蒙軍和漢人世侯當然不會坐視逃亡。他們一麵派人監視村落和交通要道，一麵派兵襲擊前來接應的船隻。隻不過防住一時易，防住一時難，仍然有不少難民走偏僻小道逃往到海邊。至於派兵攻打接應的船隻，更是徒勞無功。在長達數千裡海岸線有無數的河汊海港，那些接應的船隻行蹤飄忽不定，且並不靠岸，而是派小艇載人上船，一有風吹草動便駛向外海。蒙軍沒有水軍，便令漢軍世侯肅清海岸。依令出擊的李璮等漢軍世侯的水軍不僅沒有追擊到那些船隻，反倒被遊弋的宋軍水軍打得潰不成軍，在損失了數十隻戰船之後，隻得老老實實龜縮在軍港中不敢出海。
蒙古人的海上力量比之宋軍稱之為弱小並不為過。當下宋軍雖然在陸地上節節敗退，在野戰中更是一敗塗地，但在海上卻可以吊打蒙軍。所謂“南船北馬”，北方人本就不擅水戰，加上李璮等漢軍世侯船隻總數不過數百艘，且小船居多，船隻更多起著運輸作用。反觀宋軍沿海的水軍有數千船隻，其中有不少戰船和大海船。除了裝備外，宋軍水兵的作戰經驗和航海技巧上也更勝一籌，可以輕鬆碾壓蒙古水上力量。
早在餘柱到來之前，李開鵬便通過朝中樞密院高官牽線，與沿海製置司下設的水軍聯得了聯係，幫助從北方運輸難民到舟山。這些水軍將領本就有抗擊蒙古人的職責，如今又拿了霹靂軍的銀子，可謂“摟草打兔子兩不誤”，那裡會不願意？一來二往之後雙方便熟絡起來。占領基隆後，招募的流民將直接運送到流求，出於保密需要用流求公司自有船隻。但招募蒙古占領區漢民的海上運輸，仍由宋軍水軍在北方沿海提供護航。當然，這種護航保護自然要付不少的銀子給沿海製置司的官員和水軍將領。
廖泥鰍十分眼饞官軍的大海船，也苦於缺乏有經驗的水手。當下不管是遠洋探索還是海軍建設，都急需要這大船和水手。基隆之戰用的那十艘海船雖然夠大，卻是商船改裝而來，不管是航速還是操控與戰船還是有較大差距。而新建戰船的周期十分漫長，沒有一年半載根本就造不出來，這還是以李開鵬提前聘請了造船工匠，購買了造船工具和大量木材為前提的。話說流求島上的木材雖多，但並不是所有的木材都可以用來造船，即便是良木也需要經陰乾防蟲等誰諸多工序後，才能用於造船。
餘柱帶來水軍營士兵並不熟悉遠洋航行，在海上作戰方麵也是新手，雖然假以時日他們會成為合格海軍士兵，但那得至少得一年之後了。幸好李開鵬前期招募的流民中有不少曾經在海上討生活的漁民和海盜，正是他們操船才得以順利航行至基隆。占領基隆後，廖泥鰍又從被俘的海盜中挑選了輕罪二百名海盜充作水手，又從新募的流民中遴選了幾百名水手，這才保證了正常的訓練和護航和作戰任務。