魏忠賢以為言之有理，便派人婉言暗示張皇後，被張皇後拒絕。魏忠賢得知張皇後的嚴正態度，也無可奈何，不再強迫她，隻好派親信宦官塗文輔、王朝輔接朱由檢入宮。
同時，由內閣起草遺詔，內稱“皇五弟信王聰明夙著，仁孝性成，爰奉《祖訓》兄終弟及之文，丕紹倫序，即皇帝位”。
在張皇後的告誡下，朱由檢自帶麥飯入宮，不吃宮中食物，對宮中的一切保持高度警惕。
到了夜晚，朱由檢秉燭獨坐，偶然看見一名小宦官持劍而過，立即叫到跟前，索要其劍，詳加審視，許諾將給他賞賜，並將劍留在自己桌上。
當聽到宮中巡夜者擊打木梆的聲音，他起身前往慰勞，並回頭問左右侍從如何賜酒食，侍從回答說由光祿寺負責，於是，朱由檢下令旨讓光祿寺準備酒食，賜給宮中值班巡夜之人，一時歡聲如潮。對於魏忠賢，朱由檢也“屢賜溫詞，曲加慰勞”，以安其心。
經過文武百官三次勸進，朱由檢於八月二十四日穿上袞冕，祭告天地，即皇帝位，改元崇禎，朱由檢即位後，“總攬權綱，天下想望太平”
第一件大事就是鏟除魏忠賢及依附他的“閹黨”集團。朱由檢即位之初，仍像朱由校那樣對待魏忠賢及其黨羽，該賞賜的照樣賞賜，該封官的照樣封官。
魏忠賢反而感到不安，便對出身信王府宦官的司禮監秉筆太監徐應元畢恭畢敬，饋贈珍奇異寶，結為兄弟，並在九月初一日上書乞求辭去東廠提督之職，借以試探虛實。結果，朱由檢不僅沒有批準，而且還好言相勸，慰留一番。
過了兩天，朱由檢準許魏忠賢的對食奉聖夫人客氏出宮到私人宅第居住。魏忠賢上書乞請免去戶部喪禮香蠟三萬金，朱由檢立即表示同意。
司禮監掌印太監王體乾請求辭職，朱由檢不允，在九月二十五日，魏忠賢上書乞請停止為其建立生祠，朱由檢批準以前生祠保留如故，不再新修，又誇魏忠賢“有功不居，更見勞謙之美”。
通過對魏忠賢、王體乾及其黨羽的恩蔭賞賜，在一定程度上打消了他們的疑慮，也麻痹了他們。
“閹黨”成員南京通政使楊所修參劾崔呈秀等，朱由檢反而“責其輕詆”；十月十四、十九日，另一“閹黨”成員雲南道禦史楊維垣兩度參劾崔呈秀各種罪狀。
在崔呈秀倒台之後，魏忠賢成為下一個被**的對象。自十月二十三日以來，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續****魏忠賢罪狀，，尤以貢生錢嘉征言辭最激烈，列舉了“並帝”“蔑後”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無聖”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”。
魏忠賢得知此疏，在朱由檢麵前痛哭流涕，連呼冤枉。朱由檢不為所<