與此同時，隨著李自成的大順軍從山西撤退，導致河南的形勢也瞬間惡化，變得混亂起來。
河南總兵許定國糾集了一批散兵遊勇，占據了睢州一帶，原明朝兵部尚書張縉彥此時也逃回了河南，與召集當地官紳、土寇，與許定國勾結在一起，奪取大順軍在河南的地盤。
河南各地的土賊也乘勢而起，如劉洪起占據汝寧，韓甲第占據許州，李際遇占據登封，劉鉉占據襄城等，瞬間造成河南割據勢力綿延數百裡，擁眾各十餘萬。
隻是，土賊始終是土賊，哪怕其中兵力較強的劉洪起接受了弘光朝的招撫，在河南發動叛亂，大肆擒殺大順朝的地方官員，可還是被大順軍棉侯袁宗第擊敗。
劉洪起隻能率領殘部逃入湖北，托庇於明總兵左良玉麾下，而其他河南的土賊，也因勢力有限，以及其牆頭草的個性，反複無常，終被大順軍消滅大半。
不過，隨著大順朝的李自成在陝西被滿清擊敗的消息傳到河南時，此前退走的劉洪起也卷土重來，領兵直至永寧、杞縣一帶，與開封府推官陳潛夫一道為明朝收複失地，並在柳園（開封城北）擊敗陳德率領的大順軍（陳德乃陳永福之子，原為明將，先是投靠大順，後又降清。）
不久後，弘光朝就得到了消息，任命陳潛夫為巡按禦史，劉洪起為總兵官，而後，又任命張縉彥為河南總督，越其傑為河南巡撫。（越其傑是馬士英的姻親）
可是，弘光朝由於定策引發的紛爭，以及五鎮自持擁立之功，全都喪失了上進之心，於是文恬武嬉，坐失良機，而距離河南最近且勢力最強的明總兵左良玉，以及南京周邊的江北五鎮全都按兵不動，以至於在河南起義的明軍在最需要增援的時候，沒能得到任何弘光朝的幫助。
此時，南京方麵，也就剩下淮陽督師史可法還在口都上談論北上，恢複、魯、豫，乃至燕京的事，隻是，目前的南京，形格勢禁，史可法也一籌莫展。
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1646年，五月初。
李自成率領大順軍撤退到湖北襄陽一帶，此時，李自成麾下有從西安、河南帶來的十三萬大軍，又把原來部署在襄陽、承天、德安、荊州四府的七萬兵力調來，其麾下的總兵力也達到了二十萬。
同時，李自成也與滿清的計劃一樣，打算水陸並進，奪取南京城。
以南京城為據點，再次與滿清爭奪天下。
隻是，由於李自成等人缺乏戰略眼光，導致此次集中二十萬大軍的決策乃是重大失策。
原因有二，其一，自古以來，奪取或保衛江南，必守襄、荊。
其二，大順軍放棄黃河流域以後，唯一的後方基地隻剩下襄陽、荊州、承天、德安四府，這些區域一旦放棄，大順軍也就變成無後方作戰，說白了，就是李自成當流寇時養成的老習慣，沒有領地意識。
李自成麾下大將白旺也提出過異議，以襄陽、荊州、承天、德安四府經營多年為由，城防堅固，駐防守軍也不弱，應該固守。
隻是，李自成並未采納白旺的意見，認為大順軍應當集中全部的優勢兵力，先行奪下南京，再以南京為據點，布置抵抗滿清的防線。
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