軍機大臣文祥甚是焦慮，急至總理衙門，拜謁恭親王奕訢，文祥道：吾皇少不更事，王爺何不上疏勸阻？
奕訢道：吾皇修園之心，文大人豈能不知！兩宮垂簾十餘年，吾皇不勝其煩，此乃樹上開花、借局布勢矣！
兩人正自言語，英國公使威妥瑪來防。
文祥道：公使先生所來何事？
威妥瑪道：本月4號，倭國明治皇帝敕令薩摩藩武士西鄉從道率兵3600，借地操兵，進犯台灣。爾國東南台海戰事已開，北京城內一片祥和，我甚為不解，特來問詢。
奕訢惶恐，道：當真？
威妥瑪道：大英帝國駐倭公使遣人傳訊，焉能有假！
奕訢、文祥甚惶，急至乾清宮稟報，同治帝亦驚，即敕：倭國使臣上年在京換約時，並未議及派員赴台灣生番地方之事，今忽興兵到閩，聲稱借地操兵，心懷叵測。閩浙總督李鶴年於此等重大事件，至今未見奏報，殊堪詫異。
生番地方，本係中國轄境，豈容倭國窺伺！該處情形如何，必須詳細查看，妥籌布置，以期有備無患。李鶴年公事較繁，不能遽離省城，著福建船政大臣沈葆楨欽差辦理台灣等處海防兼理各國事務大臣，沈葆楨帶領輪船兵弁，以巡閱為名，前往生番一帶察看，不動聲色，相機籌辦。事若危機，應如何調撥兵弁之處，著會商閩督李鶴年及提督羅大春等。
四月初六日，同治帝又諭：福建布政司潘蔚，即著馳赴台灣，幫同沈葆楨將一切事宜妥為籌劃，會商李鶴年及提督羅大春等酌量情形，相機辦理。潘蔚現在行抵何處？並著張樹聲查明，催令迅速赴閩，兼程前往，不得稍涉遲延。
潘蔚接旨，速自蘇州奔赴上海，晤會倭國駐清公使柳原前光。
潘蔚道：爾國兵船犯我閩地，所為何事？
柳原前光道：前歲，我民遭風誤入台東，被台灣生番斬殺56人，殊屬可恨，今起大兵，明為操練，實乃報複矣！我軍既出，抵抗者當殺之。
潘蔚道：台灣乃我大清之地，豈容爾邦蹂躪，我吾皇萬歲已頒諭旨，敕命各路大軍鹹赴台海；貴邦區區之兵，一著不慎，行將全滅。
柳原前光道：我國與貴邦，向無血海深仇。捕殺台灣害我民之生番，我即退兵；然貴邦生番惡俗難製，須立嚴約，定使永遠誓不弑殺難民之策。
潘霨道：為生番誤殺之事，爾我兩國大動乾戈，大可不必。所謂殺人性命者，專指台灣牡丹社、卑南社二處之生番，與彆社並未滋事之生番無涉；此後，如再有滋事者，應有我國派兵查辦。所謂嚴約約束，我國自當竭力維護，擬於海船經過要隘，或設營汛，或派兵船，或設望樓、燈塔，使商船免致誤入，再被生番擾害。此乃本司之私意，待本司到閩後，向沈大臣稟商，複谘請我邦總理衙門核示，即行奉複。
柳原前光道：布政司大人此思，甚合我意，我即致函西鄉從道，煩請轉交。