正午時分, 從神秘島駛向美國的輪船上，除了回國休養的愛倫坡以外，還有一位法國正規軍的大佐。
幾天前的夜裡, 大佐的舊部紀德和他的聯係中斷了，他那時就已得知了部下的死訊, 因此開始了自己的計劃。
大佐為自己準備的聖遺物是弓箭及西亞某處國境線的泥土, 原本他準備了彆的方案，對召喚不抱太大的希望，但沒想到真的成功召喚出了那位大英雄。
也正是召喚時的這段魔力波動被愛因茲貝倫偵測到，於是才派遣邪神saber前去偵察或突襲, 然而saber卻中途遇襲被封印進中。
大佐召喚出了阿拉什, 並沒讓他參加聖杯戰爭, 而是瞞著從者給親信下令在機密區地下五層做好布置，帶著從者上了次日中午離島的船隻。
隔壁房間是敵方禦主的同伴, 沒關係, 他的異能未知但一看戰鬥力就不強，絕不是archer的對手。
船上進了一個難纏的小醜，沒關係，這家夥達成目的後很快就傳送離開了。
有能力劫持船隻的隻有他和從者阿拉什……大佐在船上和從者一起等待了一段時間，待船駛出幾十公裡，肉眼無法看到島嶼之後, 他遠程向島上的親信下達了命令。
隨後, 海麵上燃起了巨大的火球, 連天空和海洋都被此等偉力撕碎蒸發, 船隻被強烈的衝擊波往外推行了數百米拋上天空, 又和巨浪一起下墜。
大佐沒有在意洶湧的波濤和搖晃的船隻, 而是直接上了甲板, 在從者的保護下遠眺。近乎沸騰的海水炙烤著船底，散發的熱量足以令人汗流浹背。
“archer，島上還有活人嗎？”
擁有千裡眼的阿拉什能夠回答這個問題：“有幾位強者存活下來了，還有一件充盈著魔力的魔術道具從原本是高塔的地方升起……那就是聖杯嗎？”
大佐激動得手都在顫抖：“聖杯沒有被炸毀……很好，異能兵器起作用了。除了許願之外，這個大新聞想必也能把全世界的注意力都集中到這裡，讓他們沒辦法再隱瞞戰爭的秘密……對了，島上還有活人，我們要回去才行。”
還有幾位強者存活，那些大概就是來參加聖杯戰爭的人吧……即使僥幸沒死在爆炸中，也應該是強弩之末了。
他還做了兩手準備，以阿拉什或者殼兵器摧毀島嶼，取得埋藏在地下的聖杯，或者直接認領此次恐怖襲擊，為自己的舊部發聲並揭露異能大戰的真相。
“禦主？”
“archer，馬上劫持這條船，讓它以最快的速度返程回到島上……哦，現在那裡是漩渦了，”大佐下令道，“殺光那裡的幸存者，取得聖杯……嗯？不願意嗎？想要我用三劃令咒強製你對神秘島使用寶具嗎？快去。”
船隻在滾燙的大海中劈開風浪，向已經變成漩渦的神秘島駛去。
島上依靠異能力仍然存活的人很少，除過教會裡阿尼姆斯菲亞設置的結界，地下蘭波的亞空間和其他一些空間係強者，剩下的人基本都在爆炸中碳化了。
用異能力強行減緩局部時間的威爾斯已經是強弩之末，她帶著照相機躲在碼頭一條船隻的底艙中，正在向另一位控製自身時間流的魔術師交代情況。她的異能力【時間機器】隻能對一個人使用一次，因此無奈找上了離她最近的衛宮切嗣。
被延緩的火光已經撲到了艙門外，艙室在極速升溫，就算是異能也拖不了多久了。
“……隻把記憶信號傳送回過去，你能操縱自身的時間流，應該明白我的意思吧？”威爾斯說道，“你有五十五分鐘來解決啟動異能兵器的事件，沒問題吧？”
殺死一個幕後真凶就能解救整座島的人，衛宮切嗣當然不會拒絕。
“根據爆炸推斷出的兵器存放地點大概位於機密區地下五層，那裡被重兵把守，真凶也許是島內的軍方人員，如果找不到真凶，那就奪走異能兵器……我知道你，魔術師殺手，雖然聲名狼藉，但既是夢想家又是現實主義者，現在的情況不允許我說太多，總之，回到過去，為了你的正義，阻止爆炸解救這座島嶼吧！”
在照相機發出的耀眼光芒中，威爾斯最後提醒道：“小心蝴蝶效應！”
衛宮切嗣感到一陣眩暈，他看到了慢放的火焰和扭曲的空氣，然後意識逐漸消散，再睜眼時，他回到了五十五分鐘前所在的地下通道中，仍然存活的assass遮蔽氣息隱藏在他身邊。
他的目標原本是附近可能存在的阿尼姆斯菲亞魔術工房，然而現在二周目的他不得不潛入地下五層尋找五十五分鐘後會爆炸的異能兵器。