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大頭瘟顯著病症特征就是口渴，這也是陳實功等人辯證時病人重要表現之一。
這病症整體也就三四天，若不加診治，十個人染病，三四天後隻能活下來四五個。
而在這極短的感染過程中，早期症狀為憎寒發熱、頭麵紅腫，有咽喉腫痛的也有的沒有這種感覺；第二階段便是口渴引飲、煩躁不安；到第三階段則頭麵焮腫，咽喉、耳前，連及頜下頸部劇烈腫痛。
到第三階段就再施以藥石就很難救過來了，隻有青黴有減輕症狀的可能性，因為它比外敷內附的傳統藥物吸收快。
老鼠不怕人，為喝水幾近瘋狂，這一症狀與受大頭瘟影響的人極為相似。
陳實功到這時候才終於明白，他在城中看不到老鼠，並非通州城沒有老鼠，而是老鼠都鑽進地下水道了。
城中救治手段已幾乎確定，除陳實功在北洋軍醫院從柑橘青黴中製取的青黴，其他主要施救手段以二聖救苦丸遏製新感染患者，中症與重症分施以普濟消毒飲、人參敗毒散辯證治療，重症者下猛藥牛蒡芩連湯，加以宣傳讓城中百姓以沸水衝泡清毒飲代茶水。
在藥物治療之外，主要手段仍為原始且有效的隔離，禁止百姓出門，家中備糧、禁止食肉。
其實撐到陳實功至通州的第三日，危機就已基本解除，因為物資供應上了。
城中所需青菜都是用青龍軍列從天津拉過來的罐裝泡菜，讓百姓湊合著吃；京畿的棺材、北洋工業區的防護裝備也都送了過來，為防屍首毒氣感染，全由城中衙役入戶收斂在陳實功的命令下拉到城外劃出的墓園埋葬，他們與患病者親屬經過商議，待疫情結束另行祭拜。
而在第四日早，城外的觀察所的旗軍快馬回報，從上遊衝出大量死鼠，及其他小型毛蟲屍首，被他們攔在河中的層層大網攔住。
由於觀察所旗軍離通州城較遠，沒有足夠的防護措施，有人在處理屍首後出現畏寒發熱，陳實功帶隊攜藥轉移，將毛蟲屍首從掩埋好的地下刨出，連就近泥土裝了三百三十具棺材，挖坑焚燒一空。
隨後的日子裡，通州城內外患病消息此起彼伏，最遠的病例出現在武清，但其既在軍列線上又在電報線上，當地已做好充足防範，儘管人人自危，但都不再有大規模傳染的情況，使用藥物也已有分階段的定例，起初聲勢浩大的大頭瘟再難翻起什麼風浪。
陳實功一封報告發進京師，第二天就有紫禁城內的宦官乘馬車疾馳而來，給通州城外奮戰數日的醫戶帶來八百三十二枚萬曆皇帝的新玩意。
“北直隸總醫官陳實功，危難之時向朕請纓入通州，帶隊平息瘟疫，有懸壺濟世之功，特賜甲等金岐黃勳章一枚，賞銀一千兩；其所用青黴活人三十七，特賜丙等銅岐黃勳章一枚，賞銀三百兩，另有朕為赤子付診金三十七兩，合賞銀一千三百兩、付銀三十七兩，以資功勳。”
“江西醫戶龔廷賢，數年遊醫四方活人無數，創二聖救苦丸，值此通州大疫造藥一千七百份，救治患者九百四十人，特賜甲等金岐黃勳章一枚，賞銀一千兩；另有朕為赤子付診金九百四十兩，合賞銀一千兩，付銀九百四十兩，以資功勳。”
除他二人外，八百三十名應募醫戶人人有賞，救活五十人以上者，授乙等銀質岐黃勳章一枚，賞銀五百兩另有皇帝為百姓付的診金；救活三十人以上，賜丙等銅製岐黃勳章一枚，賞銀三百兩，另付診金；活人十人以上，賜丁等銅製岐黃勳章一枚，賞銀百兩，另付診金。
除此之外還有鐵岐黃勳章，應募醫戶每人皆有，賞銀十兩。