二年春正月戊子，圖賴等破李自成於潼關，賊倚山為陣，圖賴率騎兵百人掩擊，多所斬獲。至是，自成親率馬步兵迎戰，又數敗之，賊眾奔潰。己未，大軍圍潼關，賊築重壕，堅壁以守。穆成格、俄羅塞臣先登，諸軍繼進，複大敗之。自成遁走西安。丙申，阿濟格、尼堪等率師抵潼關，賊將馬世堯降，旋以反側斬之。丁酉，命多羅饒餘郡王阿巴泰為總統，固山額真準塔為左翼，梅勒章京譚泰為右翼，代豪格征山東。庚子，以太宗第七女固倫公主下嫁內大臣鄂齊爾桑子喇瑪思。河南孟縣河清二日。壬寅，多鐸師至西安，自成奔商州。癸卯，大學士謝升卒。乙巳，真定、大名、順德、廣平山賊悉平。丙午，命房山縣歲以太牢祭金、世宗陵。丁未，免山西今年額賦之半。更國子監孔子神位為大成至聖文宣先師孔子。庚戌，禁包衣大等私收投充漢人，冒占田宅，違者論死。壬子，免濟源、武陟、孟、溫四縣今年額賦及磁、安陽等九州縣之半。癸醜，免修邊民壯八千餘人。
二月丙辰，阿巴泰敗賊於徐州。己未，修律例。以李鑒為宣大總督，馮聖兆為宣府巡撫。降將許定國襲殺明興平伯高傑於睢州。辛酉，諭豫親王多鐸移師定江南，英親王阿濟格討流寇餘黨。丙寅，禁管莊撥什庫毀民墳塋。己巳，以祁充格為內弘文院大學士。庚午，阿濟格剿陝西餘寇，克四城，降三十八城。丁醜，多鐸師至河南，賊將劉忠降。
三月甲申朔，始祀遼、金、世宗、元、明於曆代帝王廟，以其臣耶律曷魯、完顏粘沒罕、斡離不、木華黎、伯顏、徐達、劉基從祀。庚寅，多鐸師出虎牢關，分遣固山額真拜伊圖等出龍門關，兵部尚書韓岱、梅勒章京宜爾德、侍郎尼堪等由南陽合軍歸德，所過迎降，河南悉平。辛卯，免山東荒賦。庚子，故明大學士李建泰來降。乙巳，遣八旗官軍番戍濟寧。丙午，朝鮮國王次子李淏歸。己酉，免薊州元年額賦。壬子，太行諸賊悉平。
夏四月丙辰，遣漢軍八旗官各一員駐防盛京。辛酉，以王文奎為陝西總督，焦安民為寧夏巡撫，黃圖安為甘肅巡撫，故明尚書張忻為天津巡撫，郝晉為保定巡撫，雷興為陝西巡撫。甲子，葬故明殉難太監王承恩於明帝陵側，給祭田，建碑。己醜，多鐸師至泗州。阿山等取泗北淮河橋，明守將焚橋遁，我軍遂夜渡淮。丁卯，諭曰：“流賊李自成殺君虐民，神人共憤。朕誕膺天命，撫定中華，尚複竊據秦川，抗阻聲教。爰命和碩豫親王移南伐之眾，直搗崤、函，和碩英親王秉西征之師，濟自綏德，旬月之間，全秦底定。憫茲黎庶，鹹與維新。其為賊所脅誤者，悉赦除之，並蠲一切逋賦。大軍所過，免今年額賦之半，餘免三之一。”庚午，豫親王多鐸師至揚州，諭故明閣部史可法、翰林學士衛胤文等降。不從。甲戌，以孟喬芳為陝西三邊總督。以太宗第八女固倫公主下嫁科爾沁土謝圖親王巴達禮子巴雅斯護朗。丁醜，拜尹圖、圖賴、阿山等克揚州，故明閣部史可法不屈，殺之。辛巳，初行武鄉試。
五月壬午朔，河道總督楊方興進瑞麥。上曰：“歲豐民樂，即是禎祥，不在瑞麥。當惠養元元，益加撫輯。”癸未，以旱諭刑部慮囚。命內三院大學士馮銓、洪承疇、李建泰、範文程、剛林、祁充格等纂修明史。丙戌，多鐸師至揚子江，故明鎮海伯鄭鴻逵等以舟師分守瓜洲、儀真，我軍在江北，拜尹圖、圖賴、阿山率舟師自運河潛濟，梅勒章京李率泰乘夜登岸，黎明，我軍以次畢渡，敵眾鹹潰。丁亥，以王誌正為延綏巡撫。免高密元年額賦。賜諸王以下及百官冰，著為令。己醜，宣府妖民劉伯泗謀亂伏誅。庚寅，以王文奎為淮揚總督，趙福星為鳳陽巡撫。丙申，多鐸師至南京，故明福王硃由崧及大學士馬士英遁走太平，忻城伯趙之龍、大學士王鐸、禮部尚書錢謙益等三十一人以城迎降。興平伯高傑子元照、廣昌伯劉良佐等二十三人率馬步兵二十三萬餘人先後來降。丁酉，以郝晉為保定巡撫。免平度、壽光等六州縣元年額賦。戊戌，命滿洲子弟就學，十日一赴監考課，春秋五日一演射。故明中書張朝聘輸木千章助建宮殿，自請議敘。諭以用官惟賢，無因輸納授官之理，令所司給直。庚子，免章丘、濟陽京班匠價，並令直省除匠籍為民。甲辰，定叔父攝政王儀注，凡文移皆曰皇叔父攝政王。乙巳，免皇後租，並崇文門米麥稅。庚戌，宣平定江南捷音。乾清宮成，複建太和殿、中和殿、位育宮。
六月癸醜，免興濟縣元年額賦。甲寅，免近畿圈地今年額賦三之二。乙卯，以丁文盛為山東巡撫。丙辰，諭南中文武軍民薙發，不從者治以軍法。是月，始諭直省限旬日薙發如律令。辛酉，豫親王多鐸遣軍追故明福王硃由崧於蕪湖。明靖國公黃得功逆戰，圖賴大敗之，得功中流矢死。總兵官田雄、馬得功執福王及其妃來獻，諸將皆降。免永寧等四縣元年荒賦。丙寅，申薙發之令。免深、衡水等七州縣元年荒賦。丁卯，陝西妖賊胡守龍倡亂，孟喬芳討平之。戊辰，皇太妃薨。辛未，何洛會率師駐防西安。命江南於十月行鄉試。己卯，詔曰：“本朝立國東陲，曆有年所，幅員既廣，無意並兼。昔之疆場用兵，本冀言歸和好。不幸寇凶極禍，明祚永終，用是整旅入關，代明雪憤。猶以賊渠未殄，不遑啟居，爰命二王，誓師西討。而南中乘釁立君，妄竊尊號，亟行亂政，重虐人民。朕夙夜祗懼，思拯窮黎，西賊既摧，乃事南伐。兵無血刃，循汴抵淮。甫克維揚，遂平江左。金陵士女，昭我天休。既俘福籓，南服略定，特弘大賚，嘉與維新。其河南、江北、江南官民絓誤，鹹赦除之。所有橫徵逋賦，悉與蠲免。大軍所過，免今年額賦之半，餘免三之一。”