其後對嘉靖一朝因建言得罪諸受**人員進行**翻案，並優予褒恤錄用，同時懲辦了一些在先朝諂媚助惡的宗室遼王朱憲?及一批文武官吏。
同時，拆毀道觀神壇，禁止齋醮，逮治方士王金等人，追奪邵元節、陶仲文等方士的官爵。他還下令取消自己的祖父睿宗朱祐杬配天的資格，以迎合反對世宗追尊其父的**。
朱載坖登基沒多久，又讓臣民有所失望。他上朝時不怎麼說話，平時也很少主動表態或垂詢臣僚，“臨朝之時，聖容端拱，未嘗時賜清問，體察民情；諸司奏章，少經禦覽；經筵日講，止襲故常，未嘗虛心詢訪”。
而且朱載坖自隆慶元年以來多次宣布“免朝”，並且屢屢“不躬廟祀”（不親祭太廟），在宮中享樂，引發群臣諫諍不斷，有人形容這類奏章“足可編纂成為一本專題彙編”。
但朱載坖並未有所改觀，還對石星、詹仰庇、李已等勸諫他的言官施以廷杖。
在朱載坖“端拱淵默”的情況下，朝廷的運轉以內閣為中心。
隆慶朝的內閣有九名大學士，分彆是徐階、李春芳、高拱、郭樸、陳以勤、張居正、殷士儋、趙貞吉、高儀。
其中最重要的是徐階、高拱、張居正三人，三人皆有才乾，但互相傾軋。
隆慶之初，徐階與高拱爭權，徐階利用言官的聲勢迫使高拱及其同黨郭樸去位。但徐階因為勸諫朱載坖而得罪過不少宦官，張居正亦與高拱聯手，串通宦官李芳，迫使徐階去位，以李春芳為內閣首輔。
朱載坖將朝政交給閣臣，自己深居宮中，縱情聲色，即使出宮也有遊玩，為了滿足他的欲望，他不斷向國庫提取巨額銀兩以供禦用，當時江南經過倭寇之亂，十分疲敝，工部陳述這一狀況，強調江南人民是“陛下所宜憐也”。
朱載坖充耳不聞。工部又請求按“原發花樣令其督造”，不要增加“續發花樣”，朱載坖強調“朕用不可缺”，讓李佑繼續“遵旨織造”。
朱載坖登基後還沉湎女色。本來他在裕王府時謹小慎微，“姬禦甚稀”，即位就“掖廷充斥”。
朱載坖即位兩年半，就封了