崔呈秀罷官倒台後，崇禎皇帝就開始對魏忠賢下手了。
十月初，陸澄源、錢元愨、錢嘉征等陸續彈劾彈劾魏忠賢罪狀，言辭極為激烈，列舉了“並帝”“蔑後”“弄兵”“無二祖列宗”“克削藩封”“無聖”“濫爵”“掩邊功”“朘民”“通同關節”十條“滔天之罪”，要換在以前魏忠賢根本就不擔心這些，因為他背後站著的是天啟皇帝。可現在崇禎皇帝不僅沒有訓斥陸澄源、錢元愨、錢嘉征等人，反而拿著他們的彈劾斥問魏忠賢，這讓魏忠賢惶恐不安。
為了保住自己，魏忠賢在崇禎皇帝麵前痛哭流涕，大喊冤枉，說自己根本沒有做這些事，完全是他們的汙蔑。可崇禎皇帝絲毫不為動，朝會讓人當著魏忠賢的麵宣讀這些彈劾奏折，這一態度讓魏忠賢“震恐喪魄”，再一次提出辭職。
這一次崇禎皇帝沒再挽留，直接答應了魏忠賢辭職的請求，順手也批準了徐應元養病。
說起徐應元，按理說他是崇禎皇帝的人，因為他和王承恩一樣都是信王府的老人。
崇禎皇帝繼位後，把徐應元和王承恩都放到了司禮監，其目的是為了分魏忠賢手裡的權，替自己做事。
可看不清局勢的徐應元是個徹頭徹尾的草包，到了司禮監非但沒有和魏忠賢爭奪權利，反而依附起魏忠賢來。或許是崇禎皇帝對魏忠賢的態度不僅蒙蔽的魏忠賢本人，就連徐應元也給騙了，自以為崇禎皇帝會和天啟皇帝一樣寵信魏忠賢呢，屁顛顛地直接靠了過去。
這才過了多久，局勢就發生了變化，崇禎皇帝開始出手對付魏忠賢，徐應元這才恍然大悟明白了一切。可此時再後悔已經晚了，隨著魏忠賢的辭職被批準，徐應元忐忑不安中向崇禎皇帝提出自己身體不好得了重病，需要休養，無法再勝任司禮監的職務。
看在信王府服侍自己多年的份上，崇禎皇帝還是放了徐應元一馬，同意了他養病的請求，隨後把司禮監的職務給了剛從南京回來的曹化淳。
逼迫魏忠賢辭職後，崇禎皇帝乘勝追擊，僅過一個月不到就正式下旨將魏忠賢之罪昭告於世，貶魏忠賢至鳳陽祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
就此，權勢滔天的九千九百歲魏忠賢魏公公徹底倒台，旨意下達後，魏忠賢帶著隨從離京，離京之日魏忠賢心情複雜，回頭眺望京師，不由得黯然淚下。
離開京師，魏忠賢一路南下，朝著鳳陽而去。三日後行至阜城，突然就有錦衣衛快馬由京師趕來，帶來了崇禎皇帝抓捕魏忠賢的旨意。
旨意中說魏忠賢“將素畜亡命之徒，身帶凶刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然”為由，下令將其逮捕至京。
聽到這個消息，魏忠賢麵如死灰，明白崇禎皇帝這是要自己去死，沒有給他留半點餘地，自己一旦回京必死無疑。
當日，魏忠賢和其黨羽李朝欽兩人痛飲一番後雙雙自縊，隨著魏忠賢這麼一死，天啟皇帝在位時威風八麵的閹黨就落下了帷幕，崇禎皇帝登基才三個月不到就弄死了哥哥留給他的親信，把這把天下對付文官集團最鋒銳的刀自毀，卻不知其作為埋下的帝國崩塌的隱患，而暗暗自得。
魏忠賢自殺的消息傳來，崇禎皇帝立即就讓人去浣衣局處死了客氏，接著下旨奪去魏良卿的寧國公爵位，再以謀反之罪名抓捕，明正典刑要殺掉魏良卿。
魏良卿被抓後還一臉茫然，他根本就不知道發生了什麼事。等關進天牢，有人告訴他自己叔叔魏忠賢已經自殺，崇禎皇帝現在要對他下手，還給他扣了謀反的罪名準備砍他腦袋時，魏良卿嚇得瑟瑟發抖，更是大喊冤枉。
明正典刑一日，魏良卿五花大綁被押上刑場，即將行刑時魏良卿哭喊叫嚷道：“我就是一個種地的普通農民，原本在老家呆的好好的，雖然臉朝黃土背朝天辛苦，但日子也能勉強過去。”
“因為自己叔叔魏忠賢的緣故，突然天上降下富貴，從家鄉被接來了京師。在京師這些年自己沒做過什麼壞事啊，安安穩穩在家呆著，無非就是吃好點喝好點，又睡了幾個漂亮女人罷了。何況這些富貴從來不是自己要的，而是你們硬塞給我的。”
“就拿自己這個寧國公來說吧，自己從沒想過當什麼國公，完全是你崇禎皇帝強行封的我。你昨天給我爵位，把我捧上天去，今天突然說我謀反？不僅奪了剛封的國公之爵，還要砍我腦袋，做人不能這樣啊！要實誠啊！就算皇帝伱也要講道理，沒你這麼乾的，我實在是冤枉啊……！”
可再喊冤也是無濟於事，魏良卿就這樣被砍了腦袋。