在最新的《駭客帝國：矩陣重啟》劇情中曾多次提到的「母體」這個核心概念，是從“機器人革命”開始。
人類在不惜一切代價甚至用黑雲永遠遮蔽了太陽依然輸掉與機器軍團的末日大戰後，就不再被當為平等的高級物種，變成了被從小豢養在電池農場，為機器城市提供能量的生物電池。但後來機器軍團發現與其虐待人類，迫使其陷入精神內耗嚴重影響生物能量供應的穩定，不如給人類提供一個舒適的思想監獄，才能更有效率地生產能量。因此，機器城市的工程師打造出了名為母體的虛擬現實係統。
初代母體被稱為“天堂母體（Paradise Matrix）”，顧名思義，呈現出的世界是完美烏托邦，並沒有疾病、戰爭等任何痛苦，由於缺乏選擇就能獲完美結果，使大量人類開始質疑這個非現實世界而在連接母體時大量死亡。史密斯特工曾假設就是因人類不完美，需要用苦痛定義自己，才有這些現象。
據說保護先知的熾天使撒拉弗（Seraph），就是在第一代矩陣時被創造出來的。在這個矩陣被證明失敗，並被進行銷毀時，裡麵有不少第一代矩陣的程式留到第二代矩陣，這些程式被叫做“流放者”。
玩家們據此推測（非官方設定），二代母體被叫做“噩夢母體（Nightmare Matrix）”，人類認為是工程師打造的充滿痛苦的虛擬世界，許多程式以僵屍、外星人、吸血鬼、狼人、各種神話怪物的樣貌出現。但第二代母體是否真將人類痛苦具現化不得而知。為數不多的證據是（《駭客帝國》漫畫）墨菲斯看到許多邪惡超自然生物時，推測可能是因第一代母體失敗了，所以選擇用相反方式打造。
三代母體就是《駭客帝國》電影三部曲登場的版本，先知發現要讓人類認為虛擬世界是真實的方法就是要有選擇，並要模擬20世紀末至 21世紀初的地球，這的確使99 %人類被機器城市穩定控製，用來源源不斷的提供生物能源。
但仍有1%人類抗拒三代母體，若這些人繼續活在虛擬世界，會導致母體數據混亂與崩壞，因此先知決定把這些抗拒母體的人類放在某個“容器”保存，那個容器就是錫安城（關於錫安是另一個深層母體還是位於現實世界的地下深處的爭論在玩家中就一直沒有停止過），但自由人類會依靠繁殖而使族群增加，最終仍會導致母體毀滅。
因此機器城市想到了一個解決辦法，把這些“錯誤代碼”集中到某個特定人類身上，使他變成所謂的“救世主（The One）”，預見到此狀況的工程師和先知，把重啟母體的程式碼放在救世主體內，當母體崩壞前，救世主能重啟三代母體免於滅亡。
這也是為何機器方選擇不直接殺掉反抗者，反倒讓他們建立錫安城，目的是讓救世主與人類產生情感，曆代救世主無一例外，都會為了不讓99 %接入矩陣母體的人類在虛擬現實中死亡，選擇消滅掉錫安1 %的人類，為大義而犧牲小我。另一方麵，機械城市需要救世主去學習人類情感，獲取資料，讓母體升級都能打造出更真實的虛擬世界，使人類越來越難以發現異常。並在此過程中讓機器生命獲得人類最寶貴的“創造力”，達成更高級的進化。
每當一個從創世到滅世的循環完成，機器城市會再從人類裡選出16位女性和7位男性重建錫安城，然後再選出新的救世主，進行無限循環，保持著微妙的平衡。但唯一的例外（程序錯誤）還是產生了。新任救世主尼奧不同於前幾任救世主，他寧可選擇拯救心愛的女人，打破整個循環，這就是《駭客帝國》的核心劇情架構。