除了勞民傷財，焚書坑儒也是秦始皇被很多後人詬病的一件事。在大多數人的印象中，焚書坑儒是秦始皇暴虐無道的體現，覺得秦始皇太壞了，把儒家毀得一塌糊塗，帶來了一場文化上的浩劫。實際“焚書”和“坑儒”是兩碼事，而且提出“焚書”的人不是秦始皇，是李斯。
公元前213年，秦始皇在鹹陽宮大擺酒席，請手下們吃飯，國內的七十幾名博士都參加了宴會。當時的博士是個官職，得在學術上有一定特長的人才能擔任，主要職責是管文化和教育方麵的事務，反正就是那會兒的高級知識分子。
酒過三巡，博士院院長周青臣站起來吹捧秦始皇：“以前秦國的土地不過千裡，全靠陛下的聖明，現在太陽和月亮能照到的地方，沒有不被我們大秦征服的。現如今天下推行郡縣製，百姓們安居樂業，沒有戰亂，啊，偉大的陛下，您的功績肯定會流傳千古。”周青臣估計是馬屁學專業博士，把馬屁拍得既有文彩又有高度，秦始皇聽了非常高興，難怪能當上院長呢。
但不是所有博士都學過馬屁，一個叫淳於越比較耿直，他和秦始皇說：“陛下彆聽周青臣瞎扯，他就是個馬屁精，這樣阿諛奉承隻會加深君主的過錯。臣聽說周稱王天下一千多年，分封宗族和功臣來給自己打工，現在陛下雖然奪得了天下，但你沒有可靠的幫手，萬一以後出現了齊國田氏、晉六卿那樣的權臣怎麼辦，誰來幫您呢？依我看，還是之前的分封製好。”
淳於越是齊國人，典型的低情商知識分子。郡縣製是秦始皇力推的，淳於越卻說還是分封製好，一番話下來不但得罪了周青臣，更是激怒了秦始皇。秦始皇表麵沒有發作，他把這事交給了李斯，說道：“丞相，你看看這事該如何論斷。”李斯這時已當上了丞相。
李斯很會來事，也懂秦始皇的想法。秦始皇是喜歡把權力抓在手裡的人，所以當時李斯堅決支持郡縣製，自然是順應了秦始皇的心意，而支持分封製的前丞相王綰則慢慢退出政壇，被李斯取代。李斯還寫得一手好書法，秦朝統一使用的字體小篆就是李斯發明的，秦始皇幾次出遊立碑刻字也都是李斯的手筆。現在，李斯是秦始皇最信賴的人。