兩宮太後速召眾軍機議商。
軍機大臣沈桂芬道：啟稟皇太後，啟稟皇上，微臣以為，勞師海上，易損國威。琉球，彈丸一彈丸耳！貢獻不足以益我之府庫也，人民不足以供我之役使也，版宇不足以衛我之藩籬也！
領班軍機大臣、恭親王奕訢道：啟稟皇太後，啟稟皇上，奴才以為，若任琉球廢滅而不問，如國體何？如眾論何？
慈禧太後道：此事非同小可，速著各省督撫將軍，悉心協議倭人廢琉球設郡縣一事，限於月內覆奏；著直隸總督李鴻章，速即來京陛見。
督辦南洋海防兼理各國事務大臣丁日昌接旨，速即奏曰：琉球乃海外一彈丸耳，貢獻不足以益我之府庫也，人民不足以供我之役使也，版宇不足以衛我之藩籬也，徒以前代以來相沿朝貢，是以仍聽其載在職方，羈縻勿絕，並非該島於我國有詡戴之勞，我國家於該島有拱衛之助也。
微臣以為，倭國甘冒滅小之名，此動機不在於琉球，其不過欲借機與我開釁耳。我於海防尚未籌辦周備之前，似宜一意主和，內則迅籌戰備，外則虛與委蛇，不可存忽戰忽和之見。
4月中旬，直隸總督李鴻章入京覲見。
慈禧太後道：琉球國之事，當如何處置？
李鴻章道：啟稟皇太後，啟稟皇上，惜我無鐵甲船，但有二鐵甲，闖入琉球，倭必自退。
慈禧太後一聲歎息，迅下諭旨：琉球外屬中國，倭國竟敢阻其入貢，夷為郡縣，狡焉思逞，情殊叵測。亟應妥為備豫，力圖自強，以固藩籬。著沈葆楨、吳元柄將南洋防守事宜悉心區畫，實力籌辦，固不可稍涉張皇，亦不得稍存大意。並著隨時探明該國情形，密速具奏。