使者帶來了蒙哥在四川釣魚城去世的消息，並催促忽必烈北歸。此時45歲的忽必烈正打算渡過淮河進入宋境。就在忽必烈猶豫不決之時，接到了妻子的傳信。
信中說他的幼弟阿裡不哥正在調兵遣將，意圖奪取汗位。忽必烈聞出了叛亂的味道，於是便同意了南宋支付歲幣來換取兩國劃江為界的提議，掉頭返回蒙古，集中精力應對即將升級為內戰的汗位之爭。這也使得南宋得以繼續殘喘20年。
此時擺在忽必烈眼前的是阿裡不哥在蒙古西部的和林宣布稱帝，而金帳汗國的統治者彆爾哥因為宗教和領土問題成為了死對頭。
帝國岌岌可危。為了挽救帝國，忽必烈在開平召開庫裡勒台，在部分宗王大臣的擁戴下登基成為了大蒙古國的皇帝。他更改蒙古舊製，采行漢法，建立與中原經濟基礎相適應的中央集權製封建政權。以漢地豐富的人力物力為依托，出兵擊敗了阿裡不哥。
沒過多久，金帳汗國的彆爾哥、南俄的彆兒哥、察克台王國的阿魯忽在數月中相繼離世。沒有了後顧之憂的忽必烈重新放眼南方，他的傳奇一生才剛剛開始。
忽必烈深知以中原為基地進行統治的重要性，於是他稱開平為上都，又下詔將燕京命名為中都，並舍棄了蒙古傳統的首都哈拉和林。
在夏冬兩季往返於上都和燕京之間，燕京成為了忽必烈駕馭兩個世界的最佳地點，同時這也是燕京成為今日華夏首都的原因之一。今天BJ的紫禁城就是在忽必烈都城的基礎上所建。
一切準備就緒後，57歲的忽必烈取《易經》“至哉坤元”之意，將國號由大蒙古國改為大元，從大蒙古國的皇帝變為了大元皇帝。
為了使自己的統治更加合法化，忽必烈引入佛教，建立了宗教體製和國家體製並行。一切都走上正軌的忽必烈將重新開啟征服世界的戰爭。
南宋境內相較蒙古和中國北部的故城截然不同，這裡河流縱橫，城市布局複雜，長江天險更是讓南宋的都城臨安易守難攻。
城內備足了火藥和糧食，這對於不善於攻城戰的蒙古人來說更是難上加難。忽必烈決定建立一支水師，順著漢江自北而下破宋。
1273年襄樊失陷，南宋防禦體係崩潰。三年後，南宋太皇太後謝道清代宋恭帝出降，奉上了傳國玉璽和降表，南宋都城臨安失陷。
此後元軍開始著手消滅南宋的殘餘勢力，直到忽必烈65歲這一年，宋元雙方在崖山外海進行了最後的海戰，史稱崖山之戰，宋軍戰敗，南宋至此滅亡，正式實現了自唐朝以來的又一次大一統。
在攻克襄陽的同時，忽必烈還因為小日子當時的執政者北條時宗不肯向自己臣服而發動了中日戰爭。他任命征東元帥忻都統帥蒙漢軍2萬人，連同高麗軍1萬人，乘300艘戰船和500艘小艇，從高麗南部海岸的馬山起航，跨越了50km海麵到達了對馬島。
對馬島曆來就是從大陸攻擊日本的踏腳石，乃是兵家必爭之地。在岸上蒙古人痛擊了小日子武士，鮮血染紅了海水。雖然小日子憑借著武士精神進行了頑強的抵抗，但是蒙古軍隊在戰鬥力和戰術方麵都遠遠高於小日子。
加上威力強大的火藥武器震天雷，很快便取得了戰鬥的勝利。蒙古人常勝水下50km外的下一塊踏腳石一岐島，在那裡小日子遭遇了同樣的結局。
拿下一岐島後，蒙古艦隊來到了由博多城控製的海灣內，也就是今天的小日子福岡。忽必烈的軍隊在海上如入無人之境，輕而易舉地便在海灘成功登陸。
在戰鬥中小日子第一次遭受到了爆炸武器的攻擊。而亂無章的防禦和匹夫之勇使得蒙古人突破自如，很快便向內陸縱深滲透，燒毀了許多附近的村子。
然而蒙古人雖然在戰場上壓製住了小日子，但卻不擅長山地作戰，無法突破九州島崎嶇的地形，進入九州腹地。
加上主帥劉複亨重劍受傷，蒙古人隻能暫時撤回船上，小日子則逃離海灘避難，躲在首府太宰府內。就在蒙古人計劃第二天如何向小日子發動進攻的時候，天氣變得越來越壞，當夜意外到來的台風刮翻了蒙古軍隊200多艘戰船，多人溺亡。忻都隻好率領剩餘船隻撤退回國。
在征服南宋之後，65歲的忽必烈於1280年春發動了對小日子的第二次戰爭。元軍這次入侵小日子的規模要遠遠大於第一次，兵力達到了15萬之多，大小船舶近5000艘。
可戰爭的結果卻出乎所有人的預料。為了湊齊足夠多的戰船，忽必烈要求高麗國王在半年的時間內為他造好2000艘戰船，否則就要興師問罪。高麗王隻好用平底船代替V字形的海船，整個船底沒有一塊完整的船板，都是由小木塊拚湊而成的豆腐渣工程。
這也間接導致了船隻的整體結構強度不夠。沒有海戰經驗的元軍乘坐了這些在江河行駛的平底船進行了一次航海遠征，這也是有史以來最大的航海艦隊，直到諾曼底登陸時記錄才被打破。
然而很快元軍發現對馬島周圍20km內都被小日子修建的石牆所阻擋，無法登陸。激烈的戰鬥持續了一個多月，而就在此時海上接連幾天刮起了颶風，將元朝軍隊的戰船幾乎全部摧毀，約有名士兵葬身大海。這直接導致了元軍的第二次東征再次以失利告終。
忽必烈的傳奇也即將進入尾聲。67歲時，忽必烈最寵愛的皇後先他去世。5年後，忽必烈親自選定的皇位繼承人也離他而去。由於這些個人悲劇的刺激，素來患有足疾的忽必烈身體狀況越發糟糕。1294年，忽必烈病重，在大都紫檀殿病逝。
忽必烈作為一位征服者給戰爭地區的人民帶來了深重的苦難，但是在戰爭之後他采取了極其有效的政策，恢複了社會經濟，治愈了戰爭帶來的傷痛，是一位較為英明睿智的帝王。
他重用漢人，仿效漢製，建立元朝。對中原地區經濟的恢複和政治的穩定具有積極作用。雖然是遊牧民族，但是卻十分重視農業的發展，也為華夏的曆史進程書寫了濃墨重彩的一筆。
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