俘虜放回去三日之後，城門並沒有打開。國王和貴族並不相信俘虜們的話，或者說他們不願意交出權力。在朱清看來，既然特諾奇提特蘭城不肯自動投降，那麼就不要怪自己動用武力了。之所以要鏟除阿茲特克勢力，並不是因為他們攻打新蜀州，也不是因為城中財富。在阿茲特克對殘酷壓榨下，各部族過得豬狗不如，卻讓特諾奇提特蘭城積累了天量的財富。更慘無人道的是，他們每年要屠殺上千上萬的人血祭 。
朱清得到消息是，城中的倉庫之中，玉米、土豆、莧菜等糧食堆積如山，棉布等織物也數量眾多，此外還有武器倉庫、金銀倉庫和寶石礦物倉庫。朱清已經承諾，糧食、織物及武器全部分給隨征的各部落，金銀寶石則歸新蜀州。事實上，那些隨征的部落對探險隊員所用的鐵製刀劍和工具更感興趣。朱清已答應他們，戰後，各部落可以用金銀來換取鐵製品。
雖然小炮的威力不大，但十門齊射的聲勢也著實不小。朱清眼見城門不開，便命令進行集火射擊以壯聲勢力。硝煙過後，特諾奇提特蘭城牆上的阿茲特克人都如中了魔怔，有的呆在原地，有的跪伏在地，還有的轉身便逃之夭夭。朱清正欲下令攻城，卻發現已方的土著盟友士兵也趴伏在地上，個個臉色蒼白渾身顫栗。雖然已經見識過火炮的威力，但此次近距離轟擊，仍然極大震憾了他們。神使召喚的法術實在太強了。
緩過神後，土著盟友士兵用長梯和繩索攀上了特諾奇提特蘭城的城牆，並打開了城門。這種原始的攻城方式要是放在宋蒙戰場，那無異於送人頭。城門一開，大軍順著長堤源源不斷攻入了城內。在此過程中，大部分阿茲特克人仍呆若木雞，並沒有進行激烈的抵抗。那些放回來的貴族宣稱城外大軍乃是神使所率，是替神來拿回自己的權力，他們本半信半疑。如今神使已展示的電閃雷鳴的法術，正與傳說中的一模一樣。
阿茲特克人極度尚武，但攻城大軍進展卻異常順利。事實上，特諾奇提特蘭城中士兵不管在數量還是武器上都超過攻城的軍隊。朱清所帶的百餘人雖然武器先進，但畢竟人員太少，對戰局並不會起決定性的作用。真正阿茲特克人兵敗如山倒的，是其精神脊梁被打斷了。為了摧毀他們的戰鬥意誌，朱清讓人將火炮搬到了城牆之上瞄準城中開火。小炮的射程有限，炮彈皆落入湖中。但正是巨大的聲響和衝天的水花，讓大部分阿茲特克士兵拋下武器，趴伏在路邊，恭迎神使的到來。
朱清放將俘虜中的阿茲特克貴族放回去時，不少人擔心是放虎歸山，事實證明這些擔心是多餘的。實際上，正是放回去的貴族加速了戰事的進程。阿茲特克國王和貴族都居住在城中的一個小島之上，又有上千名精銳武士的守衛，要拿下此地也是極難。他們對於被俘貴族關於神使到來的話半信半疑，最終商議的結果觀察兩日再作決定。
國王的決定惹惱了釋放回來的貴族。在他們看來，國王的這個行為無疑是褻神，會給整個阿茲特克人帶來滅族之災。當下他們便暴起發難，用國王和祭祀的血獻祭了神。饒是朱清見多識廣，當走進阿茲特克王宮之時，也被驚呆了。他驚愕地不是死屍遍地，也不是因阿茲貴族因內訌而死傷殆儘，而是看到死去的人皆被挖心破肚，就連國王也不例外。阿茲特克剩下為數不多的貴族，不少人還坐在鮮血之中，大口啖著心臟。