戰後，原初派得知了深海獵人還有成員沒有陣亡，甚至逃離了阿戈爾登陸泰拉之後，立刻設立了海陸封鎖，徹底阻擋了獵人回歸的道路。
至於原初派為何這麼倒行逆施，就不得不提到原初派中的一個分支——基要派。
基要派是原初派裡非常激進的一個派彆，他們不僅認為阿戈爾不應該剿滅神，甚至將深海之神視作他們的真神，並且建立了一個以深海之神為首的信仰體係，其最主要的組織為著名的深海教會。
雖然深海教會的曆史並不長，但基要派的曆史則非常悠久，過去每一次神降臨之時，基要派的勢力都會迅速壯大，而這一次，其勢力甚至延伸到了泰拉。
原初派雖然不是特彆認同基要派的理念，但也認為扶持基要派是非常必要的手段，就像建構派扶持深海獵人一樣。
在當時，兩派的矛盾已經是非常激化，幾乎是要到了一觸即發的地步，但由於雙方互相持有湮滅彈的緣故，湮滅威懾力導致雙方不敢真的爆發衝突，隻能互相冷戰。
為了奪取在阿戈爾的領導權，同時避免因為直接衝突導致無法挽回的損失，雙方各自扶持了大量的勢力，讓他們作為兩派的代理人互相衝突，深海教會就是原初派扶持的組織。
以深海教會為首的基要派認為應該將所有對神有威脅的敵人全部殺掉，為了達成這個目的，他們甚至與海嗣聯合，這種行徑在當時簡直可以稱作是叛國，但在原初派的庇護下，阿戈爾竟然默許了他們的存在。
考慮到深海之神已經陷入沉睡，基要派的小動作根本威脅不到阿戈爾，並且原初派非常需要扶持一個新勢力來抗衡建構派手下的深海獵人。
至於深海獵人這一邊，在弑神計劃中，最後僅有歌蕾蒂婭、斯卡蒂、幽靈鯊三人活了下來，而歌蕾蒂婭在得到了來自建構派內部支持深海獵人勢力的回應後，也選擇了獨自返回阿戈爾。
雖然建構派連同原初派策劃了這個毀滅深海獵人組織的弑神計劃，但他們又看重了深海獵人擊敗神的戰績，於是決定再度扶持歌蕾蒂婭。
回到阿戈爾的歌蕾蒂婭在與建構派內部的執政官共同合作下，改良了人體改造技術，再造了一支深海獵人軍團，也就是如今芙蕾雅這種類型的次代深海獵人。
但有了之前建構派葬送深海獵人的前例，歌蕾蒂婭始終無法做到完全相信建構派，她認為深海獵人這個組織在建構派眼裡是一個可以隨時丟棄的棋子，一旦失去了價值，建構派會毫不猶豫處置深海獵人，事實也確實如此。
雖然此時的歌蕾蒂婭處於建構派的保護之下，可對建構派的不信任和來自原初派的敵意，讓歌蕾蒂婭深感自身與深海獵人軍團的危險處境，她必須做出改變。
歌蕾蒂婭決定重塑軍團，軍團不再以深海獵人為唯一成員，一切願意為了阿戈爾複興，為了這場對抗深海之神戰爭勝利，為了從神的手中解放人類的人員，無論階級，不分信仰，不管男女老少，都可以加入到這個組織裡來。
由於歌蕾蒂婭之前的英勇事跡，軍團真的吸引了不少人，歌蕾蒂婭給這個組織重新命名，叫“阿戈爾愛國陣線”，組織中的軍事力量被稱作“阿戈爾革命軍”，而他們的派彆，被外界稱作“革命派”。
在歌蕾蒂婭還在羅德島並與阿戈爾成功建立了聯係的時候，她就已經在遠程管理著這個新生的組織，阿戈爾愛國陣線其實早早就有了雛形，歌蕾蒂婭隻不過是將這個組織正式擺上了台麵。
歌蕾蒂婭儘可能想要聚集了一切可以團結的力量，上至有理想的執政官，下至外城邦在核心城流離失所的難民，甚至是遠離阿戈爾的羅德島，這對於傲慢的阿戈爾人來說是非常罕見的，而歌蕾蒂婭，此刻則是帶領愛國陣線的靈魂人物。
麵對變革的歌蕾蒂婭，建構派裡的大部分人一時都無法認可，畢竟愛國陣線的很多想法過於激進，擊殺深海之神的目標被他們認為不切實際，雖然他們之前確實做到了讓神陷入了沉睡中。
不過由於原初派所扶持的深海教會最近是越來越猖狂，他們甚至一反阿戈爾人不與泰拉人接觸的常態，在泰拉大陸上進行實驗，製造海怪大軍，甚至在深海獵人的身上做實驗，因此，雖然建構派認為愛國陣線並不靠譜，甚至有人認為歌蕾蒂婭是在企圖擺脫建構派的掌控，但為了抗衡原初派扶持的教會，他們還是選擇了支持愛國陣線。
在執政院兩派的授意下，以阿戈爾愛國陣線為首的革命派，和以深海教會為首的基要派，開始了正麵對抗。
雖然阿戈爾在這場戰爭中最大的敵人始終是深海之神，但現在，他們又像過去的無數次戰爭一樣，再一次將矛頭對準了他們的同胞。