笑。
於是，部署了205年的麵壁計劃被人類放棄了。
此時的藍星，已經擁有了2008艘可以達到光速15%的恒星級戰艦，數量是三體艦隊的一倍之多。
這時，人類對最後的末日之戰有著絕對的信心，有些人甚至傲慢地覺得，目前藍星上的科技已經超越了三體。
三體人的艦隊不堪一擊。
這時，整本書最精彩，也是令人絕望的事件發生了。
當水滴在每個人的眼中顯現時，周圍的一切都顯得異常平靜。
它美得如同聖母的淚珠，即便是使用藍星上最先進的顯微鏡去觀察，水滴的外殼也顯得完美無瑕，找不到任何一絲瑕疵。水滴表麵的分子結構被一種強大的力量牢牢固定，連分子自身的微小震動也似乎被平息。
這表明，這枚水滴的硬度，遠超過太陽係中最堅硬的物質，堅硬百倍。假設它貫穿地球，其過程將如同子彈穿過奶酪一般輕鬆。
很可惜，這絕美的水滴並非眼淚，而是來自太空的一支利箭，它以違反動量守恒定律和角動量守恒定律的銳角轉向，毫不減速地撞向藍星的戰艦群。
在水滴穿過星際戰艦的瞬間，爆發出了150億度的超高溫度，戰艦在超高溫的作用下，徹底溶解液化。
章北海耗儘兩百年的時間，隻為了保留一艘恒星級戰艦，而水滴隻用了一分零八秒，就貫穿了整齊排列的艦隊。
戰艦的爆炸聲，如同鞭炮一般在太空中響起，慢慢地化作了丁儀的聲音。
“孩子，快跑。”
人類引以為傲的龐大的艦隊，在這小小的水滴麵前，瞬間化為宇宙塵埃。
這就是末日之戰！
在絕對的優勢麵前，隻有秒殺。
然而，這枚水滴，僅僅隻是三體世界發射的十個探測器之一，三體艦隊還在其後。