眼見自己人慘死在刀斧之下，片刻之間連屍體都被分食一空，朱清膽寒壓過了心中的憤怒。幸得多年海盜生涯練就的強悍心理，才沒有讓其當地崩潰。冷靜分析之後，他決定撤退。出發時他帶了五十人，在路途中病死了四人。剩下的四十六人中，還有十一人身患疾病，扣除照料人員之後，能投入戰鬥的隻有不過三十人。這點人手即便有火器護身，也絕對不是參加血祭的數千阿茲特克人的對手。
經過長途跋涉之後，朱清一行回到了新蜀州。在路途中，隨行人員又病死了六人。新大陸的地峽氣侯與流求相似，朱清一行雖做了應對疫病的準備，但登陸半年以來仍然病死了近五十人。疾病已超過惡劣海況、食人部落和野獸，成為探險隊員死亡最主要的原因。實際上，朱清一登陸，就花了大力氣挖排水溝、建公廁，用白石灰刷牆刷屋，還清理垃圾、燒開水喝，為每個隊員配毛巾......。這些在流求通過驗證的措施，能有效減少疾病的發生和死亡率。
疾病造成如此之高的死亡人數，原因既在於水土不服，也因為新大陸地峽的惡劣環境。海上長途航行使探險隊員身體虛弱不堪，繁重的勞動又進一步加劇了這種情況，使得潛伏在身體內的病原體開始爆發，讓體弱者紛紛病倒。新蜀州城一帶氣侯多變，時常是驕陽日曬和傾盆豪雨交替，加之遍布泥沼，孽生著大量的傳播疫病的昆蟲蚊蠅。雖然有隨行醫生的救治，仍有不少探險隊員仍死於疾病之下。
探險隊剛登陸時，新蜀州周邊土著各部落對這些陌生外來者，部分報以敵視，部分態度友善，大部分則是懷著好奇心理。其中少數友善部落篤定，這些乘著漂浮房子的外來者，是其部落傳說中的神。於是他們貢奉了大量的糧食和金銀，還幫助探險隊搭建房屋，讓朱清一行渡過了最困難的時刻。大批土著勞動力的到來，讓新蜀州的建設進度加快了不少，但也帶來了麻煩。少數隊員由於生活不檢點等原因，在饑渴難捱之下，與當地土著婦女進行了深入淺出的交流。有的人在此過程中，患上了新大陸特有的性病。這種性病被隨行的隊醫根據其特點和傳播方式，恰如其分地命名為“花柳病”。
如果說本地疾病給探險隊員造成的隻是困擾的話，那麼外來疾病則給土著部落造成了致命的打擊。就在探險隊登陸時，疫病已經橫行肆虐於周邊，使得各個土著部落人員紛紛病倒，有的部落人口甚至十不存一。這使得不少土著部落對朱清一行報以敵意，認為是他們帶來了惡魔。疫病橫行也讓阿茲特克人也不敢輕易前來地峽，抓取俘虜和征收貢奉，這也是新蜀州能順利完工的重要原因之一。
實際上在朱清帶人登陸之前，有的土著部落便流行了疫病。這些疫病是餘福或更前批的探險隊員無意間帶去的。朱清不知道的是，外來者帶去的流感、天花、痢疾這些疾病，對新大陸的土著來說，簡直是生化武器。他們與世隔絕數萬年，身體免疫係統根本就無法抵抗這些疾病。在今後的歲月中，正是這些疫病讓各個部落人口大減，有的部落甚至因此而滅族。
歐陽軒在給流求下達探索新大陸任務之初，便專門為探險隊撰寫了手冊，其中的注意事項提到，要推廣霹靂軍的衛生防疫措施，儘可能幫助土著部落抵抗疾病。餘福率領的探險隊在新大陸隻作了短暫停留，獲得了土豆、番薯、玉米等植物之後便匆匆回航。在他之前的探險隊，要麼全軍覆滅於食人族成了食物，要麼葬身在叢林泥沼之中，根本來不及落實其理念。朱清登陸之後，倒是做好了探險隊自身及友善部落的衛生防疫措施，對於其他土著部落卻是無能為力。