曹閔已然到了南京刑部, 他懷揣著怒火而來，一至衙門還沒喘口氣，就差人去調查。他心知肚明, 要大事化小，需從兩個方向著手, 一是調查清楚自焚案的根底，二是要向士子做好解釋工作, 讓他們不要被人當槍使。
要做到前者並不難, 李龍的秉性和生平，在當地並不是秘密。特彆還有其妹李鳳姐投河時寫得遺書, 更是隨著《萱草記》的流行廣為流傳：“父無情日夜毒打, 兄無能袖手旁觀, 仆無忠任意欺辱, 吾無奈唯有自裁。”
曹閔道：“連自己的親妹妹都不顧，這樣軟弱無能的小人, 真會像他的遺書中所說的那般大義凜然不成。這其中必有其他緣由。”
於是，他和南京刑部官員, 提來舒芬會審。會審之日, 萬人空巷，帶儒巾的、帶瓦楞帽的，擠擠挨挨地立在衙門口。
這樣的境況是大大出乎曹閔意料的, 可依照律法，這樣的流程必須要走, 他也隻能硬著頭皮走下去。然而又讓他沒想到的是, 舒芬的確是一個實誠君子，他坦言了李龍性格中卑劣的一麵。他麵帶羞愧道：“我曾無意間見過李家大姐一麵。在她投河去後，我一直懊悔, 沒有早點救下她。李龍正是抓住了這一點，向我不斷索取金銀。在我將要議親後，他擔憂我有了妻室，對李家大姐的欽佩之情會減弱，於是提出結姻親……”
此言一出，一片嘩然。一些人開始指指點點：“這是要連死人都不放過，都要利用乾淨。”“他腦子有毛病吧，居然想把自己的死鬼妹妹和活的舉人結冥婚！”
這時，已經有人回過味來，這隻怕李龍心中有怨，為了殺人，這才找了一個由頭。可也不對，人要是不被逼到絕路，又豈會願意去死呢。
果然 ，在南京刑部尚書孫需詢問：“這麼說，李龍戕害爾等，純屬私怨，而非是公心？”
舒芬依然如實回答：“回稟尚書，他寧願帶著一家老小全部歸西，也有科舉改製絕了他最後一線生機的緣故。諸如他這種屢試不第、天資平平之人，連考上府學都難，又何談其他。他自覺前途儘毀，這才自焚。學生想來，他自覺單憑一個秀才的性命，不足以震撼朝廷，這才拉上我們。”
曹閔的眉頭一皺，他道：“朝廷開科取士，本為選拔人才。如今天下承平，北與韃靼議和，南於廣州、泉州開關，整治倭患，正是大治之時，用人之際。然朝中新科進士，熟於經義，卻疏於實務，對大小政務，難以上手。陛下與諸位上官，正是出於這個原因，才行學政改革，在官學之中設律學、算學等科目，待諸位學成，自可更好為朝廷效力。這當是文壇盛事，大家都是飽讀詩書之人，為何反倒諸多非議？”
舒芬答道：“廟堂之上諸位相公，自是為國為民，高瞻遠矚，可學生鬥膽，或許是因他們站得太高，反而看不到下頭的苦楚。”
孫需聞言喝道：“大膽，安敢非議上官？”
舒芬拱手道：“學生豈敢，依學生愚見，此政固是大善，隻是我等見識淺薄，恐得等一些時日，方能看到其中的好處。”
曹閔問道：“你這是何意？”
舒芬朗聲道：“請恕學生直言，待到官學遍布鄉野，學政清廉如水，先生個個博學，不論高門或寒門，皆能在官學中學到真正的策論之道，律算之術，那時，大家想必都會對科舉改製大加讚同。可要是以上皆無，鄉野之人仍求學無門，學政仍良莠不齊，先生學問仍差彆不小，最後是高門窺大政，寒門空嗟歎，請恕學生等鬥膽直言，這注定不得民心。今日死五人，日後隻怕死得不止五人！”
孫需與曹閔對視了一眼，一時俱啞口無言，他們皆心知肚明，以如今大明的吏治和財力，根本給不了學子們一個相對平等的學習環境，既然無法承諾，那就更沒什麼好說的。而衙門外的一眾學子，聽罷後卻是齊齊叫好，讚賞不已。科舉本就是自古華山一條路，大家摸索了多少年，才摸清了慢慢往上爬的規則，如今上頭把路子縮得更窄，卻無法給予充足的保障條件，這叫大家如何同意，怎麼同意？
江南學子自焚案就此落下帷幕，雖揭穿了李龍是個卑劣小人，此舉多是為了報複人，泄私憤，可一眾學子對於學政改革、科舉改製的不滿，及其本身的弊端不足，卻更加清晰地揭露出來。
曹閔長歎一聲，自知科舉改製怕是要緩一緩。他於是開始想法子保住李夢陽。他開始頻頻提審李東陽的同僚及鬨事的學子，可出乎意料的是，大多數人竟然是眾口一詞，極言李夢陽的不是。且隨著他逼問越甚，人家說得就越過分，有些低級官員甚至當麵直叱：“曹禦史莫不是有意為他開脫，這才逼人改供？”
而後，有幾人竟然聯名上奏，嚴詞彈劾他。曹閔既驚且怒，一麵上本自辯，一麵又犯了拗性。他斥道：“難道就憑爾等一麵之辭定罪，你們既說李夢陽過失累累，那麼他是某時某事身犯何罪，可有旁證，可有物證？”
他本是查案的能手，這般較真，多方求證，自然能辨明真偽，逼得一眾誣告者節節敗退。他眼見局勢大好，心下大定，誰知，他還沒高興多久，就在孝陵祭祀上遇見了一樁大事。
太宗朱棣遷都北京，留在南京的帝王陵墓就隻有太/祖爺一個。不過，曆代天子並未因不在南京而輕忽祭祀，建文帝在位時就定下了規矩，“每年元旦、孟冬、太/祖誕辰、太/祖及孝慈高皇後忌辰時酒果行香；清明、中元、冬至以太牢致祭，是為‘五小祭、三大祭’”【1】。曹閔在南京蹉跎日久，很快就等來了馬皇後的忌辰。
忌辰當日，曹閔乘車馬一起往紫金山去，可到了半路，不知怎得，他所乘之馬突然長嘶一聲，發狂衝了出去，穿過官道，鑽進了山林之中。他大驚失色，在馬車內撞得鼻青臉腫，直接暈厥了過去。待他醒轉時，已是第三日傍晚了。他隻覺渾身劇痛，隨從在他身旁又哭又笑。他被吵得腦仁疼，卻顧不得自己的身子，忙拽住仆從，嘶啞著嗓子道：“祭禮呢？祭禮怎麼樣了？”
正準備去倒水的隨從，聞言頓住腳步：“這，老爺，祭禮早就結束了……”
曹閔的臉色煞白，依照典製，逢祭祀這一日，各衙門文武官員必須全體陪祭，各衙門文武官員臨期不到者，要受禦史糾察。【2】他隻覺頭一陣陣發脹，當日的情形又浮上心頭，他忽然想到一件更糟的事，他又緊緊拽住隨從的手：“車馬……有沒有損害紫金山的樹……”
隨從聞言更是淚如雨下：“您甭提了，正是撞倒了一棵樹。山中正好有雷火損傷的枯樹，那畜生一衝，一下就壓倒了。”
曹閔隻覺眼前一黑，雖然他的車馬沒有進孝陵裡麵，可畢竟是在紫金山出了這樣的簍子，如真有心計較，真能按衝撞帝陵來論處。他恨得咬牙切齒：“一定是陷害，一定是陷害，有人在我的馬上做了手腳！那頭畜生呢？”
隨從茫然道；“當時太混亂了，馬一衝出去，就被孝陵衛團團截住，之後就被他們帶走處置了。”
曹閔隻覺心口抽疼得厲害，一轉眼就又暈了過去。第四日，南京禮部侍郎焦芳親自上門安慰他：“崇孝，我們知你是無心之失，一定會替你向朝廷求情。隻是，外頭流傳的一些言論，對你頗為不利啊。”
曹閔看著這個著名的奸佞小人，嚴詞道：“我立身持正，何懼流言蜚語？”
焦芳哎了一聲：“話可不能這麼說。那些士子到處傳你，說你逼人改供，強保罪臣，倒行逆施，這才惹得太/祖爺發怒，不然，怎麼就你一個剛進紫金山，就出這樣的事呢？”
曹閔氣得牙齒都在打顫：“胡說八道，胡說八道，這擺明是有人陷害！”
焦芳忙阻止他：“哎，話可不能這麼說。你自己查案就講個證據，如今說這話，可以憑據在？”
仿佛一盆冰水兜頭澆下，他一雙眼睛直勾勾地望著焦芳。焦芳被他盯得發毛，顧不得落井下石，隨便找個理由離開。
曹閔本就受了驚嚇，又摔傷了筋骨，經此一遭，鬱結於心，一下病得更重。當日苦勸李夢陽的屬官實在看不下去了，於深夜悄悄來探他，一見他的境況，也是一聲長歎。