霹靂軍最基層的單位是屯墾點，再往上則是鄉與縣。按照新的製度，各縣除了設縣長外，另有兵、刑、戶、禮、工、吏六科，分彆負責武備軍事、司法刑獄、財稅商貿、教育衛生、工礦業和官吏管理。鄉大多設在大的屯墾點，除了鄉長外，隻設兵、戶、禮、工四名吏員。屯墾點仍然按照以前的設置，屯長仍由民眾推選產生，但須符合新的標準。鑒於未來很長的一段時間霹靂軍都將處於戰事狀態，故新的製度明確規定，屯長、鄉長必須有從軍經曆並識字。選拔縣、鄉的吏員，除了考核對應專業知識外，有從軍經曆的也優先錄用。
第四項是軍製問題。當下霹靂軍實行常備軍和基乾民兵相結合。聯席會議認為耕戰一體模式在常備軍與基乾民兵中，應有適度區彆。曾勇等人借鑒唐時府兵製和宋軍普遍采用的募兵製，提出了常備軍職業化和基乾民兵府兵化的方案，並提議控製民兵數量，獲得了通過。當下霹靂軍常備軍四個旅加上參謀部直屬的部隊隻有五千五百人，但參加訓練的民兵卻有五萬人之多，這其中不乏弱冠少年和白發蒼蒼老者。
按照新的軍製，當下常備軍數量不變，武器裝備仍由軍需部門統一提供。常備軍士兵專司訓練和作戰，非特殊情況不再從事生產活動，其分配的土地由所在村屯代為耕種，並核減家人的勞役。按照曾勇的建議，基乾民兵數量控製在二萬左右，仍然采用耕戰一體模式，核減本人承擔勞役，所需衣服糧食和冷兵器武器自行購買，平日訓練所需火器和戰時所需則由軍需部門統一提供。
新的軍製看似士兵比民眾吃虧，實在不然。霹靂軍治下的民眾雖然不納糧，但仍需要在農閒承擔大量的勞役，如自帶糧食和工具修路、修溝、修築堡壘等勞役，也是十分繁重。隻不過這些勞役，相比蒙古人的殘殺掠奪和其他州府官員敲骨吸髓的壓榨，實在不值一提。歐陽軒等霹靂軍高層也不願增加民眾的負擔，隻不過當下的生產力水平下，唯有如此才能維持運轉和對抗凶殘的蒙古人。
新的軍製命令一出，常備軍士兵倒是情緒穩定，在民兵隊伍中反倒引起一片慌亂。原因無它，想留在基乾民兵中的人太多了。按照霹靂軍製度，即便成不為常備士兵，成為基乾民兵也是好處多多，在政治上意味著有了做官的資格，在經濟上意味著可以減免勞役，也意味著可以通過戰功獲得永業田。本著從戰鬥力和軍事需求出發，此次基乾民兵的編製倒有一半分給了工礦業和沿河一帶屯墾點，其餘地方分配的名額實在不多。以致其餘屯墾點紛紛要求增加編製名額，這讓負責此事的餘柱焦頭爛額，手忙腳亂了好長一段時間。