組建和訓練霹靂軍的事宜，歐陽軒指定由曹二狗負責。新成軍的霹靂軍規模為300人，除了之前琉璃壩教導隊的200人外，還以培訓軍事技能骨乾為名，從各寨抽調了100人。按照歐陽軒的思路，為充分發揮火器的作用，霹靂軍編組不再沿襲冷兵器軍隊的建製，故並未按“火、隊、營”等編製設置，而是按現代軍隊“班、排、連”設置，實行“三三製”。最小的作戰單位為班，每班10人，3班為1排，3排加上10人的連部，每連100人。全軍共編為三個連，由歐陽軒任指揮官，曹二狗任副指揮官。第一連由曹二狗兼任連長，第二連由石中樹任連長，第三連由參加軍訓的響水寨寨主俞三擔任。其父是響水寨上任寨主，因奮起反抗熊犇匪幫的殘酷壓榨，全家五口死於匪手，唯有他一人逃脫。在各寨聯防會議上，他表現的最堅決也最激進，這次琉璃壩訓練各寨軍事骨乾，俞三更是親自參加。當然，歐陽軒的這一任命並非僅站在政治角度，而是因為俞三不僅沉穩剛毅更是勇武過人，他曾長期偷襲落單的土匪，死在其手中土匪不下十人，以至於熊犇對其頭顱開出了100斤食鹽的懸賞。
在冷兵器時代要訓練出一個武藝合格的士兵需要一年以上的時間，弓箭手甚至需要幾年的時間。而霹靂軍根本沒有這麼多時間，幸好火器的出現改變了軍隊的訓練方式。歐陽軒準備讓霹靂軍以火器為主要輸出方式，並與冷兵器協同的方式得以快速成軍。按照新的混編搭配編製，霹靂軍的每個連隊，有三個班裝備折疊巨盾站在最前列及兩側，防敵方弓箭；有三個班裝備長3米左右的長矛緊貼於巨盾之後。以後在平原作戰長矛將換為長達5米的重型長矛，防止騎兵衝擊；另有三個班裝備輕型火炮，作為主要的打擊力量。
新的編組方式射程遠、威力大，操作簡單也易培訓，短則一月長不過三月訓練便可形成戰鬥力，但對於紀律要求極高，如被敵軍特彆是騎兵近身後，如果有人頂不住衝擊潰逃，則會導致陣線崩潰甚至全軍覆滅。故歐陽軒要求霹靂軍把紀律作為訓練重點，以嚴苛無情的方式強化士兵的服從意識和執行力。所以歐陽軒並沒有選擇溫和寬厚的黃大根，而是讓剛毅堅韌的曹二狗負責訓練。饒是霹靂軍兵源已屬精心挑選的山民，原本已是吃苦耐勞之輩，但曹二狗的魔鬼訓練下仍是叫苦不迭，紛紛暗自咒罵。寶劍鋒利磨礪出，梅花香自苦寒來，經過一段時日訓練，士兵們臉上的散漫神色紛紛褪去，隱隱有鐵冷之色，這讓歐陽軒見了心中大慰。他相信假以時日，霹靂軍必將成為一支擁有鐵一般的紀律和泰山壓頂而不變色的勇士軍隊。
隨著工礦業生產和軍事訓練的全麵鋪開，之前歐陽軒擔心的錢糧不足的問題便慢慢顯現出來。開礦、伐木、冶煉的勞動力雖然是勞改營的俘虜和各寨勞力入股，並不需要額外支付錢糧，但上述勞動和訓練均是高強度活動，對糧和鹽的消耗很大，糧食可以用霹靂軍的名義向各寨暫時借支，或可以用鐵製農具和武器抵扣，但食鹽卻沒法補充。各寨原來可以用高價從萬家坪山匪處買到，現在卻斷了渠道，這讓負責後勤的楊秀才整日愁眉苦臉。這食鹽是斷然不能缺的，短時間缺鹽倒可以忍受，但如果長期缺鹽，人會疲弱不堪甚至病倒，不僅生產活動大受影響，軍隊的戰鬥力也會直線下降。