戚繼光手下的蒙古軍隊首領，重軍的車臣洪台吉、輕軍的董長昂、炒花，人均孛兒隻斤氏。
麾下的兵馬太多，指揮係統變得紊亂，此時終於找到可供休息的地方，戚繼光急需重新整編部隊。
他先是將浙軍老師與萬歲軍合並，從中選出立下功勳的三千五百餘人編成四十個千戶所，廣布於輪台、吐蕃、伊犁，劃分耕地牧地，廣納流民諸部，加以屯田。
同時向朝廷報備新設伊犁都指揮使司，請兵部吏部派遣縣官、軍官。
餘下兵力與蒙古輕軍、重軍合編一體，正式將他們吞入明軍體係之內。
至此不再有蒙古輕軍重軍，隻有大明征西軍。
都指揮使由戚繼光兼領，都指揮同知董長昂、炒花、俺答從孫龍虎將軍庫圖克圖車臣洪台吉，指揮使指揮同知各十六員，下轄千戶七十二部，皆以漢將任千戶、部長任副千戶，將過去輕軍諸部完全打散。
各千戶部有步騎五百、重騎三百、炮兵一百、飛艇一百組成，其中重騎百戶麾下隻有重騎三十三人，餘下為輔兵；炮兵有炮兩門，飛艇有艇一艘、輜重車五十架。
戚繼光的四路大軍，如今隻剩下塞北鐵路總督梁夢龍的六部衛軍保持原有編製，但他們已經不算是戚繼光的部隊了，梁夢龍如今把鐵路一路鋪設到陰山西麵，已算進境神速，肯定是趕不上他了。
此外他順手將先前一路西征所攜牛羊馬駱駝重新分配，各由千戶率領遊牧，不論步騎皆有馬匹，各部同樣像北洋軍那樣設立宣講，不過首要任務是教授軍兵識字，有教官職能，授以勘探、測繪、騎兵戰法、紀律訓練等技能。
這也是戚繼光真正想做的事，這些東西跟原本的蒙古軍隊格格不入，他們不領軍餉，所獲全靠作戰掠奪的戰利賞賜，打仗時願意聽命，不打仗時便各自畜牧四處遊蕩，不像中原王朝的部隊屯在大營，有機會學習更多。
雙方在融合中向最適合他們的戰功賞賜、官職授予方式摸索前進。
不過在摸索出真正適合他們的方法之前，各千戶部還是要帶著部隊四處遊牧，一麵畜養牲畜，一麵測繪周遭路線地圖。
與先前最大的區彆便是個千戶部之間有了更多聯係，所有部隊像一張大網，覆蓋整個伊犁河穀。
短時間裡戚繼光不想繼續向西征伐，他的士兵都非常疲憊，而且罐頭食品幾乎耗儘，火藥存量也嚴重不足，必須等待部隊在這裡把新罐頭食品做出來，也要等待後方將新的火藥送來，還有大後方的火器、甲片、兵器備用零件的補給。
這裡的後方指的是吐蕃的佟登。
他們在達雲擊敗馬黑麻的七角井找到了硝礦，還有過去吐蕃葉爾羌造火藥的幾處硝礦與硫磺產地，眼下他這邊正在造炭，隻等著東西送來就能補充火藥。
但在未明確土地所有的邊境遊牧是很危險的事，一不小心就會爆發爭端，尤其在雙方都持有武力的情況下。
樹欲靜而風不止，戚繼光有心在這休養生息，奈何前線的部下回報，在他們的西邊，一場新的戰爭已經打響，他們的新對手是哈薩克汗國。