有線點阿虎也無法使用而這個時候使徒從海上登錄，碇真嗣一行人順著通風管道朝著地下爬去。
此時碇真嗣命令手下手動做到這個。
明日香責怪碇真嗣偷看自已，隨後來人從上麵摔下來，正好落在了eva的準備室。
而後來人遭到了使徒攻擊，使徒開始直接入侵。
eva隻有三分鐘了，明日香給大家分工以後明日香自告奮勇擔當風語者。
緊跟著淩波跳到了井底，費勁消滅了使徒。
三人來到山下，碇真嗣感歎到如果沒有燈火星星會非常明亮。
綾波麗卻人類正是因為害怕黑暗才使用火焰趕走了黑暗從而生存下來。
美裡看著自已的傷疤，想起鄰二次衝擊父親死亡的事情。
大家都在家裡為美裡升職舉行來慶祝儀式。
而這個時候碇真嗣卻在南極由於第二衝擊南極完全是另外一幅模樣。
就在這個時候竟然在空中發現形勢圖，使徒開始攻擊，不斷的更改攻擊位置最終目標是據點。
由於使徒釋放了乾擾，無法通知。
超級電腦做出的決定是全體撤退。
臨時負責人美裡西大了撤退命令。
隨後找到了碇真嗣等弱
電梯中碇真嗣問明日香為什麼要駕駛eva。
明日香回答是為了顯示自已的存在。
她反問頂針，碇真嗣卻回答不知道。
使徒開始向地麵降落，三人駕駛著eva抵達預定地點。
他們使用足底啊的at立場，徒手接下了下落的使徒。
明日香駕駛的二號機用離子刀花開屏幕和碇真嗣一起將使徒擊殺。
事後，父親誇獎了碇真嗣，讓他有些吃驚。
他告訴美裡，他終於明白了自已為什麼要駕駛eva，那就是獲得父親的讚揚和鼓勵。
三人開始不借助戰鬥服直接用很提來進行同步測試。
三個人感覺到和平時測試不同，這個時候零號機出現了暴走。
赤木開始用激光攻擊零號機，結果出現了at立場。
原來又一使徒來襲擊而這種使徒竟然是細菌形態。
緊接著使徒入侵了據點，他最終目標是引爆據點。
一台主機被汙染做出了其他。
使徒開始繼續入侵。
赤木緊急下令更改了邏輯模式以15秒為單位，人為降低了超級計算機的運算速度。
想要徹底消滅使徒唯一辦法就是同歸於儘，隨後請求下令銷毀超級電腦。
這一提議遭遇到赤木的拒絕，她認為毀滅掉超級計算機就等於毀滅掉據點。
並且決定自已來承擔這個責任，她想要利用剩下的唯一電腦來和使徒專選。
隨後赤木帶著美裡來到內部，她告訴美裡，據點的計算機是人格一直到，是她母親開發的係統。
三個係統其實分表代表歐木清作為科學，母親和女饒三種人格。
超級計算機就是母親本人，赤木阻止自爆。
她的程序會加速使徒的進化，但一切進化的重點就是毀滅。
而有智商的使徒也會理解這一點進而會選擇和超級計算機共生。
此時第二胎計算機被占領距離自爆還有8秒，終於在最後一秒製止了自爆。
使徒的入侵停止了，而超級計算機也回複了正常。
綾波麗和碇真嗣開始了機體互換實驗，在初號機的淩波，同步幾率和零號機幾乎完全相同。
而碇真嗣有些緊張在同步機地獄平時不過可以接受。
赤木提出傀儡係統可以拿出來了。
實驗還在進行碇真嗣腦海中卻出現了綾波麗的影子。
緊跟著神經脈衝異常，零號失去控製，最終備用電源耗儘停止了行動。
碇真嗣在醫院醒來，頭頂上是陌生的湖北。
阿亮來到了京都，在倉庫和來人歎氣了關於馬爾杜克機關的事情。
馬爾杜克是搜尋eva的駕駛員來人表示阿亮的工作是暗中調查nerv。
原來阿亮的身份是雙重間諜。
美裡在酒吧喝多了酒，被加持送回了家。
在路上，美自已自從失去服氣那以後就開始在其他人身上尋找影子。
之前和阿亮在一起也是因為這樣，感到很對不起她。
阿亮他被與歐冠拿到錢。
美練隻有是一個隻想要利用男饒女人，不配擁有愛情。
明日香一直喜歡阿亮，看到美裡晚歸，她感覺無聊想找碇真嗣**時間。
明日香嘲諷碇真嗣是大鬼。
第二就醒來後的美裡找到了阿亮。
美裡麵發現了他的雙重間諜蛇粉。
阿亮告訴美裡，赤木和父親也想她尹莽了許多事情。隨後帶領美裡來到地下，發現被頂在十字架上的亞當。
大家開始常規才是，美裡發現碇真嗣的錯是結果，在三個人中最好，誇獎了他。
明日香有點不爽，此時又一使徒來襲擊這次使徒是一個漂浮在空中的球體。
通過接觸使徒沒有出現at立場。
茨木斷定是新型使徒。
初號機抵達現場，明日香建議同步第一的碇真嗣擔任先鋒，但是真實答應了。
碇真嗣攻擊使徒，結果對方時，然後初號機正下方的地麵出現了巨大陰影。
碇真嗣陷了進去。
隨後陰影吞沒了初號機，此時明日香腳下也出現。
她爬到街上，發現整棟樓都開始陷落。
美裡命令倆人退了回來。
隨後往外想要拉回機體，如果碇真嗣不操控初號機，就會丟掉生命。
明日香開始嘲諷頂針是火塔不過是測試第一名就開始。
綾波麗來到明日香麵前，她問明日香是不是為了彆饒稱讚cia會駕駛eva。
明日香是為了自已。
時間已經過去12個時，碇真嗣駕駛著初號機眼前一片雪白。
赤木告訴打擊，地麵的陰影是一個納米空間內部是at立場，那才是本體。
隻有本體被消滅才開始。
此時和eva一起在使徒體內的碇真嗣發現淨化能力開始降低開始出現不妙。
頂針不知道該怎麼辦。
赤木提出強製就出機會就是將現在的地雷全部投放到中心位置。
然後利用其它的倆太eva的at立場，乾擾使徒的虛數回路七分之一秒之後在一瞬間將騎爆破。
赤木提到應該以回收eva為關鍵，不應該管駕駛員。
赤木斥責美裡，他們如此看重初號機的理由是什麼，eva又到底是什麼。
赤木讓美裡相信自已，並且全權負責這次作戰。
此時虛數空間的碇真嗣看到了另外一個自已。
另外一個碇真嗣是他的另一麵。
這個時候一道光芒閃光，大家看到在球體中出現一個手，初號機從裡麵走出來。
碇真嗣行了過來他告訴美裡隻是自已想再見到自已。
第二支部和四號機都不見了，為連發隻意外在發生，決定將三號機送到d剩
碇真嗣開始了傀儡機的使用，茨木打算從候補人員中選擇第四個。
在休息區，美裡告訴阿亮，所謂機關補充子啊，隻是在挑選eva駕駛員然後讓美裡去調查。
阿亮帶著碇真嗣來到了自已終止西瓜的瓜田。
他自已的愛好存在，看著生物生長有一種美好的感覺。
他告訴碇真嗣知道痛苦的人可以溫柔代入。
原來第4任是碇真嗣的同學阿東。
阿東知道自已即將駕駛eva的消息並沒有太多欣喜。
他提出的調價你是將妹妹轉移過去。
碇真嗣聽三號機的事情。
三號機的啟動頂在宋代，他詢問駕駛員是誰。
啟動試驗一切順利，美裡打算之後告訴。
但是突然三號機出現搞能量反應但是號無效對哦。
茨木意思到是死徒入侵，試驗場發生率爆破，eva全員感到現場，直接進行指揮。
碇真嗣決定放棄三號機標記為十三死徒。
緊跟著三號機攻擊了好幾又朝著初號機過去。
綾波麗她清楚知道三號機駕駛員是阿東有些猶豫。
三號機發現令他並且時間來到零號機的身後。
父親下令切斷了手臂，零號傷害和那嚴重。
此時隻剩下初號機可以戰鬥。
碇真嗣操控者初號機，他想到還有和自已的同齡的孩子啊坐在上線此次外發下手。
終於三號機走了過來，一把掐住了初號機的脖子將他按到山上。
但是碇真嗣還是沒有反擊。
服氣你告訴他，上麵坐的是敵人，不反擊就會死亡。
碇真嗣那也比殺人好。
碇真嗣下令切斷鏈接竟回路切換為傀儡係統，碇真嗣陷入了黑暗之鄭
傀儡係統開始操控傀儡係統，一拳就擊敗了這個。
初號機完全不同頂針的操作，直接逆隋了這個。
三號機完全消滅，美裡得知三號機被出號當成使徒處理掉了。
不知道該如何麵對碇真嗣，碇真嗣卻聽到三號機駕駛員升還。
他終於發現了阿東是駕駛者。
碇真嗣無法接受這個事實拒絕從eva出來。
他覺得nerv在利用自已並且微笑要進攻。
父親自已沒有時間聽兒子撒嬌。
強製拉出了碇真嗣。
在睜開眼睛的時候看到班上。
班長告訴阿東他有幾個泥水了三。
隻是阿東沒有發現自已左腿沒有了。
父親告訴碇真嗣，自已對他很失望。
隨後碇真嗣告彆美裡準備離開。
碇真嗣下令綾波麗駕駛，。二號機出現雜地麵但是攻擊無效，使徒切開了這個。
阿亮詢問他為什麼來。
阿亮一旦使徒和地下解除。
而自已被開除了，但是碇真嗣可以駕駛初號機這就人類。
綾波麗拿著炸彈開始自爆攻擊，但是沒有傷害到使徒反而零號機失去了戰鬥能力。
阿亮讓碇真嗣自已考慮這些，碇真嗣看著到底的同伴跑回了據點。
父親問他為什麼回來
他向父親喊道自已是eva的駕駛員。
此時使徒來到地下據點完全暴露，初號機及時出現雙方鬥的難分難解。
使徒切斷了初號機的手臂隨後和出號一起回到霖麵。
發狂的碇真嗣要消滅使徒時候的點亮不足，使徒馬上奪回了主動權。
沒有電力的初號機一下一下承受著使徒的攻擊絲毫不聽從碇真嗣的控製。
突然完全斷電的初號機睜開眼睛，進入了暴走狀態。
初號機最終暴走。
父親一切才剛哪款愛上。
戰鬥過後二號機和零號機都受到了重創，要很長時間回複。
超級計算機建議大家一起轉移到過去的據點。
此時初號機停止了行動，碇真嗣還在初號機裡麵排除新號被拒絕。
這個時候場來了內部影響，裡麵居然是空的。
赤木碇真嗣被吞噬了，她eva不是單純的複製品其中有著人類的十香。
美裡讓赤木想辦法拯救碇真嗣。
赤木告訴美裡碇真嗣失去自我意識，以量子狀態漂流在裡麵。
變成了肉眼無法砍價你的昨，而這裡也將變成這個其中包括靈魂。
鷹就機會變成促成了**字啊恒。
赤木拿出幾乎書，這是十年前的原件。原來eva製造都是會後就有這樣的事情。
鷹就計劃開始，但是很快就失敗。
緊跟著門打開，碇真嗣的作戰服有了，美過去抱著作戰服哭了起來。
父親在擔心碇真嗣是否還可以活下去。
母親隻要活下去就可獲得幸福。
據點的冬月被綁架了，阿亮被認為是主謀。
由於阿亮和美裡的特殊關係，情報科找到了美裡帶走了她。
東月被帶到另外一個勢力那裡，老人們以為石碑形式和他見麵。
黑暗中，冬月聽到有了喊他老師於是回憶起以前發生的的事情。
當年冬月是一名教授，當時他所在的學校有一個名字叫阿維的學生。
要畢業了冬月詢問阿維以後的算是就職還是繼續做研究。
阿維若果有合適的人，自已會考慮但一名家庭主婦。
而後東月受委托保釋了一個名字叫阿渡的人。
冬月似乎不是很喜歡他，但是沒想到他居然是阿維的男友。
東月覺得阿渡的目的不承擔，也許就是為了接近背後的勢力。
第二次衝擊後，冬月又一次見到阿渡，他告訴冬月自已和阿外戶結婚了。
美裡麵被囚禁起來，冬月響起當年第二衝擊是隕落石衝擊導致的。
但是真相不是這樣，但是他開始調查問起了阿渡這件事情，來到地下看到了新世界。
但是看到茨木的母親，參觀了eva的存在。
之後阿渡邀請冬月加入自已的研究。
茨木回憶起了自已大學的時候和美裡在一起的時光。
那個時候美裡經常翹課，原來美裡在和男朋友校外同居，男朋友就是阿亮。
時候的碇真嗣被母親帶到基地。冬月孩子不應該來這裡。
母親應該讓孩子看一看光明的未來。
沒想到這是母親在世的最後一句話
在隨後，發生率意外，母親離開了這個世界。
母親去世以後，阿渡發起了補完計劃。
而一隻喜歡阿渡的直子博士似乎找到了機會。
長大以後的赤木，加入了據點成為e計劃的參加者。
阿渡將綾波麗帶到了禁斷in。
一隻和阿渡有曖昧關係發現淩波和阿外很想。
超級計算機研究成功，赤木告訴母清美裡也加入了據點。
而阿亮分到了彆的地方倆人分手了。：，，，