這一時期，魏公公保守估計需要五到八年。
第三步，是謂“共榮時期”，又謂“長治時期”，即真正的東亞共榮時代。
“明治時期”，皇軍主要推行的除了漢語言教學及科舉製度外，就是加強對京都朝廷的控製，並對日本政體和製度進行大改革。
計劃中，將由魏公公本人和年輕的後水尾簽訂《明日議定書》，以確定京都朝廷和大明的正式關係。
這個方案在出台時遭到了近衛師團部分軍官的反對，如第一聯隊長真田一郎、第六聯隊長李炎昭。
李炎昭提交《解決日本問題的根本方策》文稿，認為皇明對日本之征討應當是全麵的、徹底的，不留任何隱患的。
故皇軍應當不斷增兵日本，奪取京都之後立即進軍江戶，在控製日本這兩個政治中心後立即向其餘藩國進軍，以皇軍不可戰勝的刺刀為皇明徹底解決百年倭患問題，同時亦拯救深陷幕府殘暴之統治日本人民。
該文稿中，李炎昭強烈建議大本營不能承認京都朝廷，並要求在京都會戰中儘一切條件實現對偽天皇之斬首。
理由就是天無二日，民無二主。
為了實現這一目標，近衛師團部分軍官已經開始瞞著大本營，策劃對京都的攻擊。
大本營方麵出於對日本的全盤考慮，以及皇軍自身軍力投放的實際能力，對激進軍官的方案自是強烈反對。
“不擴大”是大本營目前對征日作戰的總綱領。
參謀長官蔣西鳳親自發文就李炎昭所提交的方案進行了質疑，並要求近衛師團整頓軍官思想，執行大本營既定作戰方案以及製定的對日占領方案。
李炎昭的回文竟強硬的表示，第一軍絕難承服“京都偽政權之存在”。
近衛師團長曹文耀雖是虎將，但在禦下這一塊過於仁義，顯得有些婆媽，老想做老好人，所以針對師團所屬各部的混亂意見，曹文耀竟然無法拍板而決，形成一個統一的思想，以致在會議時軍官們竟然能夠吵成一團。
官司便打到了魏公公這裡。
為進一步闡明自己的意見，真田一郎、李炎昭聯名上報了《新日本建立方案大綱》，該大綱核心就是提出絕不能滿足於隻建立親明政權，如果僅建立一個親明政權，便不能按帝國的意圖行事。
魏公公就這份大綱批示：本來，將日本作為我帝國領土之一部，才是長策。但鑒於曆史的淵源，目前急於付諸實施，有可能遭到日本國民的的物議和反對，增加皇軍討伐作戰的辛苦，恐非賢明之舉。
隨後，魏公公下令訓斥真田一郎、李炎昭等人，用詞極其嚴厲。並指示葛三郎領導之菊機關立即進行對京都朝廷的“策反”行動。
在無法保證雙方會麵的情況下，公公指示菊機關必須保證後水尾及皇室、京都朝廷能夠留在京都，不隨德川秀忠逃往江戶或其餘地區。
日本儒學界秘密觀察團離開後，一月上旬，魏公公從整個戰局出發，認為同德川秀忠之幕府中央軍主力進行戰略會戰的時機已經成熟，命令大本營製定了第一軍北上攻擊京都、有喜支隊攻擊池田、三田一線、學文支隊攻擊草津，采取“關門打狗”戰法，務將幕府及近藩日軍關在京都附近，各個殲滅的作戰方針。
史稱“統一的大決戰”。