江湖暗流湧動之際，林羽與蘇瑤回到久彆的山居調養休憩。山居靜謐，溪水潺潺，仿若世外桃源隔絕紛擾。可這份寧靜未持續多久，一日清晨，屋外飛鳥驚起，林羽警覺睜眼，蘇瑤亦握緊枕邊佩劍。開門瞬間，隻見一位斷臂獨腿的中年劍客單膝跪地，滿臉悲戚：“神醫俠侶，求你們救救我妻兒！”
原來這劍客隸屬偏遠門派，近日門派突遭神秘勢力血洗，妻兒被俘，自己拚死逃出求一線生機。林羽扶起他，目光決然：“閣下莫急，慢慢說，可知是哪方勢力？”劍客咬牙切齒：“雖未看清旗號，但手段陰毒，殺人後還以邪法毀屍滅跡，我暗中瞧見為首之人腰間佩塊月牙玉佩。”林羽與蘇瑤對視，均覺此事蹊蹺，那玉佩似有幾分熟悉。
未多耽擱，二人隨劍客奔赴事發之地。一路上滿目瘡痍，村落被焚，田地荒蕪，空氣中彌漫血腥與焦糊味。臨近門派舊址，蘇瑤施展靈覺探聽，低聲道：“四周有隱匿氣息，小心埋伏。”林羽輕點首，運功護體。果不其然，剛入山門，利箭如雨，伴著毒煙彌漫。林羽揮袖卷走毒煙，蘇瑤銀針飛射，將來箭紛紛打落。
闖入內堂，隻見廳中妻兒被困在血陣中央，周身環繞詭異紅光，一黑袍人負手而立，腰間正是那月牙玉佩。黑袍人轉過身，竟是昔日略有交情的江湖客“冷麵修羅”，往昔冷峻麵容如今扭曲猙獰。“林羽、蘇瑤，彆來無恙，勸你們少管閒事，否則這二人即刻斃命。”林羽怒目而視：“你為何墮落至此？殘害無辜，用這等邪法，到底所圖何為？”
“冷麵修羅”仰頭狂笑：“所圖？我不過是想重振聲威，這江湖隻敬強者，投靠神秘組織，習得這血煞功法，便可稱霸武林，你們擋我者死！”說罷，雙手結印，血陣光芒大盛，妻兒慘叫出聲。蘇瑤心急如焚，卻被林羽攔住：“彆急，破這血陣不能強攻。”他靜心凝神，憶起古籍中陣法破解之法，尋到陣眼所在，掌心聚氣，推出一道柔和勁氣。
陣眼受擊，血陣搖晃。“冷麵修羅”見狀，飛身撲來，掌風攜著濃烈血腥味。林羽側身避開，與其近身纏鬥，蘇瑤趁機擲出多枚“淨化銀針”，打入血陣關鍵節點，血陣光芒漸弱。妻兒脫離危險瞬間，“冷麵修羅”分心回望，林羽瞅準破綻，使出全力一擊“太極混元掌”，正中其胸口。“冷麵修羅”口吐黑血，倒地不起，眼中尚存不甘。
解救了妻兒，林羽卻未放鬆警惕，從“冷麵修羅”住處搜出神秘組織指令信函，信中提及下一步計劃是突襲江湖各大門派藏書閣，搶奪武功秘籍、醫典珍本。“他們野心勃勃，妄圖掌控武林命脈，咱們得趕在前麵通知各派。”蘇瑤憂心忡忡。二人馬不停蹄，奔走各派之間，各派掌門起初半信半疑，直至看到信函證據，紛紛警醒，聯合布防。
約定之日，神秘組織大軍來襲，卻發現各大門派嚴陣以待。一時間，刀光劍影，喊殺震天。林羽、蘇瑤穿梭戰場，救助傷者、反擊敵寇。激戰中，林羽窺見組織頭目藏身暗處指揮，施展輕功“淩雲步”直逼而去。頭目大驚，祭出法寶“九幽噬魂幡”，幡影舞動，鬼哭狼嚎，蠱惑人心。蘇瑤及時趕到，奏響“清心瑤琴曲”，琴音如水，抵消幡影魔力。
林羽趁機近身，以內力震碎“九幽噬魂幡”，頭目慌亂逃竄，卻被各派高手圍堵。大勢已去，神秘組織兵敗如山倒。此役後，江湖重歸平靜，各大門派感恩林羽、蘇瑤預警守護，設宴款待。宴會上，林羽舉杯：“江湖安寧非一人之功，望往後大家攜手，共護江湖正義。”蘇瑤淺笑附和，杯盞交錯間，新的江湖佳話流傳開來，可二人明白，江湖風波無儘，未來仍需枕戈待旦，守護這片熱血江湖。
隨著江湖漸趨安穩，林羽與蘇瑤決定暫彆江湖紛擾，回山閉關修煉，鑽研醫武融合之術，期望突破自身瓶頸。山中歲月悠悠，春去秋來，花開花落，二人武藝、醫術皆大有精進。一日清晨，山林間靈霧氤氳，鳥鳴婉轉，林羽於溪邊練劍，劍氣如虹，引得溪水激蕩；蘇瑤在山洞調配新藥，藥香四溢，彌漫山穀。
就在此時，一陣急促敲門聲打破寧靜。開門一看，竟是位稚氣未脫小沙彌，手持書信，氣喘籲籲：“神醫俠侶，少林寺遭遇重創，方丈身負重傷，求二位速去救治！”林羽接過書信，隻見信上字跡潦草，透著慌亂，詳述少林遭神秘黑衣團夥突襲，寺內秘籍失竊，諸多武僧受傷。“定是江湖餘孽作祟，蘇瑤，咱們即刻啟程。”林羽神色凝重。
二人日夜兼程趕到少林，隻見古刹莊嚴不再，山門破損，庭院血跡斑斑。入內堂，少林方丈麵色慘白、氣息微弱，周圍僧眾滿臉悲戚。林羽上前把脈，皺眉道：“方丈所中是極為罕見的‘蝕骨綿掌’，掌力侵入臟腑，持續侵蝕，甚是棘手。”蘇瑤取出銀針：“先以銀針封住部分經脈，延緩掌力蔓延。”
施針完畢，林羽又調配解毒祛瘀藥膏，親自為方丈敷上。待方丈稍有起色，詢問之下，得知突襲之人個個武功高強，黑衣遮麵，招式詭異，臨走還留下狠話：“武林秘籍歸我，不服者滅門。”林羽心頭火起：“囂張至極，絕不能放過他們。”
循著線索追蹤，二人來到一處隱秘山穀。穀中陰森，迷霧重重，隱約可見幾座茅屋。靠近時，林羽察覺四周布有奇門遁甲之陣，稍有不慎便會陷入迷障。蘇瑤祭出羅盤，依五行方位破解陣法，悄然潛入。屋內，黑衣團夥正圍坐商議，桌上堆滿失竊秘籍。林羽怒喝：“作惡多端，今日便是你們受罰之時！”
眾人受驚跳起，紛紛拔刀。一場惡戰拉開帷幕，黑衣人頭領使出“幻影刀法”，刀影層層疊疊，如惡鬼撲食；林羽施展新悟“乾坤太極劍”，劍身環繞太極圖紋，四兩撥千斤，化解刀勢。蘇瑤在旁以“蝶舞綾羅鞭”輔助，鞭梢閃爍寒光，抽向敵人要害。激戰中，林羽瞅準頭領換氣瞬間，以劍尖挑飛其麵罩，竟是昔日叛出師門的敗類“狂刀浪子”。
“狂刀浪子”見身份敗露，愈發瘋狂，祭出絕招“滅世狂刀斬”，刀風呼嘯，劈開巨石。林羽、蘇瑤聯手應對，雙掌、長鞭齊出，抵住刀勁。關鍵時刻，蘇瑤甩出“定魂銀針”，射中“狂刀浪子”手臂，刀勢一偏。林羽順勢全力一擊，“乾坤太極劍”貫穿其胸口，“狂刀浪子”倒地身亡，其餘嘍囉四散而逃。
奪回秘籍，歸還少林，寺中僧眾感恩戴德，誦經祈福為二人祝願。經此一役，林羽與蘇瑤深感江湖雖曆多次整頓，隱患仍存。二人商議後，決定開宗立派，廣收門徒，將醫武之道傳授下去，期望培養一批心懷正義、濟世救人的江湖新秀，護這江湖長治久安。
開山收徒當日，各地豪傑、百姓慕名而來，望著台下諸多熱忱臉龐，林羽與蘇瑤相視一笑，攜手開啟江湖傳承新篇章。往後歲月，門派中弟子研習武藝、醫術，時常出山行俠仗義，神醫俠侶之名不僅是二人專屬，更化作門派精神代代流傳，江湖因他們持續煥發生機，故事在熱血傳承中綿延不絕，直至歲月長河儘頭，傳奇熠熠生輝。