經過了這五個多月的上課，學生們已經基本具備了一定的基礎知識。現在學生們已經能夠熟練地測量物體的質量，能夠提純和分離日常的化學物質，在做實驗的時候，已經能夠得到比較精確的結果，對事物的研究正在向追尋本質的方向發展。
學生們已經在瘋狂地進行實驗，用各種各樣的東西進行實驗，看看各種物質進行反應，能夠得到什麼產品，都有什麼特性。
在這個過程中，硫酸、硝酸、鹽酸被發現了，並且以這三種酸為基礎，一些以前沒有見過的元素也被發現了。
這個時候，一個叫吳鴻的人，提出了一個疑問：那就是為什麼碳元素和氧氣燃燒，生成的產物會完全不同。一種是完全不支持燃燒的氣體，而另外一種則是能夠燃燒的氣體。
到了這個時候，李峰寫了一篇文章發表在了皇家學院的學報上，題目就叫《微觀世界》。
在這篇文章裡，李峰提出了一個“假說”：這個世界是由許許多多的的微小顆粒組成的。這些微小的顆粒叫做原子，是構成物質的基本粒子。原子與原子之間，又有所不同，因此組成了不同的元素。原子和原子之間，通過化學反應，可以形成新的分子，這種由分子構成的物質，便是化合物。根據在實驗中，各個物質反應的質量的比值，就可以計算出各種原子的質量比值。
在文章中，李峰提出來，將化合物命名的標準，比如說一個碳原子和一個氧原子構成的分子組成的化合物，就叫一氧化碳，一個碳原子和兩個氧原子構成的分子組成的化合物就叫二氧化碳。
這一篇文章的發表，頓時在學院裡掀起了一陣大爭論大討論，無數人用實驗去驗證李峰的說法，也有人用想用實驗來測試原子的質量。更有人還想改進顯微鏡，看看能不能看到原子。
朱由校看到這篇文章之後，也是十分震驚，急急忙忙就趕到皇家學院來找李峰討論這原子的事情。
“李愛卿，你說的這個原子，是不是就是這個世界的本源？”朱由校自從看了這篇文章之後，成天滿腦袋都是在琢磨這事情，一閉眼就有無數的原子飛過。
“陛下，微臣覺得是，但也不全是！”李峰笑著回答道：“微臣認為，這個原子組成了我們這個世界上物質，但是，或許那原子也是可以在分成更小的部分，但是這就需要我們繼續去探索了。”
朱由校聽到了李峰的話，接著又拋出了一個問題：“李愛卿，按照你這個理論，那這些原子又是如何組成分子的？為什麼有些元素之間能夠生成化合物，而有些元素又不行？”
這幾個問題，李峰當然知道答案，但是他不準備將這個答案馬上就說出來，隻是將這些問題刊登在了下一期的學刊上。
朱由校沒有得到答案，十分不甘心，便住在皇家學院裡，與廣大師生們一起討論。這一住下，朱由校才發現官邸裡十分溫暖，遠比在皇宮裡住得舒服多了。於是立馬就將張皇後和幾個妃子也叫了過來，乾脆就在皇家學院裡住下了，而且住下就不想走了，看那樣子，冬天不過去是不打算離開了。等到見到張皇後的時候，李峰這才發現張皇後的腰肢似乎粗了一圈，悄悄詢問了一下，果然是有了身孕。
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