確定好名號，接下來就是國家管理的問題，秦始皇問大臣們的意見。王綰認為齊楚燕的地盤都遠離鹹陽，如果還是用郡縣製的話不好管理，建議秦始皇分封給他的兒子、宗族及功臣們。李斯堅決反對，說道：“咱們就推行郡縣製，周就是個大教訓啊，諸侯混戰，天子卑微，亂成啥樣了。俗話說槍杆子裡麵出政權，給他們領地就給了他們發展的空間，以後肯定會大亂的，可不能再搞分封了。”
秦始皇采納了李斯的建議，在全國推行郡縣製，初分為36個郡，後來增加到46個。地方政府從上到下的行政區劃為郡、縣、鄉、亭、裡，相當於現在的省、市、縣、鄉、村。為搭配郡縣製，秦始皇建立了一套從中央到地方的官僚體係。中央行政機關實行三公九卿，三公為丞相、太尉、禦史大夫，九卿為奉常、廷尉、治粟內史、典客、郎中令、少府、衛尉、太仆、宗正。郡一級設郡守、郡丞、郡尉、郡監禦史。縣一級設有縣設縣令，縣丞，縣尉。以上這些是秦朝的正式官員，鄉、亭、裡的管理依靠以宗族為核心的自治組織。
為了防範六國舊勢力死灰複燃，秦始皇強迫六國有影響力的貴族和富豪都搬到了鹹陽。秦始皇覺得把有錢有勢的人集中起來，剩下的那些窮人就翻不起什麼大浪。事實證明秦始皇低估了窮人的力量，畢竟兔子急了還會咬人呢。
秦始皇統一天下後發現了個問題，現在天下人都是秦國人了，但是人家還在用著六國的語言和貨幣。要統一就徹底，秦始皇下令統一了全國的度量衡、貨幣（圓形方孔的秦半兩錢）和文字（小篆）。
為了鞏固政權，秦始皇確實沒少花心思，他還推行了陰陽家鄒衍的五德始終說。秦始皇說周是火德，秦是水德，沒辦法，水克火嘛，這是自然規律。
秦始皇雖然滅了六國，但他覺得天下還沒有真正統一，南邊還有好大一塊地盤被百越部落給占著呢，於是戰爭又開始了。