洪水退去，遊離失所的百姓無處可去，又時值嚴冬，餓死凍死於野的百姓不計其數，這是第二輪劫難。
而最為凶險的則是第三輪劫難，隨著拋在四野的屍體逐漸腐敗，一場聲勢浩大的瘟疫隨之襲來，這場瘟疫席卷中原兩淮之地，當真是“白骨露於野，千裡無雞鳴。生民百遺一，念之斷人腸。”隨著瘟疫傳播，人畜儘受其害，便連老鼠都難以幸免。當時水後無食，百姓掘地求鼠以充饑，卻不想使瘟疫越傳越廣，以致於百姓見鼠即畏之如虎，有道是：
東死鼠，西死鼠，人見死鼠如見虎；
鼠死不幾日，人死如圻堵。
晝死人，莫問數，日色滲淡愁雲護。
三人行未十步多，忽死兩人橫截路。
夜死人，不敢哭，疫鬼吐氣燈搖綠。
須臾風起燈忽無，人鬼屍棺暗同屋。
烏啼不斷，犬泣時聞。
人含鬼色，鬼奪人神。
白日逢人多是鬼，黃昏遇鬼反疑人。
人死滿地人煙倒，人骨漸被風吹老。
田禾無人收，官租向誰討？
我欲騎天龍，
上天府，呼天公，乞天母，灑天漿，散天乳，酥透九原千丈土。
地下人人都活歸，黃泉化作回春雨。
而嶽飛此時身在洛陽，聽聞杜充已經決河，望著夜空緩緩背出偉人的那道《送瘟神》來：
綠水青山枉自多，華佗無奈小蟲何！
千村薜荔人遺矢，萬戶蕭疏鬼唱歌。
坐地日行八萬裡，巡天遙看一千河。
牛郎欲問瘟神事，一樣悲歡逐逝波。
背完此詩，嶽飛淚如雨下，胸中憤懣不已，雖然自己已經知道曆史，卻無力阻擋此禍，一切皆因自己如今官微言輕，難成大事。於是心中下定決心，之後隨杜充南歸後，自己定要好生計議，待得有所成就之後，斷不使百姓再受此苦。
等到瘟疫儘去之後，整個中原乃至宋朝最為富饒繁華的兩淮之地毀於一旦，近千萬人流離失所，整個宋朝的國力陡轉直下，如陷泥淖。
而此時宋金相爭之際，中原戰亂不休，四處寇盜為禍，隨後占所中原的金人隻知劫掠，哪管百姓死活，對泛濫的黃河不聞不問。自杜充決堤後，便更使得黃河改道南下，奪淮入海，又因黃河途經黃土高原，渾濁的黃河水夾雜著大量泥沙滾滾而下，淤塞下遊入海通道，使淮河下遊水位日高，而洪水排泄不暢，便四處泛濫，使得兩淮下遊水係變得紊亂，從而數百年間兩淮地區自然災害頻發，百姓流離失所之事常有發生。
說回正傳，金軍取下相州後，又取德州。德州兵馬都監趙叔皎乃趙氏宗室，率城中軍民苦守德州五十餘日。前後六戰，金兵圍攻甚急，最終城破。金兵登城之時，趙叔皎猶力戰不退，兵敗被俘後怒罵不屈，遂被金兵所殺。
完顏宗輔引兵攻打濰州。濰州守臣乃奉直大夫韓浩。韓浩與通判朱庭傑、權北海縣丞王允功、司理參軍王薦率眾死守，又有朝議大夫周中世居濰州，率家人助韓浩據城而守。雖然眾人同心守城，卻難擋金兵虎狼之勢，城破之時，韓浩力戰金兵殉國，朱庭傑身中數箭亦死，周中滿門百口皆被金兵殺害，王允功、王薦皆全家陷沒。
隨後完顏宗輔又破青州，取監淄縣、益都縣兩處知縣儘皆戰死。
就在完顏宗輔兵鋒所指，儘皆披靡時，粘罕手下大將完顏昌也率軍來攻東平府。東平府守將權邦彥苦守數月，城破之後無奈棄城而逃，於是完顏昌趁勢東進，來到濟南城下。