之後9月朝廷就升明山東布政司左參政：鐵鉉，為〈山東左布政使〉，並改命明山東都指揮使：盛庸，代替明曹國公：李景隆，繼續抵抗燕軍南侵。
12月初8明安陸侯：吳傑、明後軍都督府都督僉事兼北平行都指揮使：平安，防兩人防守定州，明山東都指揮使駐紮在剛剛收複的德州衛，明萬全都指揮使：徐凱，則屯兵在滄州，三方互為掎角。
燕軍首先襲擊滄州擒獲明萬全都指揮使，奪其輜重進逼濟寧衛，明山東都指揮使立即率軍駐紮在東昌府進行攔擊背城列陣，明燕武親王率軍鐵騎直逼山東明軍的左翼，但山東明軍變換陣形臨危不懼。
接著燕軍又衝其中軍，明山東都指揮使很自信的張開隊列放燕軍進來，再用兵收攏層層包圍，燕軍中軍主將：張玉、燕軍北平都指揮僉事：朱能，率領兀良哈三衛騎兵來救，與明燕武親王會合拚死突圍而出。
但燕軍中軍主將卻不知燕親王殿下已被救出，仍在陣中衝殺最終力竭被明軍長矛隊包圍刺落下馬而死，時年58歲！
導致燕軍大敗，許多燕軍被明軍火器所傷，隻有明燕武親王以數百名騎兵殿後，才能安然退至山東承宣布政使司館陶縣，可依舊被明山東都指揮使傳令明安陸侯、明北平行都指揮使從真定府抄近路攔截燕軍歸路。
然而待得勝捷報回去朝廷之時，卻遭到了明惠宗的反感與大怒，因為之前自己下令削藩已經逼死了一個十二皇叔明湘獻親王：朱柏，眼下要是在害死四皇叔燕武親王：朱棣，的話那麼自己就是千古罪人了！
故此他下了一道詔令去前線，讓圍剿燕軍的明軍們有些懵圈？他的一道聖旨“朕要見到活的叔父押來應天府。”
才因此使得明燕武親王逃過了多次被圍困的劫難，正是明惠宗的這種婦人之仁最終將朝廷推向了深淵。
在明建文三年公元1401年正月由於明軍不敢過多圍攻燕軍，才讓燕軍得以喘息過來，朝廷經過兵部商議不得不重新啟用明兵部左侍郎：齊泰、明翰林院大學士：黃澄，官複原職留朝參政。
緊跟著明安陸侯、明北平行都指揮使兩人在深州之戰中失利，燕軍才得以返回，在這次戰役中燕軍精銳幾乎喪失殆儘，幸虧明山東都指揮使及時趕到打退燕軍聲威大振，明惠宗親自為此祭廟告捷。
3月燕軍又南出保定府，明山東都指揮使則紮營在夾河，被明燕武親王輕率騎兵來探掠陣而過偷襲側營，氣得明山東都指揮使立刻派遣千名騎兵追擊，還反被燕軍射箭擊退。
雙方交戰過後明山東都指揮使軍持盾而進，明燕武親王則命步兵先攻，騎兵則乘機迅速推進，明山東都指揮使大怒親率軍力戰，斬其燕軍北行都指揮同知：譚淵。
而燕軍左軍都指揮使：朱能、燕軍萬全都指揮同知：張武，等部將也率部殊死戰鬥，明燕武親王則以輕騎穿越陣地與燕軍左軍都指揮使會合，明山東都指揮使的援軍明山西行都指揮使：莊得、明河南都指揮使：皂旗張，等將領戰死，但是燕軍在這一天內也死傷慘重幾乎大敗。
第二天再戰燕軍在東北，明山東都指揮使在西南，從早晨戰至下午雙方互有勝負，待兩軍都已疲憊之時，將士們各自坐下休息。
隨後又開始交戰，忽然東北風大起，飛塵遮蔽天空，燕軍乘風大喊左右橫擊，打得明山東都指揮使大敗逃回德州衛從此氣沮不已，燕軍山東都指揮僉事：李遠，在沛縣焚毀明軍運糧船隻，使得明軍缺乏糧餉不敢輕易出兵。
燕軍才能繼續組織軍隊大規模南下，敗明山東都指揮使於滹沱河，再敗明安陸侯於槁城，朝廷震怒直接讓明兵部左侍郎在外募師勤王。
當時明燕武親王雖多勝但也損失頗重，而朝廷軍源頗廣不必擔心，燕軍在北平行都指揮使司、山東承宣布政使司一帶所攻下的城邑，等軍撤回後又被朝廷軍隊所占據。
5月朝廷遼東明軍又南下圍攻永平府，燕軍山海衛指揮僉事：吳興旺、燕軍撫寧衛指揮使：穀祥，將其擊敗。
當時駐守縣中嵩林莊、高家莊的燕軍與遼東軍對壘八十天，以燕軍開平衛百戶：陳華，陣亡於良兒莊而繼續推進。
11月明遼東總兵：楊文，進攻撫寧衛，結果被燕軍反撲大敗！是月在燕親王府內評論戰守永平府功績，所有軍士官升一級。
同年12月底京畿應天府皇城有內臣自京師送信來北平行都指揮使司告密，讓明燕武親王得知應天府兵力空虛可圖大計，便決計改變戰略轉攻南下。
明建文四年公元1402年正月明燕武親王率師繞開山東承宣布政使司濟南府從東昌府全力南下。
4月燕軍連破明左軍都督府左都督：何福、明北平行都指揮使：平安，兩處明軍橫過河南承宣布政使司汝寧府進入中都留守司鳳陽府地界。