隨即大規模的搜索和捉拿行動在全城進行。讀蕶蕶尐說網5203187
東廠所有的人，全部被先集中看管，然後進行甑彆。宮中的太監也都被梳理了一遍，王體乾、李永貞、石元雅、徐文輔、梁棟、陳德潤、劉朝、田詔、劉榮、陸儘臣等幾十個魏忠賢的心腹太監人頭落地。劉若愚、孫進、李朝卿、劉應坤、孟忠等一百多個和魏忠賢有瓜葛但是作孽不多的太監被發配到昌平和鳳陽的祖陵守墓。
至於內操的那些閹軍士兵，俘虜了一千六百多人，除了為首的幾個殺了之外，其餘的也都關押起來。
親軍衛都指揮使田爾耕、錦衣衛指揮使許顯純平時和魏忠賢走得近，在魏忠賢叛亂的時候，按兵不動，因此被解除職務，下了大獄，等候審訊。親軍衛都指揮使由朱純臣暫時兼任，丁順接過了錦衣衛指揮使的職務。
隨即丁順便立即指揮人馬，全城大索，搜查魏閹餘孽。
很快，錦衣衛和皇家陸軍的士兵們就將寧國公府團團圍住，丁順命人將所有人等全部抓獲，連一隻老鼠都不許放走。很快，魏忠賢的侄子魏良卿、女婿楊六奇等人悉數被抓獲歸案。就連被關在寧國公府的王冉也被從地牢裡揪了出來。
對這些閹黨叛逆的處理也十分迅速，魏忠賢被羅列了三十六條大罪，首罪就是謀逆，魏良卿等參與，滿門抄斬。魏忠賢自己隻有一個女兒，也受到了波及。女婿楊六奇、侄兒魏良卿等淩遲。其餘魏家同族也被株連，流放澳洲、台灣、菲律賓等地。魏忠賢的近親男丁，隻有魏良卿的一個兩歲的小兒子得以幸免，不過也是被流放到了菲律賓。
至於在魏忠賢謀逆中，雖然沒有參與，但是按兵不動的田爾耕、許顯純，經查實與邵輔忠、阮大铖等人一樣，近期與魏忠賢狼狽為奸，出謀劃策，斬首，家人流放澳洲、呂宋。
抓獲的聞香教徒骨乾及教徒一千多人，包括教主和幾大護法在內。王冉和一百多骨乾分子被砍頭，其餘教徒被打散發配澳洲、台灣、呂宋和遼東鐵嶺一帶。
至於那些平時與魏忠賢曾經走得比較近但是在這次事件中，表現尚可，沒有支持魏忠賢登基，節操還算是完好的魏廣微等一乾大臣，朱由校沒有處理，而是嘉許了一番。畢竟這些人的政治底線還是守住了。
對於在這次事變中被魏忠賢殺死了的文震孟，皇帝是嘉獎了一番，追賜伯爵，贈太子太傅，諡“文正”。這種追封對於文震孟來說，可以說是莫大的榮耀了。原先的曆史上，文震孟死後的諡號才是“文肅”，比起“文正”來說，差了八九級呢！
這一次魏忠賢造反，好在對皇帝的後宮沒有造成什麼傷害，這也是朱由校給魏家留下一絲血脈的原因。不過因為這個原因，朱由校下令將魏良卿的女兒容妃打入冷宮，皇子交給一個姓段的貴人撫養。
等到一切塵埃落定，九月十八，朱由校召集文武百官，開始對這次的有功之臣進行論功行賞。
李峰對於粉碎魏忠賢的叛逆，居功至偉，加太子太傅，晉遼國公。
馬鐵賜封靖安侯，加左都督，幾年之間，便從一個小小的總旗，一躍成為皇帝手下權柄最重的大將，手握重兵，可謂是拜將封侯。
第一軍第一師的各級官兵，也都俱有升賞。
這次朝會之後，李峰卻是沒有了欣喜，隻是默默地跟著眾臣一起退朝，返回了家中。
他知道，魏忠賢在臨死之前對朱由校說的話，絕對是插向皇帝心中的一把刀子，經曆過如此巨變的朱由校，已經不再是原先那個淳樸憨厚的朱由校了。雖然朱由校給他論功行賞，封了一個國公，但是恐怕他的心中，已經有了一個疙瘩。這個疙瘩若是解得好，兩人的關係還能維係下去，若是處理不好，恐怕今後的日子就難過了。
而且，這次朝會雖然給李峰的獎勵是最大的，年紀輕輕的居然晉升了國公，但是卻沒有給李峰任何的實際職務，很顯然，就是有將李峰掛起來的意思。李峰心中暗暗苦笑，沒想到這朱由校居然也開始玩起了帝王心術。
不過李峰倒是很看的看，便回到了皇家學院。
現在侯府被魏忠賢一把火燒得乾乾淨淨，因此李峰一家人隻好住到了皇家學院。不過這樣也好，李峰便安安心心地在皇家學院裡開始教書育人。
朱由校倒是沒有忘記自己的承諾，很快便宣布給李峰和徐青青賜婚，客氏親自擔任了媒婆。徐青青幫她將肚子內的線拆掉了，很快客氏便養好了身子，活蹦亂跳。李峰又結了一次婚，將徐青青娶回了家中。
結婚之後，李峰隨即就在皇家學院裡整合了新的醫學係，徐青青擔任了醫學係的主任。與此同時，李峰在皇家學院的旁邊，自己出資修建了一座醫院，讓徐青青擔任醫院的院長，在收治病人的同時，供醫學係的學生們實習。
這個時候，江南傳來了消息，複社的張博出事了。
這張博、張采、侯方域等人去青樓喝花酒，本來在這個時候這些所謂的才子們去青樓喝喝花酒不是什麼大不了的事情，那些文人還將這種行為當成風雅之事。壞就壞在，這些家夥喝的醉醺醺之後，不知怎麼的，就喝多了。喝多了之後，被人發現和幾個粉頭就光著身子躺在文廟裡。