彭山城由於地勢低，又處於錦江和金馬河交彙之地，洪峰過處，城外的碼頭被洪水衝得不見蹤影，水軍營寨也被衝毀一半，不少戰船也順水飄向下遊，而城中的房屋則大部分沒入水中。城中的大部分蒙古人在洪水到來時，騎馬衝到了城外的低山之上。未得及逃走的蒙古人隻得和新附軍一起擠在尚未被淹沒的城牆上。他們雖然僥幸躲過一劫，卻陷入了沒吃沒喝的境地。沒有食物倒還能硬抗著，但沒有水卻是十分難以忍受。在太陽暴曬之下，不少人隻得飲用河水解渴。這些不乾淨的水喝下去之後，第二日便見到了效果——有人開始拉肚子，以致本就擠滿了人的城牆彌漫在惡臭之中。
洪峰越往下遊勢頭便越來越弱，造成的損失也就越小。眉州城隻有一半被洪水淹沒，物資損失則更小，最大的損失則是水軍船隻。這主要洪水來勢極快，蒙軍船隻根本來不得躲避，加之又多為小船，倒有一半在浪頭下傾覆。更下遊的嘉定府，則基本沒有損失，一方麵是俞興得到霹靂軍的示警後早已做了準備，另一方麵則是洪峰到達嘉定時已大大削弱，隻是比常見的洪水大些而已，隻是淹沒了兩岸不少土地，但並沒有對糧食收獲造成影響。這是因為嘉定府在川西平原的南邊，夏糧收割季節要早十日左右，洪峰到達時早已收割完畢。
滔滔洪水給霹靂軍帶來的利好不僅僅是削弱了蒙古人，更重要的是讓河道變得更加通暢。之前蒙軍在彭山城外的河道中設置了大量水障，讓霹靂軍的重型炮船無法通行，限製了霹靂軍這一最大優勢武器的發揮，也事實上阻斷了霹靂軍和嘉定乃至敘州、重慶府的水上通道。之前樂全安曾向歐陽軒彙報過，僅是清理彭山城的河道，需要上千勞力耗時三個月以上。
要說大自然力量實在太強大。如今洪峰一過，不僅蒙軍費儘心血設置的水障被一掃而空，甚至不少淤積的沙洲也被衝走，使河道寬度和深度也都增加了不少。霹靂軍在冬天曾大規模地疏浚河道，耗費了大量的人力和物力，甚至用了火藥爆破這一利器，才好不容易在冬季清理出了勉強供戰船通行的水道。此次滔天巨浪所到之處，其對河道清理效果，遠勝人工清理效果的百倍以上。
這人工洪水來得快，去得也快。又過了兩日，洪水已差不多退去，百姓開始從高處返回家園。在軍政會議決定爆破堰塞湖時，歐陽軒讓工業公司屯積了大量的生石灰，便是為洪水之後的消毒之用。“大災之後必有大疫”，此次洪水雖然時間短，但由於正值暑熱傳染病高發季節，須得加強衛生防疫。百姓在返家之前，李爽已命人分發了生石灰，並編製了衛生防疫的順口溜叫人背誦傳唱，多是飲水要煮沸，大小便要入廁、消滅蒼蠅、老鼠、蟑螂等簡便易行的內容。