消滅傳染源、隔離病人、切斷疾病傳播途徑這些措施，雖然並不能杜絕疫病的發生，卻減緩了流行程度。加之探險隊醫熬製的中草藥和科學精心的照料，將友善土著部落的疫病死亡率降到了三成左右。其他部落便沒有這種好運了，死亡率往往在七成以上。特彆是有些敵對土著部落，由於保留著食人的習俗，捕獲分食了探險隊的病弱者，直接吃進了病原體，死亡率在九成以上，甚至整個落部全部病亡，無一幸免。
在血祭現場見識過阿茲特克人的殘忍，又目睹其龐大的武士的數量，朱清回到新蜀州的第一件事，便是加固城防。他先是派人召回了在附近海岸探索的船隻，又下令增高堡牆，加深壕溝。眼下探險隊員隻剩下了三百餘人，其中不少人是病號，有戰鬥力的隻有兩百餘人。這兩百人中，又有一半左右正在返回的船隻上。守衛新蜀州的隻有不足一百人，另有友善部落的數百名武士。這點人數，讓朱清實在沒有底氣。
朱清決定固守新蜀州。除了等待流求後續探險隊的到來外，他要借用時間打敗阿茲特克人。在往返特諾奇提特蘭城的過程中沿途襲擊探險隊的部落並不多，除了土著向導繞開了危險地段外，也因為大部分部落十分好奇這些外來者，隻敢遠遠跟著。他還敏銳地發現，沿途的有些土著部落雖然窩棚數量極多，但活動人數卻少。不少村落死氣沉沉，顯然也在流行疫病。朱清相信，阿茲特克帝國雖然強大，但疫病將會使逐漸虛弱。疫病流行的時間越久，其攻打新蜀州的可能性越低。
隻不過事情並未如朱清所預判的那樣發展。二個月後，上萬人阿茲特克大軍的仍然出現在了新蜀州城附近。事實上，由於分食了生病的探險隊員，阿茲特克也發生了大規模的疫病，首都特諾奇提特蘭城伏屍遍地，連城中的貴族也死了一半。對於此次疫病的流行，那些愚昧的祭司聲稱這是神發了怒，需要大量的鮮血來取悅神。隻不守在屠殺上萬附屬部落的民眾之後，疫病仍在肆虐。祭司們又聲稱，需要那些外來者的鮮血來澆灌大地，用其血肉來獻祭神，才能平息疫病流行。
攻打新蜀州的軍隊雖然有上萬人，但阿茲特克人隻有一小半，還是一部分是其盟友特斯科科人和特拉科潘人，大部分則是其附庸部落。除了路途遙遠之外，也是因為特諾奇提特蘭城疫病流行，以貴族為主體的精銳美洲虎和雄鷹戰士死傷慘重。後兩者不僅裝備了棉甲、木盾，還普遍配備了鋒利的黑曜石刀斧，是阿茲特克軍隊的核心，也是其控製壓榨附庸部族的主要戰力。其附庸部族的戰士， 則往往是赤身裸體，所持不過是削尖的木棍、木棒和笨重的石製刀矛而已。
仗還沒有開打，進攻新蜀州的阿茲特克大軍便土崩瓦解了，原因僅僅是幾聲炮響。實際上，新蜀州的守軍並不是炮擊敵人，而是在進行試射。在土著大軍看來，火光、雷聲和煙霧顯然是神才會有的法術，這些奇怪的外來者真是傳說中的神使？疫病也真是神對拒絕歸降者的懲罰？惶恐之下，美洲虎和雄鷹戰士隨即轉身逃跑，附庸部落的士兵見狀，也紛紛四散而逃。