阿合馬和董必皇後也抓住這個機會，大肆汙蔑太子要造反，想取而代之，這事徹底惹怒了忽必烈，他下令免除了真金太子處理朝政的權力，同時命令中書省徹查此事，真金太子因此憂懼成疾，同年十二月十日病死。真金太死的英年早逝，讓忽必烈心灰冷，更打亂了忽必烈的繼承人計劃，為大元朝之後不正常的皇權交替埋下了伏筆。
真金太子死後，其兒子鐵穆耳被選定為忽必烈的繼承人。
親人的接二連三去世，病體的折磨，以及朝政的糜爛，讓忽必烈更加頹廢，他轉而尋求更加窮奢極欲的生活，以此來尋求安慰和滿足，而這更加劇了他的健康惡化和皇權旁落，整個國家被阿合馬弄得烏煙瘴氣，怨聲載道。
同時醉生夢死的生活也在極大的損耗著忽必烈的生命。
阿合馬的殘暴行為惹來了天下人的不滿，益州千戶王著就是其中之一。
這王著雖然是個官員，但之前卻是個俠客，和江湖豪傑多有往來，為人也是嫉惡如仇，再加上藝高人膽大，看到百姓在阿合馬這種大貪官的剝削下生活疾苦，於是準備為民除害。
他先是秘密鑄造了一個大銅錘，頗有工欲善其事必先利其器的意思，之後又聯絡武林同道高和尚等人，潛入大都準備伺機殺掉阿合馬。
沒讓他們多等，機會很快就來了。
1282年3月，忽必烈巡幸上都，讓阿合馬留守大都，王著等人趁這個時候設計除掉了阿合馬。
王著等人冒充皇太子的親衛，打著護送皇太子回京參加佛事的幌子，讓中書省為他們準備供奉神佛的物品，之後又讓一個姓崔的太監假傳皇太子的旨意，命令樞密副使張易派兵扈從，張易未覺察出異常，就讓指揮使顏義領兵前去。
王著則拿著假的皇太子旨意去見阿合馬，說是皇太子命令中書省官員都到東宮見駕，阿合馬雖然也疑惑，但是現在皇帝為了治療身體疾病，和尚、道士、巫師的都輪班進宮做法，現在太子主持佛事為皇帝祈福，也是人之常情，倒也沒讓他多想。
來到東宮，王著親自上前提阿合馬牽馬，趁著阿合馬下馬之際，拿出早已準備好的銅錘，一下子爆頭，一代貪官就這麼戲劇性的死掉了。這件事也從側麵反映出，忽必烈後期朝堂上的傾軋問題之嚴重了，江湖豪俠竟然都敢公然刺殺朝廷大臣，更要命的是竟然沒人發現。
王著英勇的為民除害之後，並沒有拒捕，臨行前，他高聲大喊：“王著為天下除掉一害，今天死後，他日必會有人為我撰寫此事。”不得不說，這是真豪傑。
消息傳到上都，忽必烈大怒，命令樞密副使孛羅、司徒和禮霍彌、參政阿裡等趕回大都，討伐作亂之人，很快高和尚等人就被抓捕歸案，和王著一起被處死了。
事情的始末很快由司徒和禮霍彌審理清楚，上報忽必烈，他向忽必烈彙報案情時，也詳細報告了阿合馬的累累罪行，忽必烈聽後大驚，下令查抄阿合馬家。
查抄出的金銀財寶無數，更有兩張完整的人皮，據他家人交代是專門弄詛咒用的，阿合馬累累罪行罄竹難書，忽必烈大怒說：“王著把他殺了，的確是對的。”而後下令誅殺其子侄，阿合馬開棺戮屍，皮肉任街頭野狗啃食。
這件事之後，忽必烈熏酒的毛病越來越重，再加上高脂肪不健康飲食，他吃成了個大胖子，如此各種疾病就更多了。
1287年持續多年的海都之亂更是從身心上將忽必烈打入了深淵。
這事兒說起來比較複雜，牽扯到了老一輩的恩怨，本來成吉思汗去世之後，窩闊台繼承了大汗位，拖雷監國，哥兒倆後期也多有嫌隙，再加上窩闊台係的子孫不爭氣，在貴由死後把汗位繼承權給丟了，被誰搶走了呢？拖雷家哥兒仨（蒙哥、忽必烈、阿裡不哥），這哥兒仨輪流坐莊之後，就把窩闊台一係的人馬安排到一個叫海牙裡的地方放牛去了。
去放牛吧，心中還不服氣，於是其後代海都支持並參與了阿裡不哥和忽必烈的汗位之爭，最後阿裡不哥失敗，海都仍然不甘心，一直企圖重登汗位。
海都之前與元朝的戰爭是打打停停，到了1287年，他聯合乃顏襲擊並占領了和林（召開庫裡台大會的地方），這讓忽必烈大驚，第二年忽必烈不顧年事已高，親自帶著大軍應戰，這次上戰場的還有未來的元朝第二位皇帝鐵穆爾。
作戰中，海都充分發揮了蒙古騎兵行動迅速的優勢，雖然兵力不如忽必烈，但是采用遊騎兵的打法，雙方你來我往、打打停停，又打了許多年一直沒分出個勝負，這讓忽必烈不勝其煩，身心俱疲，但是嶺北之地又是祖宗龍興之地，不能不守。
終於在1294年，忽必烈也沒能徹底平定海都之亂，帶著遺憾、孤獨、傷心走到了他生命的終點，他的去世也預示著一個時代的終結。
元朝是一個短命王朝，但是忽必烈作為開創者，不失為一位雄才大略的君王，明太祖對他的評價是：昔中國大宋皇帝主天下三百一十餘年，後其子孫不能敬天愛民，故天生元朝太祖皇帝，起於漠北，凡達達、回回、諸番君長儘平定之，太祖之孫以仁德著稱，為世祖皇帝，混一天下，九夷八蠻、海外藩國歸於一統，百年之間，其恩德孰不思慕，號令孰不畏懼，是時四方無虞，民康物阜。