6月14日，叛賊首領：楊應龍，得知大戰迫在眉睫，便積極謀劃準備，又在播州軍師：孫時泰，的建議下提但“應乘朝廷大軍尚未集結之際，宜先破重慶府綦江縣，直搗成都府，劫蜀親王為質。”
於是叛賊首領就趁著官軍暫未集結，而內地防守空虛之際，率重兵圍攻了重慶府綦江縣。
當地明軍與之展開慘烈的守城戰。
6月17日，明重慶衛遊擊將軍：張良賢，在舊東溪堡與播州宣慰使司叛軍遭遇，在這場遭遇戰中，明軍占據了上風。
6月20日，明重慶衛右參將、明重慶衛遊擊將軍與播州宣慰使司叛軍戰於城下，各有傷亡，明重慶衛遊擊將軍還被叛軍包圍了七層。
不過他幸運地殺出了重圍，但命運卻在，代替貴州巡撫一職，在以明湖廣川貴總督：李化龍，代替四川巡撫一職。
並調明四川都指揮同知：劉綎、明大同總鎮總兵：麻貴、明湖廣總鎮總兵：陳璘、明薊州總鎮總兵：董一元，南征眾將統一劃歸到明湖廣川貴總督兼四川巡撫：李化龍，的指揮下。
還命令明湖廣川貴總督駐守四川承宣布政使司重慶府負責調度。
11月初9日，叛賊首領又屯兵官壩堡，聲稱窺蜀，然後悄悄回師東進，焚燒東坡爛橋，使得黃平安撫使司、貴州承宣布政使司石阡府龍泉坪長官使司，兩處所在告急。
接著播州宣慰使司叛軍，又進兵貴州都指揮使司偏橋衛，前去掠奪興隆衛、鎮遠衛，打通黔楚線，後兵分五路攻破貴州承宣布政使司石阡府龍泉坪長官使司。
很快明湖廣川貴總督兼四川巡撫，就商議要安置重兵萬人，據守要害，以打通湖廣承宣布政使司、貴州承宣布政使司通道。
但是明貴州總鎮總兵：童元鎮，卻擁兵在銅仁府不敢上前，被革職戴罪立功，改由明四川總鎮副總兵：李應祥，代替，還命明都察院右僉都禦史：江鐸，巡撫偏橋衛、鎮遠衛、鎮遠府，監視明偏橋衛指揮使：陳天寵，以防止他勾結播州宣慰使司叛軍。