雖然政治保衛總局劃歸仲裁庭，但是馬甲認為這種機構自己還是隻負責行政領導為好，對具體的事務不宜插手太深。但是仲裁庭需要一個自己的調查部門，馬甲吸取了日本的檢察廳的概念，成立了仲裁庭調查部，馬甲授予他有獨立調查權。
而新成立的法律顧問辦公室並非僅僅是混吃等死類的“研究所”，馬甲賦予其的主要任務是立法――大量的立法。包括各種內部規章製度。穿越集團現在在這方麵完全是空白，處理事情上是典型的“首長意誌”的體現。
馬甲認為這種狀態急需改變。事實證明，一套好得製度勝過最英明的領導――更何況最英明的領導往往會不知不覺被巨大的權力和威望俘虜，淪為最恐怖的獨裁者。穿越集團的小團體性質使得權力更容易被集中，出現獨裁者的可能性愈來愈大。
必須在早期就把這種可能性扼殺在萌芽狀態。所以在這次組織機構調整中，法學俱樂部出謀劃策最多，大量的互相製約的手段都出自這個俱樂部。而領導們或者是真心擁護內部民主，或者是恐懼於在鬥爭中失敗的可怕下場，紛紛支持法學俱樂部的改組措施。
除了引入了9執委製度加強集體領導之外，新體製大幅度的降低了原先的人民委員會的地位。過去有一些人民委員，如農業人民委員、民政人民委員在事實上都是執委。而另外一些人民委員卻不是執委，這樣容易給人造成混淆，不可避免的引起了許多內部的紛爭。
現在人民委員被“一刀切”，統一不再是執委會的成員，級彆上和過去的“部”一樣了。隻是在地位上象征性的略高於“部”一級。
機構調整也使得過去一些影響力特彆大的委員會降低了，比如原先的農業委員會和民政委員會，現在都隻是中央政務院下麵的一個部門而已。不再有執委會的發言權。吳南海保留了他的農業人民委員的頭銜，卻被直接排擠出了執委會；鄔德雖然高升到9執委之一，當上了企劃院總裁這樣一個關鍵性的崗位，卻徹底的脫離了他最為熟悉的民政人民委員會。
至於穿越集團的暴力機構，不管是軍隊、警察、情報、特務機構在這次調整中地位全部下降。不僅陸、海軍人民委員被完全排擠出了權力核心，軍政軍令分開體製進一步的降低了陸海軍人民委員的實際地位和權力。為將來由文職人員出任陸海軍人民委員奠定了基礎。至於警察總局變成了中央政務院管轄的民事部門。政治保衛總局更是下降到仲裁庭的管轄之下。
政治保衛總局被劃歸仲裁庭，首先是不讓國務卿掌握太多的暴力機構資源；其次是降低政治保衛局的地位――直轄於執委會這個名分太大。
同理的是新組建的對外情報局，不僅明確它的職責是“對外”，避免其對集團內部事務插手，而且將其歸屬在中央政務院體製下。
最後調整形成的組織結構是這樣的：
由國務卿直接管轄的：民政委員會、農業委員會、衛生委員會、電信總公司、郵政交通委員會、電力公司、水務局、臨高建築總公司、宣傳部、教育部、商業部、宗教事務辦公室、黎區事務辦公室、警察總局、對外情報局。
由企劃院總裁管轄的即原來計委的管轄的部分，另外並入資源部、遠程勘探隊。
製造總監管轄：機械工業部、能源部、冶金部、輕工業部和科技部。
殖民及貿易長官管轄：外事部、外貿公司、駐外站、殖民事務部。
財政總監管轄：財政部、特彆審計委員會、德隆銀行、稅務總署、海關總署、專賣局。
軍務總管管轄：總參謀部、後勤司令部、陸軍部、海軍部、訓練總監部、特偵隊司令部。
仲裁庭代表管轄：四個法庭、公證處、仲裁庭調查執行部、政治保衛局。
由執委會直轄的部門是：執委會辦公廳、大圖書館。