兵部尚書張鶴鳴進言渾河血戰斬獲敵人首級數千，實際上是石柱、酉陽兩地土司的功勞。
建議朱由校厚待秦良玉家的家人。
朱由校於是下令贈秦邦屏都督僉事，子孫世襲，並且與陳策等人一同立祠祭祀，秦民屏官進都司僉書。
同年九月，兵部讓秦良玉再回鄉征兵二。
秦良玉與秦民屏回鄉後，恰逢永寧(今四川省敘永縣)宣撫使奢崇明在重慶造反。
其部將樊龍派遣使者帶著金銀和絲綢，前來想與秦良玉結盟。
秦良玉將使者斬殺，立即發兵率領秦民屏及秦邦屏的兒子秦翼明、秦拱明逆流西上。
渡過重慶城，乘敵不備，直達重慶南坪關，斷賊歸路。
秦良玉設伏兵襲擊兩河，將敵人的船隻燒毀。
而後秦良玉分兵守忠州，派快馬帶檄文至夔州，要求當地駐軍趕緊防守瞿塘峽上下遊地段，擊退入侵的賊兵。
秦良玉上表秦民屏的戰功，朝廷升秦民屏為參將，秦翼明、秦拱明為守備。
天啟二年(1622年)，奢崇明包圍成都，四川巡撫朱燮元傳令秦良玉前去征討。
當時各地的土司都貪圖賊寇的賄賂，按兵不動，隻有秦良玉擊鼓西征。
秦良玉率軍攻取新都，長驅直奔成都，將奢崇明擊敗，解了成都之圍。
奢崇明敗走後，秦良玉率領秦民屏等攻克二郎關、佛圖關，收複重慶。
朝廷於是授命秦良玉為都督僉事、充都督同知總兵，並加封為夫人，授馬祥麟為宣慰使，秦民屏為副總兵，秦翼明、秦拱明為參將。
授官後，秦良玉又收複紅崖墩、觀音寺、青山墩等賊軍重要據點，奢崇明兵敗自殺。
秦良玉徹底平定奢崇明四川之亂。朝廷因功多次賞賜秦良玉金幣。
天啟三年(1623年)，秦良玉上書說:“我帶著秦翼明、秦拱明裹糧出戰，先後取得了像紅崖墩三戰那樣的勝利。
可是那些離間我們君臣的大將們，他們沒見過賊兵的麵。
卻在那裡整天揮著胳膊吹噓，等到和賊兵對壘時，就聞風而逃。
那些自己被賊兵打敗了的人，就擔心彆人戰勝賊兵;自己被賊兵嚇住了的人就怕彆人膽子比賊兵大。
像總兵李維新，他在渡河一戰中失敗回營，反而拒我於門外，不容我進城相見。
以一個六尺身軀的大男子忌妒一個巾幗婦人，他如果夜靜時想一想就應當羞死。“，
皇帝朱由校於是下詔文武大臣必須以禮招待秦良玉，不得有任何猜忌。
天啟四年(1624年)，秦民屏隨巡撫王三善率軍在陸廣作戰失敗，王三善率先逃走。
秦民屏在大方大破賊兵，屢戰屢勝。
退兵時，遭到賊兵襲擊，奮戰而死，秦民屏兩個兒子秦佐明、秦祚明突圍而出但也重傷。
秦良玉上書請求撫恤，朝廷於是追贈秦民屏為都督同知，並立祠祭祀，兩個兒子封參將，秦翼明、秦拱明官至副總兵。
崇禎三年(1630年)，清軍大舉進攻，永平四城失守，皇太極進圍京都。
秦良玉率秦翼明奉詔勤王，並拿出家中的資產充作軍餉。
皇帝朱由檢特意下詔表揚，並於平台召見秦良玉，賞賜秦良玉錢幣牲畜酒水等，並賦詩四首表彰秦良玉的功勞。
皇太極退兵後，秦良玉率兵回鄉，而秦翼明就在京畿附近駐紮。