一切準備妥當之後，霹靂軍船隊便順水南下了。上午出發，中午時分便已遠遠望見了彭山城。城頭的蒙軍望見了浩浩蕩蕩的霹靂軍船隊，自然是亂作一團。此時彭山城中積水尚及腳踝，低窪處還漂浮著爛木頭、爛衣服等雜物，間或還有淹死的老鼠等小動物，在夏日的高溫下散發著惡臭。在洪水來臨之前，城中原本有一千新附軍和三百蒙古騎兵，牆頭有二十餘門火炮，還有二百餘艘小型戰船，在霹靂軍重型炮船無法前來的情況下，並不太怵霹靂軍。洪水來時，蒙古騎兵仗著馬快，大多數逃往了高處，少數未及逃走的騎兵，也在水勢退後被同伴接走，因為城中發生了瘟疫。正因為如此，蒙古人才不允許新附軍一同前往高處避水地，以防將他們一並傳染。
大洪水翻起深埋在土壤中的病菌，這也是災後多發瘟疫的原因。被困守在城牆之上的彭山城兵民由於乾渴難捱，喝了汙濁的泥水自然會生病，紛紛上吐下瀉。此時城中本已不多的百姓在病餓之下，僅剩不到五百人。新附軍士兵由於皆是壯年抗病力強隻死了不足百人，不過大多數人都被折磨得不輕，不少人連走路也搖搖晃晃，哪裡能拿武器作戰？在這些守城的新附軍看來，此時霹靂軍來攻打，便是“趁我病，要我命”！
既然打不過，為何不逃？那是因為蒙古人根本不允許他們不戰而逃。城外的道路滿是泥濘，走不了多遠便會被蒙古人的騎兵追上行使軍法。城中新附軍相當部分是水軍，隻不過由於水寨被洪水衝毀，停泊的大部分船隻已不知去向，少量的船隻也無法在霹靂軍水軍的追擊下順利渡河。雖然陷入困境，但這些新附軍仍不肯束手就擒。這些漢奸投降蒙軍的原因雖然各不相同，但共同點都是貪生怕死貪圖享樂。在他們看來，雖然做蒙古人的走狗備受歧視，但終歸能撈著些殘羹剩飯，運氣好還能吃香喝辣，這種日子總勝過在霹靂軍暗無天日的礦洞服苦役。
城中的新附軍不肯投降，一方麵是他們幻想著蒙古人出兵來援。這彭山城實在太重要，往北能進逼新津城，往東則通聯成都城，往南則可通過眉州、嘉定直下大江，蒙軍即便不救他們，也不會輕易放棄這一戰略要地。另一方麵雖然現在城中食水缺乏疾病流行，但城防並未遭到損毀。憑著城頭上保存完好的二十門火炮，仍有一戰之力。這些火炮本就部署在城牆上，彈藥也及時轉移到了城牆之上。在新附軍看來，霹靂軍包括輕炮船在內的戰船多次前來，也在城牆火炮打擊之下不得不撤退。隻須堅持幾日，待援軍一到，圍城的霹靂軍自然會退去。
隻不過“理想很豐滿，現實很骨感”。城牆上的新附軍見霹靂軍戰船逼近，紛紛調整炮口向河中開火，隻不過炮彈都紛紛落到了水中，濺起巨大的水花，並沒有傷及霹靂軍戰船，因為彈著點離霹靂軍戰船駐錨停靠的河心，還有半裡之遙。“來而不往非禮也”，見城頭開火，霹靂軍戰船也迅速調整了陣列。最大的那十艘炮艘緩緩轉動，將船舷麵對著彭山城牆，接著舷側窗板開啟，露出了一排黑洞洞炮口。緊接著炮口紛紛冒著火光和濃煙，一枚枚實心彈伴著巨大的尖響朝城頭飛去。