5月朝廷遼東軍又出擊攻打永平府，燕軍撫寧衛指揮使則引兵過小淩河到十八裡鋪擊退遼東軍論功官升一級。
就連李氏朝鮮太宗靖安君恭定郡王：李芳遠，以及遼東都指揮使司境內剛剛控製了女真各部落的北方大明建州衛萬戶侯：愛新覺羅·孟穆特，也都紛紛歸順明燕武親王，所以在解除了後顧之憂燕軍才敢放心南下。
隨後在中都留守司鳳陽府靈璧縣之戰中由明燕親王世子：朱高熾，率領大軍從後方偷襲明軍糧草，在衝入中軍活捉明北平行都指揮使：平安，唯有明平燕將軍：盛庸，獨自率軍向南在淮水南岸排列戰船。
燕軍中軍都督府都督同知：丘福，偷偷渡過淮河出現在明軍後麵，牽製住明軍打得他們力不能支隻得退守長江，待燕軍渡過淮水由盱眙州攻打揚州府，明平燕將軍則在**鎮巡司以及浦子口巡司率軍抵禦但都失利。
其中明右軍都督府都督僉事：陳蠧，親率水師投降燕軍，讓燕軍乘勢渡江，而明軍們倉促聚集海船出高資港迎戰又敗軍隊潰散。
接著燕軍又攻克了泗州、揚州府、淮安府等地，迫使明惠宗急忙派遣身為明燕武親王表姐的明慶成郡主：朱恭倩，入燕軍大營內談判企圖割地與明燕武親王求和，但是明燕武親王卻不準許。
因為經過這四年的拉鋸戰之後，明燕武親王也分析出了形勢，隻要明惠宗在位一天，全國地方軍隊就會抵抗一天，而自己就永遠都是叛王，但如果一旦攻占了應天府皇城趕走了明惠宗，那麼自己就可以成為一國之君，相信也沒有多少人敢反對？
因為大家都是觀望的態度，才讓燕軍順利的一路南下，當時的建文朝廷中早就已經亂作一團，很多地方將領按兵不動隔岸觀火
6月11日燕軍前鋒成功渡河下鎮江縣，直逼應天府皇城而來，明穀宣親王：朱橞，與明曹國公：李景隆，被迫打開金川門投降至此皇城徹底淪陷。
待明燕武親王：朱棣，進入皇宮之後看見宮中燃起熊熊大火，宮女與宦官們四處奔跑，放眼望去整個皇宮無一人敢抵抗，而明惠宗則下落不明？
周圍各地方上的承宣布政使司衙門幾乎沒有任何官員敢站出來反對，在這種情況下明燕武親王開始放心大膽的坐在龍位上宣告廢除〈建文四年〉年號，改為〈洪武三十五年〉並表示自己是繼承了，父皇明太祖吳王洪武高皇帝的帝位而不是侄子明惠宗建文讓皇帝的帝位，並把明惠宗的二皇子：朱文圭，關在廣安宮內。
至此想要登基的明燕武親王就讓明翰林院文學博士：方孝孺，幫忙起草即位詔書，他卻悲切哀慟的撲倒在地放聲哭泣聲響傳遍奉天殿大殿的台上台下。
明燕武親王走下臥榻台階慰問他說“先生不要自取憂苦，孤王隻是打算仿效周公輔佐成王的之意。”
誰知明翰林院博士聽後卻問道“周成王在哪裡？”
明燕武親王道“他自 焚而死。”
明翰林院博士又問道“那為何不立成王之子？”
明燕武親王回答道“國家有賴於成年的君王。”
接著明翰林院博士開口道“那為何不立成王的弟弟？”
明燕武親王立馬答道“這是我們朱家的事，先生未免管的太多了吧？”說完就回頭示意左右侍者授予方孝孺紙筆，並說道“詔示天下，非得由先生您來親自起草不可。”
不成想明翰林院博士直接把筆扔到地上，邊哭邊罵道“死就死吧！此等詔書老夫絕不能起草。”
此舉直接激怒了明燕武親王，他下令將明翰林院博士推出去宣武門車裂於菜市口，還讓南北鎮撫司錦衣衛隊抓捕方家十族斬首。
7月17日朝中內外無人反對的情況下，明燕武親王開始在奉天殿內登基加冕，又去太廟祭祀稱帝，改次年為〈永樂〉史稱「明太宗」他還下令大力搜索明兵部尚書：齊泰、明翰林院大學士：黃子澄，等建文朝臣五十餘人，還廢除了建文年間所改的一切太祖皇帝製定的成法和官製，以表明其起兵目的在於恢複祖訓。
明永樂元年公元1403年，明太宗：朱棣，下令安撫被明惠宗削藩以及受靖難之役影響的藩王們以穩定國內局勢，還表示自己和皇侄子明惠宗不同，先後恢複了明周定親王：朱橚、明代簡親王：朱桂、明岷莊親王：朱楩，等諸親王舊封。
其中明惠宗的皇三弟明吳悼親王：朱允熥、皇四弟明衡憨親王：朱允熞、皇五弟明徐簡親王：朱允熙，三人尚未就藩就被明太宗給降封為郡王（明廣澤郡王：朱允熥、明懷恩郡王：朱允熞、明敷惠郡王：朱允熙）並以不能匡正明惠宗為由廢除三位郡王為庶人，軟禁明廣澤郡王與明懷恩郡王兩人於中都留守司鳳陽府英武衛，僅留明敷惠郡王一人獨自奉祀明懿文皇太子靈位。