海軍建設最主要的投入便是建造戰艦。當下霹靂軍戰艦種類多，型號繁雜，結構也不相同，這不僅給戰術陣形帶來不便，也給維修、保養和補給都帶來諸多麻煩。按照總參謀部會同流求都督府製定的《海軍發展綱要》，每支艦隊應有各型戰艦和運輸船及輔助船隻。戰艦分為火炮戰船、爆破船、火戰船等艦隻，運輸船則有糧食補給船、淡水補給船、彈藥補給船、運兵船、運馬船。輔助船隻則有偵察船、工程船、醫療船、通訊船、維修船....
火炮戰船是艦隊的核心戰力。流求的造船廠在充分吸取大食、波斯和天竺戰船優點的基礎之下，研製出了大中小三種新型主力戰艦，分彆命名為崇慶府級、邛州級、大邑級的火炮戰艦。崇慶府級戰艦排水量八百噸，裝備火炮六十門，配備水兵四百人；邛州級排水量六百噸，裝備火炮四十門，配備水兵三百人；大邑級排水量四百噸裝備火炮二十門，配備水兵二百人。按照《綱要》的造艦計劃，每支艦隊將裝備五艘崇慶府級、二十艘邛州級和四十艘大邑級火炮戰船。除了這六十五艘主力戰艦外，艦隊還將配套運輸船和輔助船隻。
水兵素質決定著艦隊的戰力。霹靂軍光複巴蜀之後，水軍的作用便大幅度下降。沿海製置司侵犯流求失敗之後，臨安朝廷被迫對霹靂軍開放了長江航道。為了節省軍費開支，也是為了臨安表明無順水而下之意，霹靂軍將巴蜀的四個水軍團裁撤了三個，僅保留了戰力最強的原第三師水軍團。裁撤的上千艘船隻在拆除火炮後，轉為民用。四千五百名水兵除少數老弱外留在巴蜀之後，其餘儘皆乘坐商船，分批前往流求，加入了海軍序列。這些久經戰陣的水手雖然沒有大海航行的經驗，但水上經驗十分豐富。在流求的航海學校經過學習，再到海上經過數月的適應訓練之後，便能成精銳海軍水兵。
“兵馬未動，糧草先行”，後勤補給影響著海軍的投送能力和戰力。雖然霹靂軍艦隊現在有大量的運輸船和補給船，戰時也能征調商船隨同出征，但卻不足以支撐遠洋作戰。一支艦隊足有一萬五千人，每日僅需要食水便是個巨大數字，如果發生激烈戰事，彈藥也會很快耗光。在茫茫大海上長時間行駛，遇到風暴折損船隻是常有之事，水手也會因疲勞而患病或發生疫病。雖然艦隊配有醫療船和維修船，但限於條件這些都是臨時應急之舉。如果要對船隻進行大修和讓水手徹底康複，還得到條件更好的陸上。
為了解決這個問題，《綱要》提出了軍港和海軍補給站建設計劃。除了濟洲、流求、瓊州、交趾、星島、錫蘭等核心島嶼的港口建設以外，霹靂軍將重點建設前往野牛大陸、地峽省、羊駝大陸、袋鼠大陸及前往天竺、波斯、大食的據點。這些據點將是軍民兩用，標準配置為港口、倉庫、貨棧及保護這些設施的堡壘、瞭望塔等防禦設施。