皮島明軍雖然占據地利優勢，但是孤島四麵漏風，防禦上還是捉襟見肘的。
一旦清軍突破外圍的水師防線，便可四麵攻島。
不出意外，此戰仍應該是一場摧枯拉朽的輕鬆大戰。
然而，在皮島軍民頑強抵抗下，建奴第一波攻島損兵折將並未成功。
皇太極見貝子碩托攻皮島久不下，又命阿濟格率兵一千往助攻。
阿濟格是武英郡王，即朝鮮史料中的四王子。
其所率部隊當是建奴八旗的精銳，這一千精銳極有可能是護軍精兵。
另外，朝鮮實錄還記載“清將馬夫達領舟師七十餘艘襲破椵島（即皮島）”。
說明當時建奴還另外調動了馬福塔所率水師來增援。
第二波攻島部隊新增加了阿濟格部的一千精兵以及馬福塔的清軍水師。
整體上實力更上一層，足以體現當時建奴對皮島的重視程度。
第二階段攻島，皮島明軍仍然可以在海上擊敗建奴，並讓金玉和部不敢進援。
這足以說明在第一階段，清軍並沒有對皮島的海上力量造成過大的傷亡。
否則明軍不可能在第二階段，還能使加強後的清軍水師失利。
第一階段清軍可能連岸都沒登上去，全在海上跟明軍消耗了。
阿濟格是郡王級彆的人物，其參與過鬆錦等大小戰役。
多次出征明朝，是有名的驍將，其在朝鮮克五城，素以攻堅見長。
皇太極派他來接替指揮，足見其對皮島戰事的重視，也側麵反映了攻克皮島的難度之大。
第二階段由於結果勝利，史料記載相比第一階段更為詳細，
但建奴實錄仍然抹去了一部分失利的記載。
在海上清軍依然受挫，但畢竟占據了極大優勢，最終還是突破了皮島明軍的海上防線，俘獲大船72艘。
開始登陸作戰後，也並不順利，建奴在登島後遭到明軍反擊，由於沒有後援，傷亡較大。
清軍在登陸作戰中遭到了明軍的灘頭反擊，水師又與登陸部隊脫節，無法提供支援，導致了登陸部隊失利。
故在第二階段前期，皮島戰局仍然是“堅守不能克”的狀態。
總的來說，正麵強攻，明軍可以在灘塗上集結大量兵力，抵消掉清軍的火力優勢，將清軍反推下海。
四麵環海的孤島，即是劣勢，亦是優勢。
但對明軍如此，對清軍也是如此。
四麵環海，意味著清軍可以多麵夾擊，而明軍卻沒有足夠人力四麵防守。
所以在四月初五，反應過來的建奴重新製定了作戰計劃。
建奴分兵兩路奇襲，以八旗護軍精銳為先鋒，各步軍伴隨，負責偷襲皮島西北隅山嘴。
而以八旗騎兵和四邊城軍四百以及漢軍全軍，三順王軍，朝鮮軍負責正麵佯攻。
同時馬福塔石廷柱等人在後壓陣，壯大聲勢，吸引明軍注意力。
夜襲時間定在了半晚，在夜幕掩護下分批乘坐小船進攻。
這樣即使被明軍發現，也可以最大限度地避免被明軍火炮殺傷。
四月初六日，阿濟格致書皮島總兵沈世魁，勸其投降，但遭到拒絕。
以至於阿濟格在戰後還為此罵道：