水軍也是擴充的重點。新成立的水軍旅擁有1500人，也是三個營組成。每個營分彆由二個輕炮戰船連和一個重炮戰船連及二個護衛船連組成。這護衛船連主要配備了大量特殊器械，防止敵人跳幫作戰或如火戰船之類的敵船接近炮船。這三個營分彆駐紮在新津城、三渡水和蔡渡，上述地方都處於水道咽喉又易守難攻，下一步修築堡壘、碼頭和修船廠後，將成為控製金馬河和南河的核心要地。黃大根仍為水軍旅長，三名副旅長兼任營長分彆為樂全安、廖泥鰍、餘老挖，這三人都是精通水戰之人。出人意料的是，年僅十五歲的夏大根因為在與彭山城、三渡水蒙軍的作戰中，發明了爆破船並作戰勇猛，因功升遷為廖泥鰍營的護衛船連的一名排長。
新成立的守備旅正規部隊雖然隻有1000人，但是後備人員卻是最多的。按照“全民皆兵、全民軍訓”的思路，霹靂軍轄區內共有七萬左右的適齡男丁，可以組訓七百個連的民兵。按照霹靂軍政策，又抽調民兵連的班排長組織成了七十個不脫產的基乾連。霹靂軍各城及屯墾點便由這些基乾連守衛。經過軍事考核和背景調查後，又從基乾連抽調精銳組成了下轄五個連的守衛營，守衛營的訓練及軍事裝備與野戰部隊一樣，隻不過他們的任務是帶領基乾連守衛灌口寨、蒲江城、百丈城等要塞和重要軍民要地。守備旅另一支脫產部隊則是教導營，教導營下設四個士官連和一個軍官連，分彆培養士官和班長及連排長等軍官。守備旅長仍由餘柱擔任，守衛營長由原野戰營二連長石中樹擔任，教導營長經多方考慮由曾勇擔任。這曾勇原是汪德臣部的一名漢軍百夫長，因忍受不了蒙軍的殘暴血腥，不遠千裡從利州投奔霹靂軍。他乃是北宋名臣曾公亮的後人，深得其先祖所著《武經總要》兵書的精髓。歐陽軒讓他擔任教導營長，既是看中他通曉兵法，也因為他知悉蒙軍的弱點。
內衛旅雖然也隻有1000人，但承擔的任務極多，故除了原來的警衛連、反諜連、除奸連外，還增設了一個機要連，並將偵察連擴充為營，新成立了一個特種營。警衛連、反諜連和除奸連的人員和編製都沒有變化，機要連則是負責傳遞、彙總、分析重要情報。偵察營則有三個偵察連，也配備了適量的馬匹和小型船隻。而特種營則是按歐陽軒的要求，從全軍遴選精銳組成的，采用高強度的實戰訓練，也配備最好的武器裝備，將會成為霹靂軍這把利刃的刀尖。內衛旅長仍由董虎擔任，副旅長兼偵察營長由原偵察連長吳青擔任，另一名副旅長兼特種營長則由原野戰營三連長俞三擔任，他也是雞冠山中的響水寨寨主，極為擅長偷襲、伏擊、爆破等特種戰法。