臣前赴陝，本擬自秋後即請撤歸者，正為此也。茲諭旨以陝省兵力空虛，深虞該匪竄突，擬令劉銘傳督辦陝西軍務，自係備不虞之計。
臣查劉銘傳誌勇才略可當一麵，於軍事曆著成效，久在聖明洞鑒之中，其治軍以操練紀律為要，愛民除害為本，至其意度豁達，性情爽直，能駕馭將士而使各儘其力，能決機俄頃而應變不窮。近年辭官歸裡，折節讀書，神明大義，其誌趣已不欲以武人自居，願為國家效死力耶。
鴻章疏罷，致函劉銘傳曰：看來寧靈一路，似可克期蕩定，北山零星匪勇，不值大軍剿辦，或分遣一二小支，縱橫兜擊，總以良吏招懇良將鎮撫，漸靖根誅。定靖非屯紮重兵之地，此議可緩辦矣。
兄前入秦，即覺味同嚼蠟。目前將軍無用武之地，俟西北肅清，擬請撤防，措辭固順，內意慣疑虛捷，未甚釋然，恐未能得大解脫，幸少忍耐沉幾，待時可乎！
慈禧太後接奏，道：甘隴戰事久拖不決，賊逆阿古柏侵占新疆已逾五載，劉銘傳之江淮悍卒，不可久駐於無事之地，時機得當，務必擊鼓其鏜，踴躍用兵。
八月下旬，兩江署督、江寧將軍魁玉上疏曰：拿獲行刺之凶犯張汶祥，始則一味混供，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐。
給事中王書瑞聞悉上奏：督臣遇害，疆臣人人自危，其中有牽掣窒疑之處，應派親信大臣徹底根究，勿使稍有隱飾。
慈禧太後甚怒，曰：惟以兼圻重臣，督署要地，竟有不法凶徒潛入署中，白晝行刺，斷非該犯一人挾仇逞凶，已可概見。現在該犯尚無確供，亟須徹底根究。著張之萬馳赴江寧，會同魁玉督飭司道各員，將該犯設法熬審，務將其中情節確切研訊，奏明辦理，不得稍有含混。
午後，兩宮又諭：張汶祥行刺督臣一案，斷非該犯一人逞忿行凶，必應徹底研鞫，嚴究主使，儘法懲辦。現審情形若何，魁玉此次折內並無提及。前已明降諭旨，令張之萬馳赴江寧會同審辦。即著該漕督迅速赴審，弗稍遲延。魁玉亦當督飭司道等官，詳細審訊，務得確供，不得以等候張之萬為辭，稍形鬆懈，此事案情重大，斷不準存化大為小之心，希圖草率了事也。
魁玉接旨再奏：奴才督飭司道晝夜研審，張犯刁狡異常，自知罪大惡極，必遭極刑，所供各情一味支離。訊其行刺緣由，則堅稱既已拚命做事，甘受碎剮。奴才伏思前江督馬新貽被刺一案，案情重大，用刑過久，又恐凶犯倉猝致命。
慈禧太後接奏，道：此供詞閃爍，恐有牽製窒礙之處。魁玉技止此耳，張之萬接旨月餘，遲不動身，是何道理？務再嚴旨督促！
漕運總督張之萬躑躅月餘，抵達金陵，熬審十日，上疏曰：該犯自知身罹重解，凶狡異常，連訊連日，堅不吐實，刑訊則甘求速死，熬審則無一言語。既其子女羅跪於前，受刑於側，亦複閉目不視，且時複有矯強不遜之詞，任意誣蔑之語，尤堪令人發指。臣又添派道府大員，並遴選長於聽斷之牧令，晝夜熬審，務期究出真情，以成信讞。
給事中劉秉厚不以為然，上疏曰：派審之員以數月之久，尚無端緒，遂藉該犯遊供，含混擬結。
慈禧太後亦怒，斥曰：現已四月之久，尚未審出實情具奏，此案關係重大，豈可日久稽延。
恭親王奕訢道：啟稟皇太後，奴才以為，魁玉、張之萬等投鼠忌器，不敢放開手腳。倘若大刑伺候，張犯信口雌黃，胡咬一通，更難收拾殘局。
慈禧太後道：倘若真乃湘楚將官抑或曾國藩發號刺殺，又當如何？
奕訢道：啟稟皇太後，曾國藩公忠體國，萬不會做此齷齪事情；其若主使，早已溜之大吉；其已滯直三月之久，等死乎？
慈安太後道：曾國藩滯留直隸，湘楚草莽萬不敢興風作浪。
慈禧太後道：速傳諭旨，曾國藩如身體尚能應付，務必進京陛見。另，張之萬務必親自熬審，務得確情，昭示天下。