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在日本推行科舉製，不亞於一枚重磅炮彈直擊日本儒學界之心靈深處，也直擊日本儒學傳播的軟脅所在。
葛三郎在給大本營的秘密報告《加強日本儒學於政權建設必要性》一文中指出，日本之儒學傳播始於中國唐時遣唐使，也是在中國的唐代日本大舉學習中國，並也曾設立過科舉製，如日本曆史上的勇山文繼便是從民平做到中等官，官位從四品下，在幕府時代相當於大名等級。
隻是，日本儒學卻沒有就此傳播開，而僅停留在京城地區，科舉也隻存在了很短的時間便被廢除。
概其根本原因就是日本的貴族階層認為平民當官是對他們的威脅，於是通過世襲製度，使學校隻為貴族而設。
儒學也成為公卿貴族把持的學問，更分類固定到專門的家族，有的家族專門講解五經，有的家族專門寫紀傳，有的家族專門研究律令，成為貴族的“家學”。出了京城，就很少有人了解了。
葛三郎進一步調研指出，幕府本就是一幫粗鄙武人建立的政權，為了提升形象，曆代幕府也注意吸收儒家學問。如足利幕府時代的足利學校就聘請識字和尚為高級武士子弟講解儒家學問。
但所講內容肯定是十分膚淺的，主要目的是讓武士識字。而武士本身地位是依賴世襲和戰功，根本不需要依靠儒學的科舉。
德川家康建立幕府後，認識到中國的朱子理學對其統治十分有力，這才大力宣傳朱子理學，在各藩普遍建立藩校，以朱子理學為重要內容。
如林羅山等現幕府儒學官就是那個時期得到了德川家康的支持，從而能夠在幕府任職的。
然而，即便德川家康大力扶持了朱子理學，給予日本儒界資助，但和從前幕府相比也是換湯不換藥。
畢竟，武士學朱子學，除了識字外隻是學一個大義名分，學效忠家主道理。更深層的內容，藩校不可能教授，也不會讓武士去琢磨。
至於什麼“民貴君輕”的聖賢道理，幕府更是不可能允許武士們去學。
這導致儒學成了日本官方的一種工具，而不是信仰。
也演變成日本的武士在學習了儒家思想後，和儒者也依舊不沾邊。而那些自願追隨老師學習儒家思想的日本平民子弟，則因為沒有科舉製度不能當官，隻能永遠在中底層打層，能夠成為大名的家臣替其書寫，已是這些平民子弟最大的幸運了。
久而久之，現今日本的儒學傳播就具有極大的局限性，不能給平民子弟帶來利益的儒學，自然就不會成為日本的主流學問，百姓們對其也產生不了興趣。
而那些學通中日的真正儒學家們，也因為沒有一個合理可靠的機製讓本人、學生們從中受益，無法成為日本政權的一份子，漸漸就成了如“清流”一般的人物。
也許，他們表麵上是受到了幕府乃至京都朝廷的尊重，但實際上他們於國家的任何事務都沒有發言權。
好比擔任幕府首席儒官的林羅山，哪怕貴為將軍講師，他所起到的作用也隻是寫寫畫畫而矣。
更像一個“師爺”，而非官員。