1636年十一月十九日，皇太極以“朝鮮敗盟逆命”為由，決定發兵討伐。十二月二日十時，皇太極率軍起行。朝鮮國王李倧預料“朝夕被兵”， 寄希望於明朝支援，實際落空了。清軍於十二月十日渡鴨綠江，十三日抵安州，來勢凶猛，史稱“丙子虜亂”。第二年正月初七日，清軍戰勝朝鮮全羅、忠清兩道援軍，李倧逃到南漢山城“勢窮情迫”，稱臣請罪。皇太極要求嚴懲朝鮮挑起釁端的大臣，同時造船發兵攻入江華島，獲朝鮮王妃、王子及閣臣等人。三十日，李倧親至皇太極麵前伏地請罪，史稱“丁醜下城”。舉行受降儀式後，當即留下其長子及次子為質，其餘被俘妻子家口二百餘人遣送還京。二月初二日，皇太極自朝鮮班師。 從此清朝代替明朝把朝鮮變成了藩屬。朝鮮對清朝由以前的兄弟之稱，更執藩臣之禮。不久阿濟格領兵攻克皮島，斬明將沈世魁等，徹底解除了清朝攻向關內的後顧之憂。
皇太極對明朝的軍事行動仍因山海關的阻隔，分成為入口之戰和關外之戰。崇德年間一共發動了三次入口之戰，每次作戰都分出一部分兵力在關外，以為牽製。崇德元年（1636年）五月，皇太極派阿濟格等領兵出戰，這是第一次入口之戰。俘人畜十七萬九千八百二十，生擒總兵巢丕昌。 崇德四年（1639年）三月，清軍渡運河，攻破山東濟南府，克城敗敵，俘人口二十五萬餘，四月凱旋。清軍最大的損失是揚威大將軍嶽讬死於軍中。 崇禎帝不但宣布了京師戒嚴，而且非常憂慮，以致在農民軍和清軍都攻上來的時候，寧肯暫時放鬆對農民軍的圍剿，而把主要力量調到抗清戰場上。
奠定基業
崇德五年（1640年）三月，清軍修義州城。過去清軍分出一部分入關，現在全力用於鬆錦大戰。崇德六年（1641年）八月，皇太極見形勢危急，不顧鼻子出血，經
過六天急行軍到了鬆山。皇太極親征，大大鼓舞了清軍的士氣。他部署清軍自烏忻河南至海，橫截大路，綿亙駐營，再在高橋設伏，圍追堵截，處處有備。二月十八日清軍入鬆山，生擒洪承疇。三月初八日，錦州城內的祖大壽也以孤立無援被圍一年後投降。四月，清軍又攻克塔山、杏山，並毀二城。至此，鬆錦決戰以清軍勝利告終。此戰殲滅明軍五萬餘人。在降服鬆山、錦州後，清軍占領了除寧遠外的明朝關外全部城鎮。
崇德七年（1642年），皇太極發動了生前最後一次入口之戰。他對這次軍事行動提出了異乎尋常的要求，即注意明朝和農民軍的動向及應采取合作的態度。 這次進軍的統帥是奉命大將軍阿巴泰等，兩翼大軍分彆從界嶺口及黃岩口毀牆而入，長驅南下，至山東兗州，計克三府、十八州、六十七縣，敗敵三十九處，獲黃金二千二百五十兩、白金二百二十萬五千二百七十兩，俘人民三十六萬九千口及牛馬衣服等物。但是就在這樣的大勝利麵前，許多文武大將提出直搗山海關時，皇太極仍堅持既定國策，不輕易冒險。終皇太極之世，清軍不曾通過山海關，但沒有他們掃清道路，也就不可能有後來的清軍入關。同年十月，西藏□□五世羅卜藏嘉木錯派遣伊拉古克三胡土克圖和厄魯特蒙古戴青綽爾濟等向清朝通好。皇太極一再盛讚藏傳佛教，向藏使表白他對佛教篤信不疑。
猝然長逝
皇太極在五十歲時，因他心愛的宸妃之死，身體立刻變得虛弱了。皇太極一生娶了十五位妻子，而他最喜歡的是天聰八年（1634年）娶的博爾濟吉特氏，崇德元年封她為關雎宮宸妃。這位妻子賢淑文靜，皇太極和她頗恩愛，婚後曾生一子，皇太極高興至極，為此發布了大清第一道大赦令。這個兒子二歲而殤。崇德六年（1641年）九月，皇太極正在鬆錦前線，忽聽宸妃病危，急忙趕回盛京，到時宸妃已死。皇太極悲不自勝。從此這位身體一直健壯的皇帝忽而昏迷，忽而減食，常常“聖躬違和”。當年十月初二日，他對諸王及他們的妻子兒女說：“山峻則崩，木高則折，年富則衰，此乃天特貽朕以憂也。” 這流露出皇太極已為他年老體衰而不安了。
崇德六年（1641年）以後，皇太極因身體不好，曾發布過大赦令，也減少了處理日常事務的負擔，甚至做過祈禱。崇德八年（1643年）八月初九日，皇太極猝死於盛京後宮，年52歲。諡應天興國弘德彰武寬溫仁聖睿孝文皇帝，後累加諡為應天興國弘德彰武寬溫仁聖睿孝敬敏昭定隆道顯功文皇帝，廟號太宗。葬沈陽昭陵（北陵）。
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