孫承宗接到天啟皇帝的信後哭笑不得，他絲毫沒有多想立即又寫了一封辭職報告送往京師，天啟皇帝依舊不許。
天啟皇帝不同意那麼孫承宗就再上書，態度極為堅決，兩次三番，天啟皇帝“無奈”隻能答應了孫承宗辭官請求，下旨同意孫承宗辭去薊遼督師的職務，但同時也給了孫承宗極大的殊榮，孫承宗特進光祿大夫，兒子世襲中書舍人，又賞賜蟒服、銀幣等，並派人保護孫承宗回家。
孫承宗去職後，去年就被天啟皇帝起複回京的高第已經是兵部尚書了，隨後天啟皇帝下旨讓他接替孫承宗為遼東經略。
沒錯，高第的職務不是薊遼督師而是遼東經略，就是之前熊廷弼所擔任的職務，天啟雖然重用高第，並以他填補孫承宗離開後的空缺，但也在給予他的權限中做了限製，沒有讓高第接替薊遼督師的職務，而是重新啟用了之前遼東經略的職務進行替代。
高第赴任遼東經略，王永光接替他的兵部尚書之職，自此孫承宗主持遼東戰事以此結局落幕。
得知孫承宗去職後，袁崇煥在遼東為孫承宗大呼不平，還擺出了一副要和孫承宗同進共退一起辭官回鄉的架勢。不過孫承宗很快就給袁崇煥去了一封信，信中告訴袁崇煥要以國事為重，不得意氣用事，哪裡有因為私人情緒而至國事不顧的道理？
在孫承宗的勸說下，本就是做些姿態的袁崇煥自然從善如流，最終還是聽從了孫承宗的勸告。
當這些塵埃落定的時候，時間也到了天啟五年的十月，這時候的朱慎錐也早在一個多月前就回到了大明。
林丹汗挑起的戰爭在朱慎錐和卜石兔的聯手下以虎頭蛇尾的方式結束了，因為騰格爾部的先行撤軍，林丹汗最終還是沒和卜石兔一較高下，很快就撤軍返回了察哈爾。
回到部落，朱慎錐以此戰戰敗的緣故追究責任，對部落進行了清洗，徹底解決了部落之前存在的隱患。經過清洗後，整個部落完完全全落到了朱慎錐的手裡，再也沒有人有能力影響可以到朱慎錐在部落的權威，而那些和林丹汗暗中眉來眼去，意圖借此掌控部落的頭領們也早就被王海暗中處置了。
整合完部落，雖然和卜石兔一戰中受到了些損失，可實際上經此整合，部落的整體實力反而比以前更強了些。在做完這些後，朱慎錐又以外交和武力的雙重手段對周邊本就不是自己一係的小部落直接下手，找了個借口吞並了他們，更讓部落的人丁增加了不少。
朱慎錐的這個做法就連林丹汗也沒辦法，因為騰格爾部完全是打著這部落是卜石兔一係的旗號來的，之前的戰敗讓騰格爾部憋著一股子勁，正紅著眼找人報複呢，這兩個部落不巧就成了出氣筒，而且他們的規模都不大，實力也弱，不找他們麻煩找誰麻煩？
就連卜石兔也沒說話，因為這兩個部落其實和他沒太大聯係，再加上之前卜石兔和朱慎錐私下的合作，臨陣時卜石兔又懷著異心，甚至還起了直接乾掉朱慎錐的想法。
雖然最後吃虧的是卜石兔，可這個事並沒算完，事後朱慎錐讓人送信給卜石兔，在信中指責卜石兔不講信用，表現出極度憤慨的姿態。這讓卜石兔很是丟臉，作為土默特名義上的首領，如果當初能乾掉朱慎錐自然是沒問題，可卻沒能做成此事，一旦朱慎錐把這事給宣揚出去，必然會給卜石兔帶來壞影響，就這樣卜石兔也默許了朱慎錐回到部落後的小動作，以此來彌補之前違約的行為，也算把此事給揭了過去。
前前後後花了不少時間，這才處理完部落的事。接下來就是邊貿的事了，周安民在朱慎錐的建議下沒有去京師任職，拒絕了田爾耕給他升官的安排。不過對於威遠衛的邊貿之權，周安民也沒貪戀，直接就讓了出去，把這個事交還給了田爾耕，這反而讓田爾耕覺得很不好意思。
如果是普通錦衣衛千戶也就罷了，可偏偏周安民和魏良卿的關係不一般，現在周安民一沒有升官，二又丟了差事，這事要給魏良卿知道，魏良卿肯定不樂意，弄不好還會得罪魏良卿。
田爾耕想來想去隻能用其他辦法彌補，直接幫周安民運作了一個指揮僉事的加銜，既然周安民不肯來京師，但官還是要升的，有了這個加銜也能交代得過去，另外田爾耕索性又把位於山西的另外兩個錦衣衛千戶所，包括周安民原本負責的千戶所都交給他負責，這樣一來周安民就成了山西地位最高的錦衣衛頭子。