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曆史上的土方歲三生於武藏國多摩郡石田村（現東京都日野市石田）的一個富農家庭。
父母早早因結核病亡故，土方歲三由二哥夫妻養育長大。
土方歲三自少年時代開始夢想成為武士，但生於農家的他注定與武士無緣，於是這位早早被家人遣往江戶，在店鋪裡充當學徒。
不過土方歲三這人似乎生來不適合當商人，他脾氣暴躁，經常與其他店員發生衝突，後來居然又鬨出了桃色事件。沒辦法，土方歲三順勢辭掉了工作，開始以倒賣藥材謀生，遊曆了很多地方。
因為機緣巧合，土方歲三結識了尚在開設道場的近藤勇，於安政六年（1859年）3月29日正式加入天然理心流。四年之後，土方歲三跟隨近藤勇等人參加了護衛將軍德川家茂的浪士組招募考試，並成為浪士組的一員。
文久三年（1863年）八月十八日，會津藩會同薩摩藩將尊皇攘夷派的長州藩趕出京都，史稱“八一八之變”。本來聲名低微的浪士組在政變中嶄露頭角，被賜名為新選組。
以近藤勇為首的勢力排擠了新選組中的水戶天狗黨勢力，近藤勇坐上了局長的寶座，而土方歲三被任命為副長。土方歲三的排名雖在近藤勇之下，但他長於謀略，是新選組的實際支配者。
慶應四年（1868年），鳥羽伏見的槍聲點燃了戊辰戰爭戰火，新政府和幕府進入對抗狀態。
近藤勇因傷在身，委托土方歲三帶領新選組參戰，但號稱精悍的新選組在新政府軍的西式槍炮麵前依舊難逃一敗塗地境地。